오믹스·바이오인포 문헌 모니터 — 2026-07-29
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[HCP] Illuminating the Dark Host Cell Proteome: A host cell protein coverage method for LC-MS impurity assays.
2026-05-09 · Journal of pharmaceutical and biomedical analysis · 10.1016/j.jpba.2026.117555 · rel=0.766 🔗 우리 도메인: proteomics/MS
핵심발견: DARK-COV 파이프라인은 이론적 검출 한계를 평가하여 4가지 산업용 발현 시스템에서 비검출 가능성 단백질(Dark HCP)이 전체 단백질의 1.0-5.2%에 불과함을 보였으며, 이는 >15,000개의 실험 데이터셋과 높은 일치도를 보여 실험적 검출 한계를 상한으로 하는 이론적 커버리지 평가의 타당성을 입증했다. 방법·데이터: LC-MS 기반 HCP 분석, HCPedia™ 데이터셋(>15,000 LC-MS 분석 결과), CHO, E. coli, HEK, Sf9 세포주 검증필요: DARK-COV의 이론적 예측이 실제 LC-MS 분석에서의 검출 한계(이온 억제, 매트릭스 효과 등)를 고려하지 않았음에도 불구하고 실험 데이터와 높은 일치도를 보이는 메커니즘 및 이 일치도가 규제적 정당화에 충분한지 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 이론적 예측이 이온 억제나 매트릭스 효과를 배제함에도 실험 데이터와 높은 일치도를 보인다고 주장하며, 이는 실제 분석 조건에서의 검출 불가능성을 과소평가하거나 실험 데이터의 편향을 간과할 수 있는 논리적 비약이 있을 수 있다
📖 초록(한글 번역, 원문 전문)
액체 크로마토그래피-질량 분석법(LC-MS)을 이용한 숙주 세포 단백질(HCP) 분석은 생물제제 제품의 개별 불순물을 동정하고 정량하여 위험 기반 불순물 평가를 지원한다. 그러나 효소면역측정법(ELISA) 방법과는 달리, LC-MS 분석법에서의 방법 특이적 HCP 커버리지에 대한 체계적 평가는 아직 명확히 정의되지 않았다. 특히, 특정 분석 조건에서 본질적으로 검출되지 않는 단백질에 대한 관심은 제한적이어서, 불순물 특성 규명에서 사각지대가 발생할 가능성이 있다. 본 연구에서는 LC-MS 기반 불순물 분석법의 이론적 HCP 커버리지를 평가하기 위한 투명하고 일반화 가능한 in silico 파이프라인인 DARK-COV를 제시한다. 이 파이프라인은 펩타이드 소수성, 전하 상태, 질량 대 전하비(m/z)를 기반으로 한 in silico 소화된 프로테오ーム의 물리화학적 필터링과 분석법 특이적 LC-MS 파라미터를 결합하여, 어떤 펩타이드와 단백질이 검출될 수 있는지 예측한다. 두 개 이상의 검출 가능한 펩타이드를 생성할 것으로 예측되지 않는 단백질은 다크 숙주 세포 단백질(Dark Host Cell Proteins)로 분류되었다. 이 파이프라인은 동일한 LC-MS 워크플로우를 사용하여 생성된 경험적으로 관찰된 HCP 펩타이드의 포괄적인 데이터베이스인 HCPedia™에 수집된 15,000건 이상의 LC-MS 분석에서 유래한 대규모 실험 데이터셋을 기준으로 벤치마킹되었다. 개념 증명 실증으로서, DARK-COV는 중국 햄스터 난소(CHO) 세포, 대장균(Escherichia coli), 인간 배아 신장(HEK) 세포, 그리고 밤나방(Spodoptera frugiperda, Sf9) 세포를 포함한 네 가지 산업적으로 중요한 발현 시스템에 적용되었으며, 이상화된 in silico 조건 하에서 이러한 프로테오ーム에 있는 단백질 중 1.0-5.2%만이 이론적으로 검출 불가능할 것으로 예측되었다. 이러한 예측은 검출 가능성의 상한선을 제시하며, 실제 샘플에서의 매트릭스 효과, 이온 억제, 또는 농도 의존적 검출 가능성은 고려하지 않는다. >15,000건의 LC-MS 데이터셋에 걸친 실험적 관찰 결과와의 비교는 DARK-COV 예측과 강한 일치성을 보여주어, LC-MS 분석법의 검출 범위 밖에 있을 가능성이 높은 단백질을 분류하는 것을 지지한다. 기능적 주석 달성과 알려진 고위험 HCPs와의 비교는 대부분의 다크 숙주 세포 단백질이 생물제제 불순물 위험과 관련성이 낮은 저분자량 단백질임을 나타냈다. 전반적으로, 이 파이프라인은 LC-MS 분석에서 이론적 커버리지를 정량화하고 예측을 실험적 관찰과 비교하기 위한 재현 가능하고 방법 특이적인 접근법을 제공한다. 분석적 사각지대를 식별함으로써, 이 전략은 미검출 HCPs의 위험 기반 평가를 지원하며, USP Chapter 1132.1에 기술된 LC-MS 기반 HCP 불순물 분석의 규제적 정당화를 위한 합리적 기반을 제공한다. ⚠️[언어오염: 미정규화 토큰 ['ム']]
[HCP] Deep dive into drug substance HCP patterns for comprehensive safety assessment in recombinant mAb formats.
2026-07-07 · Biotechnology progress · 10.1002/btpr.88540 · rel=0.704 🔗 우리 도메인: proteomics/MS, antibody-topdown
핵심발견: CHO 세포 발현 재조합 mAb 5종에서 native digest(ND)와 immunoaffinity chromatography(IAC)가 hexapeptide enrichment보다 저 abundant HCP 검출을 확장하며, pull-down assay를 통해 활성 성분과 상호작용하는 product-specific HCP가 표준 정제 단계로 제거되지 않음을 확인. 방법·데이터: LC-MS/MS 기반 proteomics, CHO 세포 발현 재조합 mAb 5종, hexapeptide enrichment, IAC, native digest(ND), pull-down assay. 검증필요: 표준 정제 단계가 pull-down assay에서 확인된 product-specific HCP(활성 성분과 상호작용하는 HCP)를 실제로 불충분하게 제거하는지, 그리고 이 HCP들이 polysorbate 안정성 저하 등 임상적/품질적 위험을 실제로 초래하는지에 대한 인과적 검증.
📖 초록(한글 번역, 원문 전문)
단클론항체(mAb) 치료제에서 공정 관련 불순물인 숙주세포단백질(HCPs)의 존재는 면역원성, 제품 불안정성 및 치료 효능 감소를 포함하는 위험을 제시한다. 따라서 HCP 수준은 모니터링이 필요한 중요한 품질 특성으로 간주된다. 프로젝트 후기 단계, 제출 후 변경을 포함하는 공정 변경 이후의 공정 개발 중 잔류 HCPs의 특성 규명은 필수적이다. ELISA의 한계를 극복하기 위해, 특히 낮은 발현량의 개별 HCPs를 식별하는 데 있어 질량분석법 기반 HCPs 분석이 점점 더 많이 사용되고 있다. 본 연구에서 우리는 CHO 세포에서 발현된 5가지 재조합 제품 전반에 걸쳐 낮은 발현량 HCPs의 LC-MS/MS 기반 검출을 향상시키기 위해 헥사펩타이드(enrichment), 면역친화 크로마토그래피(IAC), 그리고 자연 상태 소화(ND)의 세 가지 농축 전략을 체계적으로 비교하였다. 우리의 결과는 ND와 IAC 모두 헥사펩타이드 농축 및 총 용액 내 소화(in-solution digest)에 비해 식별된 HCPs의 총 수에서 HCP 검출을 크게 확장함을 보여주었다. IAC는 여러 잠재적으로 중요한 HCPs의 검출을 지원한 반면, ND는 항체 기반 방법으로 포착되지 않은 추가적인 낮은 발현량 HCPs를 고유하게 식별하였다. 또한 풀다운(pull-down) 검사는 활성 의약 성분(active pharmaceutical ingredient)과 상호작용할 가능성이 있는 제품 특이적 HCPs를 드러냈으며, 이는 표준 정제 단계가 이들의 제거에 불충분할 수 있음을 시사한다. 함께, 우리의 발견은 심층 HCP 프로파일링을 위한 ND와 IAC의 상호 보완적 성격을 강조한다. 우리는 효소 활성을 가진 HCPs로 인해 낮은 제품 또는 폴리소르베이트(polysorbate) 불안정성 문제가 발생할 때 특히, 생물제제 제품에서 잠재적으로 중요한 HCPs의 포괄적 검출을 보장하기 위해 두 방법의 결합된 적용을 제안한다. 이러한 통합적 접근법은 향상된 제품 안전성과 공정 중 일관된 HCPs 고갈의 관리를 지원한다.
[항체-topdown] Rapid and selective characterization of antibody-drug conjugates in complex sample matrices by native affinity liquid chromatography-mass spectrometry.
2026-01-18 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2618314 · rel=0.656 🔗 우리 도메인: proteomics/MS, antibody-topdown
핵심발견: POROS CaptureSelect FcXL 컬럼을 이용한 native affinity LC-MS(aLC-MS) 방법은 시료 전처리 최소화 및 크로마토그래픽 피크 적분 없이 혈청 내 ADC의 DAR, DLD 및 상대적 약물 풍부도를 직접 분석 가능. 방법·데이터: aLC-MS, POROS CaptureSelect FcXL 컬럼, 마우스 혈청(Cohort: 마우스 혈청 사용 안정성 연구 및 농도 계열 분석). 검증필요: 크로마토그래픽 피크 적분 없이 DAR 및 DLD를 정확히 결정할 수 있는 방법론적 타당성 및 혈청 내 ADC 생변환 프로파일(말레이미드 가수분해 및 이황화물 교환)의 재현성. 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 초록에 보고된 분석 범위(125-2000 µg/mL)의 하한선(125 µg/mL)이 감도 한계(31.25 µg/mL)보다 훨씬 높아, 이 범위 내 선형성(R²=0.99)만으로는 저농도 영역의 정량 신뢰도를 충분히 입증하지 못할 수 있음
📖 초록(한글 번역, 원문 전문)
항체-약물 접합체(ADC) 및 기타 바이오의약품은 생물학적 매트릭스에서의 생체변환을 평가하기 위해 견고한 분석 방법이 필요하다. 현재의 접근법은 종종 오프라인 농축과 광범위한 크로마토그래피 분리를 필요로 하여 처리량을 제한하고 데이터 처리를 복잡하게 만든다. 우리는 POROS CaptureSelect FcXL 칼럼을 최적화된 용매 및 MS 파라미터와 결합하여 혈청과 같은 복잡한 샘플 매트릭스에서 ADC 및 기타 항체 유래 형식의 직접 분석(1D aLC-MS)을 가능하게 하는 천연 친화성 액체 크로마토그래피-질량 분석법(aLC-MS) 방법을 개발했다. 이 방법은 마우스 혈청에서의 안정성 연구 및 농도 계열을 사용하여 평가되었다. 직접 분석은 크로마토그래피 피크 적분 없이 샘플 간 약물-항체 비율(DAR), 약물 부하 분포(DLD) 및 상대적 약물 풍부도를 정확하게 결정할 수 있게 해주었다. 안정성 연구는 혈청과 PBS 간에 뚜렷한 ADC 생체변환 프로필을 보여주었으며, 여기에는 저접합 시스테인 부위에서의 말레이미드 가수분해 및 이황화 결합 교환이 포함되었다. aLC-MS 방법은 혈청에서 125-2000 µg/mL 범위에서 우수한 선형성(R 2 =0.99)을 달성했으며 31.25 µg/mL까지 민감도를 보였다. 이 빠르고 선택적인 aLC-MS 방법은 최소한의 샘플 준비로 복잡한 매트릭스에서 ADC 품질 특성의 고속 모니터링을 가능하게 하여 바이오의약품 제품 개발 및 생체분석 응용을 지원한다. 이 방법은 MS 결과에만 전적으로 의존하므로 데이터 처리 및 보고가 빠르고 자동화가 용이하다.
[중독] Neural, neurotransmitter, and molecular signatures of gray matter volume alterations in digital addiction.
2026-05-20 · Journal of psychiatric research · 10.1016/j.jpsychires.2026.05.027 · rel=0.617 🔗 우리 도메인: addiction-omics
핵심발견: 디지털 중독(DA) 환자에서 양측 전대상피질(ACC), 좌측 중전두회(MFG), 좌측 내측 안와전두피질(mOFC)의 회백질 용적(GMV) 감소가 확인되었으며, 이는 세로토닌 및 GABA성 신경전달물질 시스템과 공간적으로 상관관계를 보였다. 방법·데이터: VBM 메타분석(SDM 기법), Juspace를 이용한 정량적 신경전달물질 지도 공간 상관분석, Allen Human Brain Atlas 기반 PLSR 전사체 해독 및 유전자 풍부화 분석. 검증필요: 534개의 GMV 변화 관련 유전자가 시냅스 기능 및 이온 채널 활동에 풍부하게 표현된다는 전사체 분석 결과의 생물학적 타당성 및 재현성.
📖 초록(한글 번역, 원문 전문)
배경 및 목적 디지털 중독(DA)은 소셜 미디어, 게임, 스마트폰의 강박적 사용을 포함하며 신경생물학적 기반을 가진 행동 중독으로 점차 인식되고 있다. 그러나 신경영상 소견은 여전히 이질적이며, 관련 신경전달물질 및 분자 메커니즘은 명확하지 않다. 본 연구는 디지털 중독(DA)에서 일관된 회색질 용량(gray matter volume, GMV) 변화를 규명하고 이들의 신경전달물질 및 전사체 상관관계를 탐색하는 것을 목표로 하였다. 방법 디지털 중독(DA)군과 대조군 간 GMV 변화를 결정하기 위해 시드 기반 d 매핑(seed-based d mapping, SDM)을 이용한 복셀 기반 형태측정(voxel-based morphometry, VBM) 메타분석을 수행하였다. GMV 변화와 규범적 신경전달물질 지도 간의 공간적 상관관계를 Juspace를 사용하여 평가하였다. 전사체 해독(transcriptomic decoding)은 앨런 인간 뇌 아틀라스(Allen Human Brain Atlas)를 사용하여 부분 최소 제곱 회귀(partial least squares regression, PLSR)로 수행되었으며, 이후 유전자 풍부도(gene enrichment) 및 세포 유형 분석이 이루어졌다. 결과 메타분석은 좌우 전대상피질(anterior cingulate cortex, ACC), 좌측 중전두회(middle frontal gyrus, MFG), 좌측 내측 안와전두피질(medial orbitofrontal cortex, mOFC)에서 GMV 감소를 보였다. 이러한 영역들은 세로토닌성(serotonergic) 및 GABA성(GABAergic) 시스템과 공간적으로 대응되었다. 전사체 분석은 GMV 변화와 연관된 534개의 유전자를 규명하였으며, 이들은 시냅스 기능 및 이온 채널 활동에 풍부하게 나타났고 주로 흥분성 및 억제성 뉴런에서 발현되었다. 결론 본 다중 규모 통합 분석은 디지털 중독(DA) 관련 GMV 변화를 특정 신경전달물질 시스템 및 유전자 발현 프로파일과 연결한다. 이 소견은 세로토닌성, 억제성, 그리고 보상 관련 신경생물학적 시스템의 관여에 대한 수렴적 증거를 제공하며, I-PACE 프레임워크 내에서 디지털 중독(DA)에 대한 보다 포괄적인 신경생물학적 이해에 기여할 수 있다.
[ADC] Trial watch: antibody-drug conjugates in cancer therapy.
2026-05-03 · Oncoimmunology · 10.1080/2162402x.2026.2667160 · rel=0.606 🔗 우리 도메인: tox-multiomics, antibody-topdown
핵심발견: ADC는 단클론항체의 표적 특이성과 소분자 약물전달자의 세포독성 효력을 결합하여 혈액암 및 고형암 모두에서 임상적 이득, 특히 후기 임상시험에서 전체 생존율 개선을 입증했으며, 현재 10여 종의 ADC가 FDA 승인을 받았다. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 초록에 기술된 '후기 임상시험에서 전체 생존율 개선' 및 '10여 종의 FDA 승인'이라는 주장은 구체적인 임상시험 데이터나 승인 목록을 제시하지 않고 일반화하고 있어, 실제 근거 자료와의 일치 여부와 구체적인 효과 크기 확인 필요. 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 초록에 기술된 '후기 임상시험에서 전체 생존율 개선'이라는 주장은 특정 약물이나 임상시험을 지칭하지 않고 ADC 전체에 대해 일반화하고 있어, 모든 ADC가 동일한 수준의 생존율 이득을 보이는지에 대한 생물학적·임상적 타당성 검증이 필요하며, 이는 과장표현 또는 논리적 비약의 소지가 있음
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📖 초록(한글 번역, 원문 전문)
항체-약물 접합체(ADC)는 단클론항체의 표적 특이성과 소분자 화합물의 세포독성 효능을 결합한다. 최근 몇 년간 ADC는 현대 정밀 종양학의 임상적으로 검증된 구성 요소로 부상했다. 현재까지 종양학적 적응증으로 12개 이상의 ADC가 FDA 승인을 받았으며, 추가적인 제제들이 지역적으로 승인되었고 수백 건의 ADC 기반 요법이 임상 개발 중이다. 집단적으로 이러한 치료법은 혈액학적 악성종양과 고형암 전반에 걸쳐 임상적 이점을 입증했으며, 후기 임상시험에서 진행성 질환에 대한 전체 생존율의 현저한 개선을 포함한다. 본 Trial Watch에서는 초기 전임상 개발부터 현재 임상 적용에 이르기까지 사용 가능한 ADC에 대한 개요를 제공한다. 또한 에피토프 표적화, 링커 화학, 약물 독성 및 약물-항체 비율을 포함하여 임상적으로 성공한 ADC를 뒷받침하는 설계 원칙을 요약하고, 이러한 특징들이 약동학, 세포내 수송, 사이드바이더 효과 및 독성에 어떻게 영향을 미칠 수 있는지 논의한다. 마지막으로 후기 단계 임상시험 및 승인된 제제들의 결과를 논의하여 향후 방향을 정의한다.
[항체-topdown] Setting expectations for current and future directions of native mass spectrometry in the biopharmaceutical industry.
2026-07-15 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2699078 · rel=0.594 🔗 우리 도메인: proteomics/MS, antibody-topdown
핵심발견: 네이티브 질량분석법(Native-MS)은 mAb, ADC 등 완전한 분자 집합체의 직접 평가를 통해 기존 분석법의 한계를 보완하지만, 처리량·감도·자동화의 한계로 인해 산업계에서의 광범위한 채택은 제한적임. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 네이티브 MS의 산업 내 실제 적용 범위와 한계, 그리고 차세대 기술(크로마토그래피 결합, OBE, CDMS 등)이 처리량 및 자동화 문제를 얼마나 효과적으로 해결할 수 있는지에 대한 경험적 근거 부족
🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): 📄리뷰/perspective(1차연구 아님 — 근거강도 주의)
📖 초록(한글 번역, 원문 전문)
천연 질량 분석법(native-MS)은 학술 연구실에서 광범위하게 탐구되어 왔으나, 바이오의약품 연구 내에서의 실제적인 역할은 아직 명확하게 정의되지 않았다. 본 관점 논문에서 우리는 천연 질량 분석법(native-MS)이 현재 어떻게 적용되고 있으며, 확립된 분석 기술에 비해 어떤 고유한 장점을 제공하는지, 그리고 일상적인 특성 규명을 위해 대체 방법이 여전히 더 실용적인 곳은 어디인지에 대한 산업계 중심의 견해를 제시한다. 바이오의약품 워크플로우 내에서 특성 규명 전략은 전통적으로 크기 배제 크로마토그래피(SEC), 이온 교환 크로마토그래피(IEX), 전기영동, 광산란, 열량측정법, 그리고 변성 액체 크로마토그래피(LC) MS와 같은 직교 기술을 의존해 왔다. 천연 질량 분석법(native-MS)은 단클론 항체(mAbs), 다특이성 항체, 항체-약물 접합체(ADCs), 당단백질 및 단백질 복합체를 포함한 완전한 분자 어셈블리의 직접적 평가를 가능하게 함으로써 이러한 방법들을 보완한다. 적용 사례에는 고차원 어셈블리 평가, 리간드 또는 보조인자 결합, 표적 복합체의 화학량론, 그리고 변성 조건 하에서는 가려질 수 있는 이질성 평가가 포함된다. 그러나 처리량, 민감도, 자동화 및 접근성과 관련된 과제로 인해 산업계 연구실에서의 광범위한 채택은 제한되어 왔다. 크로마토그래피 하이페네이션, 온라인 완충액 교환(OBE), 개선된 자동화 및 전하 감지 질량 분석법(CDMS)을 포함한 새로운 발전들은 이러한 제약 조건들을 해소하기 시작하고 있다. 우리는 바이오의약품 분야에서의 천연 질량 분석법(native-MS)의 미래 영향력이 이러한 기술적 진보들을 치료제 파이프라인 전반에 걸쳐 높은 처리량의 특성 규명을 지원할 수 있는 플랫폼화된 분석 워크플로우 및 소프트웨어와 통합하는지에 달려있다고 주장한다. 본 논문에서 제기된 아이디어들이 천연 질량 분석법(native-MS)의 증가된 채택이 언제, 어떻게, 그리고 과연 이루어져야 할지에 대한 논의를 촉발하기를 바란다.
[ADC] Multi-modal feature learning to prioritize ADCs with favorable half-life in mice.
2026-04-17 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2657646 · rel=0.592 🔗 우리 도메인: antibody-topdown
핵심발견: XGBoost 기반 다중 모달 학습 프레임워크를 통해 C57BL/6 마우스에서 mAb 및 ADC의 반감기를 예측하며, 구조 기반 및 단백질 언어 모델(PLM) 임베딩이 시퀀스 전용 모델보다 높은 예측 성능(Pearson's r=0.76~0.79)을 보였다. 방법·데이터: 실험적 반감기 데이터(N=118, mAb 및 ADC), C57BL/6 마우스 코호트, 공개 데이터셋명 미기재 검증필요: 구조 기반 모델과 PLM 임베딩의 예측 성능 우위가 항체 서열의 진화적 보존성이나 데이터셋 내 특정 아형(subtype) 편향에 기인한 것인지, 혹은 진정한 구조적/언어적 특징 학습의 결과인지 검증 필요
📖 초록(한글 번역, 원문 전문)
항체-약물 접합체(ADC)의 유리한 약동학(PK) 특성은 높은 전신 노출을 가능하게 하며 개선된 임상 효능과 관련이 있으나, ADC의 PK 최적화는 여전히 주로 경험적이며 자원 집약적이다. 우리는 다중 모달 특징 학습을 사용하여 C57BL/6 마우스에서 단클론 항체(mAb) 및 ADC의 반감기를 예측하기 위한 in silico 프레임워크를 개발하였다. ADC의 구조적 복잡성에 대응하기 위해 각 화합물을 세 가지 구성 요소로 분해하였다: (1) 서열 설명자, AlphaFold 기반 구조적 특성 또는 단백질 언어 모델(PLM) 임베딩으로 표현된 항체 특징; (2) 약물-항체 비 및 접합 부위를 포함한 접합 관련 특징; (3) 링커-페이로드의 물리화학적 특성. 118개 mAb 및 ADC의 실험적 반감기 데이터를 사용하여 XGBoost 모델을 훈련하였다. 구조 기반 및 PLM 접근법은 강력한 교차검증(Pearson의 r = 0.76)을 달성하여 서열 전용 모델보다 우수한 성능을 보였다. 32개 mAb 및 ADC의 시간적 검증에서 구조 기반 모델은 견고한 일반화(r = 0.79)를 입증하였다. PLM 임베딩은 비교 가능한 순위 정렬(Spearman의 ρ, ESM-2의 경우 최대 0.81)을 달성했으나, 구조 기반 모델에 비해 정량적 정확도는 낮았다. 전반적으로 본 연구는 합성 및 in vivo 시험 전에 mAb 및 ADC의 초기 PK 선별을 위한 확장 가능한 머신러닝 프레임워크를 제시한다.
[항체-topdown] Glycan pairing in therapeutic IgG orchestrates Fcγ receptor engagement and ADCC: an integrated structure-function approach for thorough evaluation of Fc N-glycans as critical quality attributes.
2026-04-02 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2652642 · rel=0.59 🔗 우리 도메인: tox-multiomics, antibody-topdown
핵심발견: 리툭시맙 모델에서 대칭/비대칭 당사슬 페어링 변이체를 생성하여 분석한 결과, FcγRIIIa 결합 및 ADCC 효능은 단일 아푸코실화만으로 최대화되며, 갈락토실화는 FcγRIIIb 등 수용체 특이적으로 미미한 효과를 보였다. 방법·데이터: 리툭시맙을 모델로 한 풀-length IgG, chemoenzymatic remodeling을 통한 순수 대칭/비대칭 Fc 당사슬 페어링 변이체 생성, SPR을 통한 인간 FcγR(FcγRI, IIA-H131/RIIa-R131, IIIa, IIIb) 결합 분석, 세포 기반 ADCC 리포터 유전자 검정. 검증필요: FcγRIIa-H131은 갈락토실화에, FcγRIIa-R131은 아푸코실화에 의해 주로 조절된다는 수용체 및 알로타입 특이적 조절 메커니즘의 재현성 및 생물학적 타당성.
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📖 초록(원문 EN — 한글 번역 실패)
Monoclonal antibodies (mAbs) can mediate their therapeutic activity through antigen binding and by engaging Fc receptors (FcRs) or the complement system. FcRs are expressed on immune cells and can initiate effector functions such as antibody-dependent cellular cytotoxicity (ADCC) and antibody-dependent cellular phagocytosis. The conserved Fc N-glycans of immunoglobulin G (IgG) at N297 modulate the strength and stability of Fc-FcγR interactions and the resulting effector responses. Conventional analysis typically considers individual glycans in isolation and neglects the fact that each Fc part carries two N-glycans, that may be paired symmetrically or asymmetrically. Recent studies with IgG Fc regions have demonstrated that glycan pairing can significantly shape Fc-FcR interactions. Here, the effect of glycan pairing was evaluated with full-length IgG using rituximab as a model. A set of pure, homogeneous, symmetrical, and asymmetrical Fc glyco-pair variants was generated by controlled chemoenzymatic remodeling and purification. Surface plasmon resonance binding studies across a comprehensive panel of human FcγRs revealed receptor- and allotype-specific effects: FcγRI binding was essentially unaffected, FcγRIIa showed allotype dependence, with FcγRIIa-H131 predominantly modulated by galactosylation and FcγRIIa-R131 by afucosylation, whereas FcγRIIIa required only a single afucosylation to reach maximal binding. Galactosylation exerted modest and receptor-dependent effects, most pronounced for FcγRIIIb. High-mannose species reduced binding to FcγRI and FcγRII, but displayed intermediate affinity to FcγRIIIa, which was lower than afucosylated complex types yet higher than fully fucosylated variants. To evaluate the biological relevance, cell-based ADCC reporter gene assays confirmed that single afucosylation was sufficient to drive the increase in ADCC potency, with galactosylation and high-mannose contributing only modest or context-dependent effects. Together, these findings establish glycan pairing as a critical quality attribute of therapeutic antibodies and provide a framework for precise evaluation of Fc N-glycan criticality and for tailoring mAbs with defined effector function profiles.
[DAR] An intrinsically hydrophilic linker enables a stable, high-DAR exatecan-based HER2 ADC with potent antitumor activity.
2026-06-10 · European journal of medicinal chemistry · 10.1016/j.ejmech.2026.119054 · rel=0.562 🔗 우리 도메인: tox-multiomics, antibody-topdown
핵심발견: 친수성 링커(SMP-70067-L)를 활용한 HER2 표적 ADC(SMP-70067-X)는 높은 DAR(7.92)와 낮은 응집을 달성하며, DS-8201a 대비 HER2 중간 및 저발현 xenograft 모델에서 현저히 향상된 항종양 효능을 보였다. 방법·데이터: ADC 설계 및 평가(체외/체내 효능, 물리화학적 특성 분석). 초록 미기재 검증필요: DS-8201a 대비 '현저히 향상된' 항종양 효능의 통계적 유의성 및 HER2 중간/저발현 모델에서의 치료 지수(therapeutic window) 확대에 대한 직접적 증거
📖 초록(한글 번역, 원문 전문)
항체-약물 접합체(ADC)는 단클론 항체의 표적 특이성과 소분자 약물의 강력한 세포독성을 결합한다. 그러나 강력한 토포이소머라제 I 억제제인 엑스테칸(Exatecan)을 사용한 ADC 개발은 그 소수성으로 인해 응집, 빠른 제거 및 표적 외 독성이라는 과제에 직면해 왔다. 본 연구에서는 균일한 엑스테칸 기반 HER2 표적 ADC(SMP-70067-X)를 구성할 수 있는 본질적으로 친수성 약물-연결체 플랫폼(SMP-70067-L)을 설계하여 보고한다. 이는 높은 약물-항체 비율(DAR 7.92)을 가진다. PEG 또는 폴리사르코신 사슬 없이 친수성 자가소멸 스페이서를 통해 높은 DAR를 달성하는 트라스투주맙 데룩스테칸(Trastuzumab deruxtecan, DS-8201a)과 유사하게, SMP-70067-L은 글루탐산 잔기와 변형된 방향족 자가소멸 스페이서를 포함하는 최소한의 친수성 요소를 통합하여 친수성, 안정성 및 효율적인 페이로이드 방출을 균형 있게 맞춘다. 결과적으로 얻어진 ADC는 DS-8201a에 비해 HER2 중등도(HER2-moderate) 및 HER2 저발현(HER2-low) 이식편 모델에서 낮은 응집( 50 값)과 현저히 향상된 항종양 효능을 나타낸다. 이러한 결과는 소수성 토포이소머라제 I 억제제 기반 ADC의 치료 지평을 확장하기 위한 합리적 연결체 공학의 중요한 역할을 강조한다.
[ADC] Targeting IL-7Rα with PNU-159682 antibody-drug conjugates in acute lymphoblastic leukemia: translational implications.
2026-04-27 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2663639 · rel=0.56 🔗 우리 도메인: antibody-topdown
핵심발견: IL-7Rα 표적 항원결합부위-약물접합체(ADC) 577-PNU는 MMAE 접합체 대비 50배 이상 강력한 효능을 보였으며, 낮은 용량으로 전신 백혈병 및 중추신경계(CNS) 종양의 완전한 용혈을 유도하고 내약성이 우수한 것으로 확인되었다. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 577-PNU가 예방 및 확립된 murine CNS 질병 모델에서 백혈병 침윤을 현저히 감소시켰다는 임상적 타당성 및 CNS 침투 효과의 재현성
📖 초록(한글 번역, 원문 전문)
재발성 급성 림프모구 백혈병(ALL), 특히 중추신경계(CNS) 침범을 동반한 경우, 기존 튜불린 억제제를 함유한 항체-약물 접합체(ADCs)로는 불충분하게 조절되며 여전히 치료 실패의 주요 원인으로 남아 있다. 이러한 한계를 해결하기 위해 우리는 IL-7Rα 표적화 단클론 항체를 개발하고 클론 577을 선도 후보물질로 식별하였다. 이 항체를 사용하여 우리는 단량체 메틸 아우리스타틴 E(MMAE) 또는 고강도 DNA 손상성 화물-PNU-159682(PNU)와 접합된 ADCs를 생성하였다. 직접 비교 시험에서 577-PNU는 체외 실험에서 577-MMAE보다 50배 이상 높은 효능을 보였으며, 20배 낮은 용량에서 이식편에서 완전한 종양 퇴행을 유도하였다. 또한 577-PNU는 예방적 및 확립된 쥐 CNS 질병 모델 모두에서 지속적인 전신 질환 조절을 제공하며 뇌와 척수에서의 백혈병 침윤을 현저히 감소시켜, 효과적인 CNS 침투에 대한 직접적인 증거를 제시하였다. 안전성 평가는 안정적인 체중, 정상적인 혈액학적 및 혈청 생화학 지표, 그리고 치료 관련 병리 소견의 부재를 보여주었다. 종합하면, 이러한 소견들은 DNA 표적화 화물 PNU-159682를 탑재한 IL-7Rα 지향성 ADCs가 허용 가능한 용량에서 전신 및 CNS 백혈병의 지속적 제거를 달성할 수 있다는 최초의 전임상적 증거를 제공하며, 임상적 실현 가능성과 CNS 질환 조절을 입증하고, 재발성 및 난치성 ALL에서의 변역 및 임상 개발을 위한 설득력 있는 근거를 확립한다.
[ELISA] Development of a novel electrochemical impedance spectroscopy-based biosensor for bone formation-resorption biomarker determination in body fluids.
2026-07-04 · Bioelectrochemistry (Amsterdam, Netherlands) · 10.1016/j.bioelechem.2026.109371 · rel=0.554 🔗 우리 도메인: antibody-topdown
핵심발견: 3-MPA/Au 전극에 PINP 및 β-CTX 특이적 단클론항체를 고정화한 전기화학적 임피던스 바이오센서를 개발하여 인공 혈장, 타액, 소변에서 각각 2.9 pg/mL, 3.4 ng/mL의 LOD를 달성했으며, ELISA 및 ECLIA 대비 r≥0.9977의 강한 상관관계를 보였다. 방법·데이터: 전기화학적 임피던스 분광법(EIS), 순환 전압전류법(CV), ELISA, ECLIA. 인공 혈장, 타액, 소본 사용. 공개데이터셋명 미기재. 검증필요: 인공 혈장, 타액, 소변 등 복잡한 생체시료 매트릭스에서의 실제 임상 시료 검증 및 재현성 확보 여부
📖 초록(원문 EN — 한글 번역 실패)
Background This study aimed to develop a sensitive, selective, and cost-effective electrochemical impedance biosensor for the individual monitoring of two key bone turnover biomarkers: Procollagen Type I N-Terminal Propeptide (PINP) and β-C-Terminal Telopeptide (β-CTX). Materials and methods Gold (Au) electrodes were modified with 3-mercaptopropionic acid (3-MPA) to form a self-assembled monolayer (SAM). Monoclonal antibodies specific to PINP and β-CTX were covalently immobilized via EDC/NHS chemistry. Each immobilization step was characterized by Electrochemical Impedance Spectroscopy (EIS) and Cyclic Voltammetry (CV). Biosensor performance was evaluated in artificial serum, saliva, and urine, and compared against ELISA and ECLIA reference methods. Results Under optimized conditions, the β-CTX biosensor demonstrated a linear detection range of 10-60 pg mL -1 (LOD: 2.9 pg mL -1 ), and the PINP biosensor a range of 10-60 ng mL -1 (LOD: 3.4 ng mL -1 ). Recovery values ranged from 84% to 105.6%. Strong correlations were obtained with ELISA and ECLIA (r ≥ 0.9977; p Conclusions The developed biosensor system enables determination of PINP and β-CTX in serum and non-invasive body fluids (saliva and urine), offering a low-cost, rapid alternative to conventional methods for monitoring metabolic bone diseases.
[프로테오지노믹스] Multiomics combined with machine learning defines unique molecular subtypes of cholangiocarcinoma and identifies TNK1 as a therapeutic target.
2025-09-29 · Hepatology (Baltimore, Md.) · 10.1097/hep.0000000000001535 · rel=0.53 🔗 우리 도메인: proteomics/MS
핵심발견: 전장 엑솜, mRNA, 단백질/인산화체 분석과 머신러닝을 통해 CCA의 3가지 분자 하위군(면역조절, 대사, 유전자조절/세포 운명)을 정의했으며, 대사 군에서 TNK1이 치료 표적으로 확인되어 TP-5801 투여 시 종양 성장이 억제되었다. 방법·데이터: 전장 엑솜 시퀀싱, mRNA 시퀀싱, 단백질체/인산화체 분석, 환자 유래 이식편(PDX) 모델, 공개 데이터셋. 초록 미기재 검증필요: 공개 데이터셋과 내부 데이터의 통합 분석을 통해 면역조절 군이 gemcitabine/cisplatin에 가장 민감하다는 주장과, TNK1 억제제가 대사 군 PDX에서만 효과적이라는 결과의 생물학적 타당성 및 재현성
📖 초록(원문 EN — 한글 번역 실패)
Background and aims Cholangiocarcinoma (CCA) is one of the most lethal cancers, characterized by molecular heterogeneity and treatment resistance. To uncover new biological signals and therapeutic opportunities, we employed multiomic characterization combined with machine learning. Approach and results We profiled all anatomical CCA subtypes using whole exome sequencing, mRNA sequencing, and proteome/phosphoproteome analysis. Integrative dimensional reduction revealed RNA, protein, and phosphoprotein features driving tumor heterogeneity, enabling clustering. Machine learning algorithms identified molecular features for each cluster and mapped external datasets and patient-derived xenograft (PDX) models onto these clusters. Kinase enrichment analysis highlighted targetable kinases active in each cluster. In vivo validation was performed in cluster-specific PDX models using the selective TNK1 inhibitor, TP-5801. We identified 3 molecular clusters with distinct pathway characterization: immunomodulatory (cluster 1), metabolic (cluster 2), and gene regulation/cellular fate (cluster 3). Cluster assignment was independent of anatomic subtype but correlated with overall survival following curative-intent resection. We also identified multiomic features and pathways linked to overall survival and lymph node metastases, crucial for patient treatment selection. Kinase enrichment analysis pinpointed TNK1 as a highly active kinase in the metabolic cluster. Treatment with TP-5801 significantly reduced tumor growth in a metabolic PDX model, but not in models representing the other clusters. Combining internal data with publicly available datasets, we identified the immunomodulatory cluster as most responsive to gemcitabine/cisplatin therapy, confirmed in vivo using cluster-specific PDX models. Conclusions Integrated multiomic characterization provides translational insights by defining unique molecular subtypes associated both with therapeutic response and overall clinical outcomes. This approach identified TNK1 as a previously unrecognized therapeutic target in a defined subset of CCA tumors.
[프로테오지노믹스] Application of Proteogenomic Approaches for Refinement of the Entamoeba histolytica Reference Genome Using High Resolution Mass-Spectrometry Data.
2026-07-20 · Acta parasitologica · 10.1007/s11686-026-01352-8 · rel=0.524 🔗 우리 도메인: proteomics/MS
핵심발견: 고해상도 질량분석 데이터를 활용한 프로테오제노믹스 분석을 통해 엔타모에바 히스토리티카의 참조 게놈 주석에서 41개의 새로운 단백질 코딩 유전자를 확인하고 18개 유전자의 주석을 정정함. 방법·데이터: 프로테오믹스, 엔타모에바 히스토리티카 HM-1:IMSS 영양체, 공개 데이터셋(Proteome Discoverer suite, 1% FDR) 검증필요: 480개의 게놈 검색 특이 펩타이드(GSSPs) 매핑을 통해 식별된 41개의 새로운 단백질 코딩 유전자가 실제 번역된 단백질임을 실험적으로 검증한 자료의 부재 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 초록에 통계적 유의성 검증이나 효과크기 수치, 또는 MR 분석 관련 정보가 없어 과학적 결함이나 의심 사항을 판단할 근거가 부족함
📖 초록(한글 번역, 원문 전문)
목적 Entamoeba histolytica는 아메바증 또는 아메바성 이질(amoebic dysentery)의 원인체로서, 위생 시설이 불충분한 지역에서 특히 중요한 글로벌 보건 부담으로 남아 있다. 참조 유전체(reference genome)가 이용 가능함에도 불구하고, 예측된 유전자 중 상당 부분이 가설적 단백질(hypothetical proteins)로 주석되어 있거나 실험적 검증이 결여되어 있다. 자동화 유전자 예측 파이프라인(gene prediction pipelines)의 본질적 한계와 기생충의 높은 AT 함량 및 반복적 유전체 구조(genome architecture)로 인해 수많은 코딩 영역(coding regions)이 해결되지 않아, 유전체 주석(genome annotation)을 정제하기 위한 실험적 접근법의 필요성이 강조된다. 방법 우리는 E. histolytica HM-1:IMSS 영양체(trophozoites)에서 얻은 공개된 고해상도 단백체(high-resolution proteomic) 데이터셋을 커스텀 6프레임 번역 유전체 데이터베이스(custom six-frame translated genome database)와 비교 검색함으로써 포괄적인 프로테오게놈(proteogenomic) 분석을 수행했다. 단백체 데이터는 Proteome Discoverer suite를 사용하여 1% 위발견율(false discovery rate)로 검색되었다. 결과 데이터베이스 의존적 검색(database dependent searches) 동안 많은 고유 펩타이드(unique peptides)가 동정되었으며, 이 중 480개의 펩타이드는 참조 단백질 데이터베이스(reference protein database)에 매핑되지 않아 게놈 검색 특정 펩타이드(genome search-specific peptides, GSSPs)로 명명되었다. 이러한 GSSPs를 게놈에 매핑함으로써 41개의 새로운 단백질 코딩 유전자(protein-coding genes)를 동정하고 18개의 현재 주석된 유전자의 주석을 정정했다. 보존된 도메인 분석(Conserved domain analysis)은 새로운 단백질의 78%가 TLDc 도메인(TLDc domain)을 포함하는 단백질 및 rhomboid peptidase family 단백질 등 식별 가능한 기능적 도메인(functional domains)을 보유하고 있음을 드러냈다. 비교 분석(comparative analysis)은 관련 Entamoeba 종(species) 전반에 걸쳐 보존된 직교 유전자(orthologs)가 있음을 확인했다. 결론 본 연구는 펩타이드 수준의 증거(peptide-level evidence)와 게놈 데이터(genomic data)의 프로테오게놈 통합(proteogenomic integration)이 E. histolytica의 유전체 주석(genome annotation)을 실질적으로 개선하고, 알려진 코딩 영역(coding repertoire)을 확장하며, 기생충 생물학(parasite biology) 및 독성 메커니즘(virulence mechanisms) 이해에 함의를 지닌 이전에 특징이 규명되지 않은 영역(previously uncharacterized regions)에 대한 기능적 통찰력(functional insights)을 제공한다는 것을 입증한 첫 번째 연구이다.
[중독] Region- and sex-dependent single-cell transcriptomic signatures of neurons and glia in the prefrontal cortex and nucleus accumbens in a rat model of alcohol relapse.
2026-04-27 · Neuropharmacology · 10.1016/j.neuropharm.2026.110995 · rel=0.52 🔗 우리 도메인: addiction-omics
핵심발견: 알코올 금단 효과(ADE) 모델에서 고음주 쥐의 NAcc GABAergic 중간 가시성 뉴런(MSNs)과 mPFC 글루타메이트성 뉴런에서 가장 많은 전사체 변화가 관찰되었으며, 이는 세포 유형·뇌 영역·성별에 의존적인 도파민 수용체 및 신경면역 관련 유전자 발현 변화로 나타났다. 방법·데이터: snRNA-seq, RccHan Wistar rats (male/female), Alcohol deprivation effect (ADE) paradigm. 초록에 공개데이터셋명 미기재 검증필요: NAcc MSNs와 mPFC 뉴런에서 관찰된 차등 발현 유전자들이 실제 알코올 재발 행동을 유발하는 인과적 기전인지, 아니면 단순한 상관관계에 불과한지 확인 필요
📖 초록(원문 EN — 한글 번역 실패)
Alcohol use disorder (AUD) is characterized by problems controlling alcohol drinking despite adverse consequences, development of tolerance and/or withdrawal symptoms. Notably, sex differences in alcohol consumption patterns and susceptibility to relapse are well documented but remain poorly understood at the molecular level. In this study, we performed single-nuclei RNA sequencing (snRNA-seq) of the medial prefrontal cortex (mPFC) and nucleus accumbens (NAcc) from male and female outbred RccHan Wistar rats exposed to the alcohol deprivation effect (ADE) paradigm, a well-established model of relapse-like drinking behaviour. Comparing high-to low-drinking rats, we found pronounced transcriptional changes across different cell types, with the highest number of differentially expressed genes observed in GABAergic medium spiny neurons (MSNs) of the NAcc and glutamatergic neurons of the mPFC associated with relapse. Importantly, we also identified sex- and region-dependent transcriptional alterations, including differential expression of dopamine receptors and phosphodiesterase family genes, which have previously been associated with AUD in humans, as well as alterations in the transcription of genes associated with synaptic plasticity and neuroimmune signalling. Finally, we found induction of immune-related genes in microglia and sex-dependent activation of immune- and myelination-related genes in astrocytes and oligodendrocytes. These findings highlight cell type-, region-, and sex-dependent molecular signatures associated with alcohol relapse drinking, which may provide new therapeutic targets for AUD.
[프로테오지노믹스] Integrated Proteogenomics and Single-Cell Transcriptomics Prioritize Putative Protective Plasma Proteins for Hidradenitis Suppurativa.
2026-07-01 · Experimental dermatology · 10.1111/exd.70332 · rel=0.515 🔗 우리 도메인: proteomics/MS
핵심발견: UK Biobank Pharma Proteomics Project의 cis-pQTL을 이용한 두-표본 멘델리안 무작위화 분석 결과, TNFRSF6B, FCRL2, APOD가 화농성 한선염(HS)에 대한 잠재적 보호 인자로 확인되었으며, 단일세포 전사체 분석을 통해 FCRL2와 APOD의 발현 위치가 특정 면역세포 및 각질형성세포에서 확인되었다. 방법·데이터: cis-pQTL(단백질체학), 단일세포 전사체학; UK Biobank Pharma Proteomics Project(노출), FinnGen R12(결과) 검증필요: 제시된 세 단백질(TNFRSF6B, FCRL2, APOD)에 대한 도구변수의 F-통계량 값이 10 이상인지 확인하여 약한 도구변수(weak instrument) 편향이 없었는지 검증할 것.
📖 초록(원문 EN — 한글 번역 실패)
Translating hidradenitis suppurativa (HS) genetic susceptibility into actionable targets remains challenging, as most genome-wide association study loci lie in non-coding regions and tissue-level transcriptomics cannot easily distinguish causal drivers from secondary inflammation. In this study, we aimed to prioritize plasma proteins whose genetically predicted levels are causally associated with HS risk and to localize them within human skin at single-cell resolution. We performed two-sample Mendelian randomization (MR) using cis-pQTL instruments for 2923 plasma proteins from the UK Biobank Pharma Proteomics Project against HS summary statistics from FinnGen R12. Following multiple-testing correction and Bayesian colocalization with a prior-sensitivity grid, the intersection of false-discovery rate (FDR)-significant MR with colocalization evidence (PP.H 4 ≥ 0.5) yielded three putative protective candidates: TNFRSF6B (OR = 0.748, 95% CI 0.666-0.840; PP.H 4 = 0.648), FCRL2 (OR = 0.896, 95% CI 0.819-0.979; PP.H 4 = 0.550), and APOD (OR = 0.789, 95% CI 0.647-0.963; PP.H 4 = 0.503). All sensitivity MR tests were concordant. Single-cell transcriptomic analysis localized FCRL2 and APOD to specific cell populations. FCRL2 was predominantly expressed in B cells and NK cells, while APOD showed multi-cellular expression across cornified keratinocytes, macrophages, and dendritic cells. Furthermore, TNFRSF6B was below the skin detection threshold, supporting its biological role as a circulating decoy receptor. Together, our integrated proteogenomic and single-cell approach prioritizes TNFRSF6B, FCRL2, and APOD as putative protective plasma proteins for HS, with TNFRSF6B emerging as the most genetically robust candidate for future translational follow-up.
[PTM] Ovalbumin oxidative modification fingerprints depend on gas plasma-driven reactive species profiles.
2026-06-17 · Redox report : communications in free radical research · 10.1080/13510002.2026.2688623 · rel=0.51 🔗 우리 도메인: proteomics/MS
핵심발견: 12가지 아르곤 가스 플라즈마 조성 변경을 통해 80종 이상의 산화 변이를 아미노산 수준에서 매핑했으며, 원자산소와 과산화수소가 단백질 산화에 주요 관여하는 것으로 확인되었다. 방법·데이터: 고해상도 질량분석법(HRMS), 닭 난백 오발부민(Ovalbumin) 모델 단백질, 12가지 아르곤 가스 플라즈마(수분, 에탄올, 산소, 질소 첨가 변형), 광방출 분광법(OES), 광도법 검증필요: 원자산소와 과산화수소가 오발부민 산화 프로파일에 미치는 인과적 기여도를 정량화한 상관분석의 생물학적 타당성 및 인과성 방향성 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 특정 반응종(원자산소, 과산화수소)의 관여를 입증하기 위해 사용된 상관분석이 인과관계를 명확히 구분하지 못하며, OES와 광도법으로 측정된 반응종 농도와 질량분석법으로 관측된 변이 패턴 간의 정량적 상관관계가 인과적 기전으로 직접 연결되는 논리적 비약이 존재할 수 있다
📖 초록(원문 EN — 한글 번역 실패)
Objective Oxidative protein modifications have been linked to several diseases, but the variety and diversity of modifications are less studied. Methods We used the chicken egg protein ovalbumin and gas plasma technology, a potent source of various reactive species, for protein oxidation. Using high-resolution mass spectrometry and an in-house workflow, over 80 distinct oxidative protein modifications were mapped at per-amino-acid resolution. To examine how modification profiles depend on changes in reactive species types and concentrations, we generated 12 distinct argon gas plasmas by systematically varying molecular gas admixtures (water, ethanol, oxygen, and nitrogen). Results Optical emission spectroscopy (OES) and photometric determination of deposited long-lived species (hydrogen peroxide, nitrite, and nitrate) were applied to profile gas plasma conditions, revealing the admixture-dependent impact on the reactive oxygen/nitrogen species (ROS/RNS) fingerprint. Correlation analysis with mass spectrometry data revealed the significant involvement of atomic oxygen and hydrogen peroxide in protein oxidation. The enrichment of specific reactive species created by a defined gas plasma composition generated specific ovalbumin oxidation profiles resolved per amino acid. Feed gas-dependent oxidation hotspots, such as Trp149 for dry argon gas or Met274 for hydroxyl radical-rich humidified argon gas, were identified. Discussion This first-of-its-kind study reveals intricate relationships between dynamic reactive species environments and protein oxidation profiles using ovalbumin as a model system.
[DAR] Programmed death 1 antibody drug conjugates (PD 1 ADCs): Innovations in overcoming resistance and enhancing immune mediated antitumor activity.
2026-06-11 · Translational oncology · 10.1016/j.tranon.2026.102830 · rel=0.501 🔗 우리 도메인: tox-multiomics, antibody-topdown
핵심발견: PD-1 항체-약물 접합체(ADC)는 종양 미세환경의 PD-1 발현 세포를 표적하여 세포독성 약물을 전달하고 T 세포 고갈을 회복시킴으로써 기존 PD-1 억제제의 내성 문제를 해결하고 항종양 면역을 증강하는 새로운 세대의 면역 체크포인트 차단제이다. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 종양 항원의 이질성, 내성 기전 개발, ADC 링커 불안정성이라는 현재 개발상의 주요 과제를 해결하기 위한 구체적인 ADC 공학 개선, 세포독성 페이로이드 최적화, 및 병용 요법 연구의 실제 임상적 효능 증대 증거
📖 초록(원문 EN — 한글 번역 실패)
Programmed death-1 (PD-1) antibody-drug conjugates (ADCs) are a new generation of immune checkpoint blockers, which incorporate the delivery of cytotoxic drug targets. The objectives of these ADCs are to selectively target cells in the tumor microenvironment expressing PD-1, causing tumor cells to die, rejuvenating T cell exhaustion, and destroying immunosuppressive cells. PD-1 ADCs aim to address the shortcomings of conventional PD-1 inhibitors, which may be resistant in certain cancers, by harnessing a two-pronged mechanism. This method can also be used to boost antitumor immunity by stimulating the activation and expansion of immune effector cells. Despite promising preclinical and early clinical outcomes, multiple issues remain in the development of PD-1 ADCs, including heterogeneity in tumor antigens, the development of resistance mechanisms, and instability of the ADC linker. Current studies are trying to overcome these challenges by improving ADC engineering, cytotoxic payload optimization, and investigating combination therapy. PD-1 ADCs, with their capacity to specifically regulate immunity and deliver potent cytotoxic drugs directly to tumor cells, have the potential to provide a valuable treatment modality. This would be beneficial for clinical outcomes, especially in cancers resistant to traditional treatment methods, and it represents a great step forward in cancer immunotherapy.
[신경과학·뇌질환] Beyond the gut: the multisite microbiota and its emerging role in brain health.
2026-07-09 · Gut microbes · 10.1080/19490976.2026.2702091 · rel=0.5 🔗 우리 도메인: neurodegeneration
핵심발견: 구강, 피부, 비강, 호흡기, 비뇨생식기 등 비장내 미생물 군집이 면역 신호, 대사산물, 장벽 무결성 및 신경 경로를 통해 뇌 건강과 신경염증, 신경퇴행성 질환에 영향을 미칠 수 있음을 시사하며, 장 중심적 접근을 넘어 다중 부위 통합적 연구가 필요함을 강조함 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 비장내 미생물과 뇌 건강 간의 인과관계가 아직 입증되지 않았으며 기전적 통찰이 제한적이라는 점
🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): 📄리뷰/perspective(1차연구 아님 — 근거강도 주의)
📖 초록(원문 EN — 한글 번역 실패)
The human microbiota encompasses diverse microbial communities inhabiting the gut, oral cavity, skin, respiratory tract, and urogenital system, each contributing uniquely to host physiology and health. While the gut microbiota has been extensively studied in the context of brain development and behavior through the microbiota-gut-brain axis, emerging evidence highlights that non-gut microbial ecosystems also shape neuroimmune processes and neurological outcomes. However, evidence supporting non-gut microbiota-brain interactions remains heterogeneous and is often indirect, with causal relationships largely unproven. A growing biological plausibility suggests that oral, skin, nasal, respiratory, and urogenital microbiota influence brain health through immune signaling, microbial metabolites, barrier integrity, and even direct neural pathways. This evidence is derived from a combination of human observational and epidemiological studies, complemented by mechanistic insights from animal models and in vitro systems. Microbial imbalance at these sites has been linked to neuroinflammation, neurodevelopmental alterations, and neurodegenerative diseases, although mechanistic insight remains limited. Moreover, cross-talk between different microbial niches may amplify or mitigate neurological effects, indicating the need for integrative, multi-site, and multi-omics approaches. By critically synthesizing evidence across multiple body sites, this mini-review highlights conceptual gaps, and the need to move beyond a gut-centric framework toward integrative, multisite investigations of microbiota-brain communication.
[DAR] Antibodies to watch in 2026. 🔁멀티도메인구제
2026-01-21 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2614669 · rel=0.495 🔗 우리 도메인: antibody-topdown
핵심발견: 2025년 첫 시장 승인 19건, 규제 검토 중 26건, 후반기 파이프라인 209건을 분석했으며, 비암 indications(76%)와 conventional format(62%)이 우세하고 중국산 제품의 개발·승인 기간이 평균 약 6년보다 짧은 것으로 확인됨. 방법·데이터: 공개데이터셋명 미기재 (산업계 임상 개발, 규제 검토, 마케팅 승인 현황에 대한 서술적 분석) 검증필요: 중국산 항체 치료제의 개발 및 승인 기간이 평균적으로 더 짧다는 주장의 통계적 근거 및 교란 변수 통제 여부
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📖 초록(원문 EN — 한글 번역 실패)
The Antibodies to Watch article series provides annual updates on commercial late-stage clinical development, regulatory review, and marketing approvals of antibody therapeutics. Since the first article was published in 2010, the late-stage pipeline has grown from 26 antibody therapeutics to over 200, while during the same time numerous molecules in late-stage studies either transitioned to regulatory review and were approved or were terminated. In this installment of the series, we recap first marketing approvals granted to 19 antibody therapeutics in 2025, discuss 26 molecules currently in regulatory review, including the bispecific antibody-drug conjugate izalontamab brengitecan, and predict which molecules of the 209 currently in the commercial late-stage pipeline might transition to regulatory review by the end of 2026. Most antibody therapeutics in the latter category are for non-cancer indications (16/21, 76%) and have a conventional format (13/21, 62%), but the category also includes numerous antibody-oligo or -drug conjugates, such as delpacibart etedesiran, delpacibart zotadirsen, zeleciment rostudirsen, sonesitatug vedotin, trastuzumab pamirtecan, and ifinatamab deruxtecan, as well as the bispecific petosemtamab. As antibody therapeutics development is a global enterprise, we also discuss trends in annual first approvals granted to antibody therapeutics in any country since 2010, stratified by the antibody's country of origin, documenting the notable increases in the total number of first approvals and those approved first in China. Finally, to benchmark the time typically required for clinical development and regulatory review, we calculated this period for recently approved antibody therapeutic products stratified by their therapeutic area, mechanism of action, format, and country of origin. Our data show that the development and approval period were typically ~6 years, but on average this period was shorter for China-originated products.
[프로테오믹스] Dysregulated proteins in plasma distinguishing Loeys-Dietz syndrome from other heritable thoracic aortic disease - an explorative study. 🔁멀티도메인구제
2026-07-18 · Scandinavian cardiovascular journal : SCJ · 10.1080/14017431.2026.2699504 · rel=0.489 🔗 우리 도메인: proteomics/MS
핵심발견: Loeys-Dietz 증후군(LDS) 환자에서 온코스타틴 M, 펜타릭신 3, TNFRSF9, GNLY, CD5, Vasorin, GP1BA의 혈장 단백질 수치가 정상 대조군에 비해 유의하게 높았으며, 이는 Th17 및 혈소판 관련 기전과 연관됨. 방법·데이터: 표적 프로테오믹스(Immunoaffinity proteomics, 276 단백질), LDS(n=8), MFS(n=11), ACTA2 변이 TAA(n=7), 건강 대조군(n=16). 공개데이터셋명 미기재. 검증필요: LDS 환자군(n=8)에서 관찰된 다중 단백질 상승이 통계적 검정력 부족으로 인한 위양성(false positive)이 아닌지, 그리고 이러한 단백질 프로필이 다른 HTAD 아형(MFS 등)과 명확히 구별되는지 재분석 필요.
📖 초록(원문 EN — 한글 번역 실패)
Objectives. Thoracic aortic aneurysms (TAAs) are often found in younger individuals and approximately 20% may be associated with heritable thoracic aortic disease (HTAD). There are some data on genomic biomarkers reflecting inflammation and extracellular matrix remodelling in HTAD. However, data that accurately reflect the corresponding protein changes are scarce. Our aim was to quantify proteins by using targeted proteomics in HTAD patients versus healthy controls, to better understand the underlying pathophysiology. Methods . Patients with Loeys-Dietz syndrome (LDS, n = 8), Marfan syndrome (MFS, n = 11), and familial TAA 6, i.e. actin alpha 2 (ACTA2, n = 7) pathogenic variants were recruited at our outpatient clinic. For comparison, blood samples were drawn from 16 healthy controls. Plasma samples were analysed by targeted proteome analysis of 276 proteins using immunoaffinity proteomics. Results . Whereas oncostatin M and pentraxin 3 levels appeared generally higher in HTAD patients, after adjusting for several confounders, significantly higher levels for these markers as well as TNF receptor superfamily member 9 (TNFRSF9), granulysin (GNLY), CD5, vasorin and glycoprotein 1b-α (GP1BA) were only observed in LDS patients compared to healthy controls. Levels of TNFRSF9, GNLY, GP1BA and CD5 correlated positively with Th17 and platelet counts. Conclusions . This discovery study suggests that LDS could represent a particular inflammatory subgroup of HTAD patients potentially reflecting the involvement of Th17 and platelet related mechanisms in the progression of TAA. Larger studies are needed to evaluate if the identified proteins could be used as biomarkers in these patients.
[신경과학·뇌질환] Therapeutic frontiers in ALS: iPSC-based drug discovery, cell therapy, and gene therapy-Advances through 2026. 🔁멀티도메인구제
2026-06-15 · Regenerative therapy · 10.1016/j.reth.2026.101150 · rel=0.482 🔗 우리 도메인: neurodegeneration
핵심발견: 2020~2026년 사이 ALS 치료 파이프라인이 iPSC 기반 약물 발견, 세포 이식, 유전자 치료를 통해 확장되었으며, 특히 2023년 tofersen의 FDA 가속 승인, iPSC 유래 약물(ropinirole, bosutinib)의 초기 임상 완료, 그리고 TDP-43 기능 장애의 하류 표적인 STMN2를 겨냥한 새로운 유전자 침묵 접근법의 임상 진입이 주요 진전으로 확인됨. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: STMN2가 TDP-43 기능 장애의 하류 표적으로 확인되었으며, 이는 sporadic ALS(전체 사례의 약 90%)에 대한 잠재적 치료 경로로 제시됨.
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📖 초록(원문 EN — 한글 번역 실패)
Three converging therapeutic paradigms-iPSC-based drug discovery, cell transplantation, and gene therapy-have substantially expanded the therapeutic pipeline for amyotrophic lateral sclerosis (ALS) between 2020 and 2026. The FDA's accelerated approval of tofersen (Qalsody) in April 2023 marked the first treatment targeting a genetic cause of ALS. iPSC-derived drug candidates, including ropinirole and bosutinib, have completed early-phase clinical trials led by Japanese institutions. Cell therapies targeting neuroinflammation through regulatory T cells are being actively explored as immunomodulatory strategies, although efficacy remains to be established in adequately powered trials. Next-generation gene-silencing approaches-including RNA interference (RNAi) therapeutics and AAV-delivered microRNA-entered first-in-human trials in 2024-2025. The identification of STMN2 as a downstream target of TDP-43 dysfunction has opened a potential TDP-43-downstream nucleic acid therapeutic avenue for sporadic ALS, which constitutes approximately 90% of all cases, with company-reported interim data suggesting target engagement in the ongoing Phase 1/2 ANQUR trial (QRL-201). This review synthesizes the latest evidence across all three therapeutic domains, with attention to the hierarchy of evidence, regulatory milestones, and the pioneering contributions of Japanese research groups.
[중독] Antibiotic-mediated gut microbiota depletion partially attenuates methamphetamine-induced reward and linoleic acid metabolic disturbance. 🔁멀티도메인구제
2026-05-13 · Neuropharmacology · 10.1016/j.neuropharm.2026.111022 · rel=0.463 🔗 우리 도메인: addiction-omics
핵심발견: 메암페타민(METH) 노출은 장내 미생물 군집과 리놀레산(LA) 대사에 변화를 유발하며, 항생제(ABX)를 통한 미생물 고갈은 METH 유도 보상 효과와 LA 대사 이상을 부분적으로 완화한다. 방법·데이터: 마우스 조건부 위치 선호(CPP) 모델, 장내 미생물 및 대사체 다중오믹스 프로파일링, 항생제 매개 미생물 고갈, LA 보충 및 산화 대사 억제 중재. 검증필요: 항생제 처리가 METH 유도 보상 행동을 완화하는 기전이 장내 미생물 고갈에 의한 리놀레산 대사 정상화와 인과적으로 연결되어 있는지에 대한 검증.
📖 초록(원문 EN — 한글 번역 실패)
Methamphetamine (METH) is a highly addictive psychostimulant that possesses potent toxicity to multiple organs. Emerging evidence has suggested associations between gut microbiota dysbiosis and METH-induced rewarding effects. However, the role and underlying mechanisms of gut microbiota in METH addiction remain poorly understood. Using a mouse conditioned place preference (CPP) model combined with multi-omics profiling of gut microbiota and metabolites, we first investigated how METH exposure affects gut microbiota composition. Then, antibiotic (ABX)-mediated gut microbiota depletion was conducted to explore the role of gut microbiota in the METH-induced associative memory of context-reward (METH reward) and metabolic dynamics. Furthermore, associations among gut microbiota, metabolites, and behavioral phenotypes were determined to reveal the potential key microbial taxa and metabolites in METH reward. Finally, the key metabolite was intervened to reveal the role of it in the METH reward. Our results demonstrated that repeated METH administration induced significant alterations in gut microbiota profiles. ABX-mediated microbiota depletion attenuated METH-induced rewarding effects and metabolic perturbations, especially in linoleic acid (LA) metabolism. METH exposure led to an increase in, while gut microbiota depletion rescued the activation of LA metabolism. Correlation analyses consistently demonstrated associations among specific bacterial species, LA metabolites, and CPP scores. Supplementation of LA could facilitate, while inhibition of its oxidative metabolism could attenuate the METH-induced CPP. These findings highlight LA metabolism as a potential mechanistic link between gut microbiota dysbiosis and METH reward. Future gut microbiota-targeted therapeutic interventions, particularly those modulating LA metabolism, may improve the treatment of METH use disorder.
[프로테오믹스] Identification and profiling of HLA-A*02:01-restricted Toxoplasma gondii peptides through immunopeptidomics in HLA-A2.1 transgenic mice. 🔁멀티도메인구제
2026-07-05 · Virulence · 10.1080/21505594.2026.2697091 · rel=0.449 🔗 우리 도메인: proteomics/MS
핵심발견: HLA-A02:01 트랜스제닉 마우스에서 T. gondii 감염 중 제시되는 in vivo 면역펩티드롬을 MS 기반 접근법으로 분석하여 3,433개의 고신뢰도 리간드와 73개의 후보를 동정하고, 글리코겐 합성효소 유래 신규 리간드의 결정구조를 규명함. 방법·데이터: 면역펩티드믹스(질량분석법), HLA-A02:01 트랜스제닉 마우스(Toxoplasma gondii 감염 모델), 공개데이터셋명 미기재 검증필요: in silico 예측과 실험적 검증을 통해 우선순위화된 73개 고친화성 후보 중 5개가 in vitro 및 in vivo에서 강력한 결합 능력을 보였다는 주장의 재현성 및 in vivo 검증 방법론의 구체성
📖 초록(원문 EN — 한글 번역 실패)
HLA class I presentation of pathogen-derived peptides is essential for CD8+ T-cell recognition of Toxoplasma gondii . While in vitro MHC ligands have been documented, the in vivo ligandome during infection progression remains poorly characterized. Here, we employed an MS-based immunopeptidomics approach to directly profile the T. gondii immunopeptidome presented by HLA-A *02:01 in transgenic mice. By employing a hierarchical discovery funnel, our analysis identified a comprehensive repertoire of 3,744 unique T. gondii -derived peptides. Subsequent filtering for canonical 8-12mers, matching the typical binding length for HLA-A *02:01 ligands, established a high-confidence foundational ligandome of 3,433 peptides. Source protein analysis revealed that these peptides originate from diverse parasite proteins, including a substantial proportion of previously uncharacterized hypothetical proteins. Notably, specific ligands were consistently detected across both acute and chronic stages, suggesting stable MHC-I presentation throughout the infection cycle. By integrating in silico predictions with experimental validation, we prioritized 73 high-affinity candidates, five of which exhibited robust HLA-A *02:01 binding capacity in vitro and in vivo . Specifically, we identified a novel ligand derived from glycogen synthase (PGS) and determined its co-crystal structure with HLA-A *02:01, revealing favorable binding architecture. Overall, these findings expand the known HLA-A *02:01-restricted ligand landscape of T. gondii and provide a high-priority list of candidates for future functional validation of CD8+ T-cell immunogenicity.
[생물정보학] INTERPOL Review of Forensic Biology and DNA, 2023-2025. 🔁멀티도메인구제
2026-06-14 · Forensic science international. Synergy · 10.1016/j.fsisyn.2026.100705 · rel=0.449 🔗 우리 도메인: proteomics/MS
핵심발견: 2023-2025년 사이 법의학 생물학 및 DNA 분석 분야의 최신 과학적 발전, 방법론, 동향을 파악하기 위해 2000개 이상의 참고문헌을 선별·선별하여 15개 주제와 116개 하위 주제로 분류하고, 현재 관행의 발전과 신기술 연구 분야를 체계적으로 정리함. 방법·데이터: 문헌고찰(Review), Scopus, Web of Science, PubMed 데이터베이스 검색, Zotero 기반 참고문헌 관리, 300개 이상 저널 및 ISFG 회의록, 17개 기관의 가이드라인 포함. 검증필요: AI 도구를 활용한 참고문헌 요약 및 선별 과정의 정확성 및 편향성 검증.
🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): 📄리뷰/perspective(1차연구 아님 — 근거강도 주의)
📖 초록(원문 EN — 한글 번역 실패)
As a part of the 21st INTERPOL International Forensic Science Managers Symposium, this work explores the latest scientific developments, methodologies, and trends in forensic biology and forensic DNA analysis of biological evidence during the years 2023 to 2025 and builds upon previous INTERPOL DNA reviews. Almost 2000 references covering the three-year time range of this review were located via various online searches including use of Scopus, Web of Science, and PubMed. The scientific articles, which originated from more than 300 different journals, were curated in a Zotero reference manager database (see Supplemental File 1) and sorted into 15 topics and 116 sub-topics (see Supplemental File 2) under sections focused on advances in current practices (Section 3) and emerging technologies and research studies (Section 4). This triennial review describes 24 books or major reports, 20 special issues of journals on aspects of forensic DNA, 292 articles from 2 International Society for Forensic Genetics (ISFG) conference proceedings, and 70 guidance documents from 17 different organizations to assist in quality DNA testing. Publications were evaluated and sorted into 10 topics around advances in current practices and 5 topics related to emerging technologies and research studies. These topics, which are further sub-divided in a compiled list (see Supplemental File 2) included rapid DNA analysis; law enforcement DNA databases and ethics; forensic investigative genetic genealogy (FIGG); forensic biology and body fluid identification; DNA processing; DNA typing with short tandem repeat (STR) markers; DNA interpretation at the source or sub-source level of the hierarchy of propositions along with mixture interpretation using probabilistic genotyping software (PGS); DNA interpretation at the activity level along with aspects of DNA transfer, persistence, prevalence, and recovery (TPPR); statistics and population genetic data; human identification and kinship analysis; next-generation sequencing (NGS) and technology developments; forensic DNA phenotyping (FDP) and methylation; lineage markers (Y-chromosome, mitochondrial DNA, X-chromosome analyses); new markers and approaches (microhaplotypes, insertion/deletion markers, proteomics, microbiome, single-cell analysis, using environmental DNA, and biomarkers for diagnosis of sudden death, molecular autopsy, or post-mortem interval); and non-human DNA testing and wildlife forensics. Artificial intelligence (AI) tools for summarizing references were explored and utilized in performing this review of over 1900 publications.
🔭 주변 관심 (20편 · 관련성 통과했으나 우리 도메인 접점 없음 — 제목·rel만)
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🆕 신규 공개 데이터셋 (PRIDE/GEO · 재분석 후보)
- [uncertain] GEO:GSE324349 · 2026-07-27 · 검색:cultured-meat · rel=0.467 — Postnatal Pax7-expressing limb cells are multipotent and generate non-myogenic lineages that persist into adulthood.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/?term=GSE324349
🩺 실행 진단
- 관련성 게이트: BGE 관련성 게이트 · 후보 128 = 오프토픽 48 + 쿼터/캡컷 36 + 채택 44
- ★캡컷 상위(관련성 통과했으나 쿼터/캡 탈락): Cell culture medium formulation can be a driver of lipoprotein lipase (rel=0.598·HCP); Development of single-chain C1q affinity chromatography-mass spectrome(rel=0.586·항체-topdown); Purification of Advanced Therapeutics by Flow-Through Pseudo-Affinity (rel=0.576·HCP); Key molecular networks underlying retinol's biphasic effects on cell p(rel=0.553·멀티오믹스); Causal association and shared mechanisms between Graves' disease and p(rel=0.523·GWAS)
- 브릿지: 신규 데이터셋 1/2건 유효(관련성·서브시리즈 필터 후) · 엔진 gap 0편(도메인/임계 필터로 전량 탈락 — 정직 보고)
- 라벨 강등(신뢰도<0.5): 1편 [기타/미분류]
- 요약노드 7/8 사용 · 죽은 노드: 172.20.0.19:11209
- 요약 실패(무음 전멸): 0편
- ★무음 부분실패(핵심발견 등 핵심필드 공란): 0편
- ★개체명 불일치(핵심발견 질병명이 타필드와 충돌 — 요약 환각 의심, F-01): 0편
- ★요약↔원문 정합성 위반(심볼 환각·수준 혼동, B게이트): 0편