오믹스·바이오인포 문헌 모니터 — 2026-08-07

Europe PMC 후보 128편 → BGE 관련성 게이트 → 채택 45편 (🆕 신규 0) · 로컬 qwen×8 구조화 요약 + 초록 한글 번역 · 사람 입력 0 · 가설발굴은 SEED→H1 엔진으로 분리

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📡 오늘의 신호

신규 논문: 0/45편 (모두 기존 보고됨)
ℹ️ 범례: 🆕 = 이 피드 최초 등장(논문 발행일 아님) · 🔗 = 우리 RAG/프로젝트 도메인 접점
🧭 관련성 게이트(축1: in-scope 여부, 임계 rel≥0.44): 후보 128 = 오프토픽 48 + 쿼터/캡컷 35 + 채택 45
🏷️ 라벨 신뢰도(축2: 어느 토픽 라벨, 임계 0.5): [기타/미분류] 1편 · 멀티도메인 구제 11편(강등 대신 최상위 라벨 유지). ※rel(0.44)=관련성 통과 여부와 별개 축 — rel 통과했어도 라벨 신뢰도 미달이면 강등.
🔬 공개데이터 동반 논문 2편 · accession: GEO:GSE39582, GEO:GSE85452, GEO:GSE227835
🔗 우리 도메인 접점: proteomics/MS(13), antibody-topdown(11), tox-multiomics(4), addiction-omics(2), neurodegeneration(2)
🔎 자동점검 플래그: 14편 — 📄리뷰/perspect(10), ⚠️LLM 수치주장 미(2), 하이프-언어(2), 🚩개체명 불일치(핵심발(1), ⚠️수준 불일치(요약 (1)
🆕 신규 공개 데이터셋: 유효 0건(후보 2건 전부 관련성/서브시리즈 필터로 탈락 — 정직 보고)
🎯 엔진 gap 연결: 0편(도메인/임계 필터로 전량 탈락 — 정직 보고)

📄 논문 카드

판정 권위: 🔎자동점검(규칙기반) = 1차 신호 · 🔸LLM 소견 = 미검증 참고용(qwen 비결정론, verdict 아님).

상세 카드 25편(우리 도메인 접점) · 주변 관심 20편(접점 없음 → 하단 제목·rel만)

[HCP] Illuminating the Dark Host Cell Proteome: A host cell protein coverage method for LC-MS impurity assays.

2026-05-09 · Journal of pharmaceutical and biomedical analysis · 10.1016/j.jpba.2026.117555 · rel=0.766 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: DARK-COV 파이프라인은 이론적 검출 한계를 예측하여 실험 데이터(HCPedia™, >15,000 분석)와 높은 일치도를 보였으며, 4가지 발현 시스템에서 이론적으로 검출되지 않는 'Dark HCP'는 전체 단백질의 1.0-5.2%에 불과하고 대부분 저분자량으로 위험도가 낮음을 확인. 방법·데이터: LC-MS 기반 HCP 분석, HCPedia™ 데이터셋(>15,000 LC-MS 분석 결과), CHO, E. coli, HEK, Sf9 세포주. 검증필요: >15,000개의 실험 데이터셋과 DARK-COV 예측 간의 '강한 일치(strong concordance)'가 통계적으로 유의미하며, 특히 검출되지 않는 단백질의 위험도가 낮다는 결론이 다양한 매트릭스 효과와 이온 억제 조건에서도 일관되게 유지되는지. 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 초록에 '이론적 검출 가능성의 상한(upper bound)'을 제시한다고 명시하면서도, 실제 샘플의 매트릭스 효과, 이온 억제, 농도 의존적 검출 가능성을 고려하지 않았다고 인정하는 부분에서, 이러한 주요 변수를 배제한 in silico 예측이 실제 규제적 타당성(regulatory justification)을 뒷받침할 만큼 신뢰할 수 있는지에 대한 논리적 비약 가능성

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

액체 크로마토그래피-질량 분석법(LC-MS)을 통한 숙주 세포 단백질(HCP) 분석은 생물제제의 개별 불순물을 동정하고 정량하여 위험 기반 불순물 평가를 지원한다. 그러나 효소면역측정법(ELISA) 방법과는 달리, LC-MS 검출법의 방법 특이적 HCP 커버리지에 대한 체계적 평가는 아직 명확히 정의되지 않았다. 특히, 특정 분석 조건에서 본질적으로 검출되지 않는 단백질에 대한 제한된 관심만 기울여져 불순물 특성 규명에서 사각지대를 초래할 가능성이 있다. 본 연구에서는 LC-MS 기반 불순물 검출법의 이론적 HCP 커버리지를 평가하기 위한 투명하고 일반화 가능한 in silico 파이프라인인 DARK-COV를 제시한다. 이 파이프라인은 펩타이드 소수성, 전하 상태, 질량 대 전하 비를 기반으로 한 in silico 소화된 프로테오ーム의 물리화학적 필터링과 방법 특이적 LC-MS 매개변수를 결합하여 어떤 펩타이드와 단백질이 검출될 수 있는지 예측한다. 두 개 이상의 검출 가능한 펩타이드를 생성하지 않을 것으로 예측된 단백질은 다크 숙주 세포 단백질(Dark Host Cell Proteins)로 분류되었다. 이 파이프라인은 동일한 LC-MS 워크플로우를 사용하여 생성된 경험적으로 관찰된 HCP 펩타이드의 포괄적인 데이터베이스인 HCPedia™에 수집된 15,000건 이상의 LC-MS 분석에서 파생된 대규모 실험 데이터셋을 대상으로 벤치마킹되었다. 개념 증명 실증으로서, DARK-COV는 중국 햄스터 난소(CHO) 세포, 대장균(Escherichia coli), 인간 배아 신장(HEK) 세포, 그리고 밤나방속(Spodoptera frugiperda, Sf9) 세포를 포함한 산업적으로 관련성 있는 네 가지 발현 시스템에 적용되었으며, 이상화된 in silico 조건 하에서 이러한 프로테오ーム에 있는 단백질 중 이론적으로 검출 불가능한 단백질은 단 1.0-5.2%만 예측됨을 밝혔다. 이러한 예측은 검출 가능성에 대한 상한선을 제시하며, 실제 샘플의 매트릭스 효과, 이온 억제, 또는 농도 의존적 검출 가능성은 고려하지 않는다. >15,000건의 LC-MS 데이터셋에 걸친 실험적 관찰 결과와의 비교는 DARK-COV 예측과 강한 일치성을 보여주어, LC-MS 검출법의 검출 범위 밖에 있을 가능성이 높은 단백질을 분류하는 것을 지지한다. 기능적 주석 달성과 알려진 고위험 HCPs와의 비교는 대부분의 다크 숙주 세포 단백질이 생물제제 불순물 위험과 관련성이 낮은 저분자량 단백질임을 나타냈다. 전반적으로, 이 파이프라인은 LC-MS 검출법에서 이론적 커버리지를 정량화하고 예측을 실험적 관찰과 비교하기 위한 재현 가능한 방법 특이적 접근법을 제공한다. 분석적 사각지대를 식별함으로써, 이 전략은 미검출 HCPs의 위험 기반 평가를 지원하며, USP Chapter 1132.1에 기술된 LC-MS 기반 HCP 불순물 분석의 규제적 정당화에 대한 합리적 기반을 제공한다. ⚠️[언어오염: 미정규화 토큰 ['ム']]

[HCP] Deep dive into drug substance HCP patterns for comprehensive safety assessment in recombinant mAb formats.

2026-07-07 · Biotechnology progress · 10.1002/btpr.88540 · rel=0.704 🔗 우리 도메인: proteomics/MS, antibody-topdown

핵심발견: CHO 세포 발현 재조합 mAb 5종에서 native digest(ND)와 immunoaffinity chromatography(IAC)가 hexapeptide enrichment보다 낮은 농도의 HCP 검출을 확장하며, pull-down assay를 통해 활성 성분과 상호작용하는 제품 특이적 HCP가 확인되어 표준 정제 공정으로는 제거가 불충분할 수 있음을 보임. 방법·데이터: 재조합 mAb 5종(CHO 세포 발현), LC-MS/MS 기반 HCP 분석, hexapeptide enrichment, IAC, native digest(ND) 전략 비교, pull-down assay. 초록 미기재 검증필요: ND와 IAC의 조합이 실제 임상적 안전성(면원성 등)을 향상시킨다는 주장을 뒷받침하기 위해, 검출된 'potentially critical HCPs'의 생물학적 활성 및 면역원성 데이터가 초록에 명시되지 않았으므로, 실제 독성 또는 면역원성 연관성이 확인되었는지 검증 필요. 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 초록에 'polysorbate stability caused by HCPs with enzymatic activities'라는 인과적 진술이 있으나, 특정 효소 활성을 가진 HCP가 polysorbate 분해를 통해 안정성에 영향을 미친다는 구체적인 기전적 증거나 데이터(예: 특정 효소 활성 측정치와 polysorbate 분해율의 상관관계)가 제시되지 않았으며, 단순한 연관성을 인과관계로 단정하는 논리적 비약이 있을 수 있음

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

단클론항체(mAb) 치료제에서 공정 관련 불순물인 숙주세포단백질(HCPs)의 존재는 면역원성, 제품 불안정성 및 치료 효능 감소를 포함하는 위험을 제시한다. 따라서 HCP 수준은 모니터링이 필요한 중요한 품질 특성으로 간주된다. 프로젝트의 후기 단계, 제출 후 변경을 포함한 공정 변경 후 공정 개발 중 잔류 HCPs의 특성 규명은 필수적이다. ELISA의 한계를 극복하기 위해, 특히 낮은 발현량의 개별 HCPs를 식별하는 데 있어 질량분석법 기반 HCPs 분석이 점점 더 많이 사용되고 있다. 본 연구에서 우리는 CHO 세포에서 발현된 5가지 재조합 제품 전반에 걸쳐 낮은 발현량의 HCPs에 대한 LC-MS/MS 기반 검출을 향상시키기 위해 헥사펩타이드(enrichment), 면역친화 크로마토그래피(IAC), 그리고 네이티브 디제스트(ND)라는 세 가지 농축 전략을 체계적으로 비교하였다. 우리의 결과는 ND와 IAC 모두 헥사펩타이드 농축 및 총액 내 디제스트(in-solution digest)를 넘어 HCP 식별의 총 수에서 HCP 검출을 크게 확장함을 보여준다. IAC는 여러 잠재적으로 중요한 HCPs의 검출을 지원한 반면, ND는 항체 기반 방법으로는 포착되지 않은 추가적인 낮은 발현량의 HCPs를 고유하게 식별하였다. 또한 풀다운(pull-down) 검사는 활성 의약 성분(active pharmaceutical ingredient)과 상호작용할 가능성이 있는 제품 특이적 HCPs를 드러냈으며, 이는 표준 정제 단계가 이들의 제거에 불충분할 수 있음을 시사한다. 함께, 우리의 발견들은 심층적인 HCP 프로파일링을 위해 ND와 IAC의 상호 보완적 성격을 강조한다. 우리는 효소 활성을 가진 HCPs로 인해 낮은 제품 또는 폴리소르베이트(polysorbate) 불안정성 문제가 발생할 때 특히, 바이오의약품 제품에서 잠재적으로 중요한 HCPs의 포괄적인 검출을 보장하기 위해 두 방법의 결합된 적용을 제안한다. 이러한 통합적 접근법은 향상된 제품 안전성과 공정 중 일관된 HCP 제거를 지원한다.

[항체-topdown] Rapid and selective characterization of antibody-drug conjugates in complex sample matrices by native affinity liquid chromatography-mass spectrometry.

2026-01-18 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2618314 · rel=0.656 🔗 우리 도메인: proteomics/MS, antibody-topdown

핵심발견: POROS CaptureSelect FcXL 칼럼과 최적화된 용매/MS 파라미터를 결합한 1D aLC-MS 방법은 시료 전처리 없이 혈청 내 ADC의 DAR, DLD 및 상대적 약물 풍부도를 정확히 측정하며, PBS 대비 혈청에서 말레이미드 가수분해 및 이황화물 교환 등 상이한 생체전환 양상을 확인함. 방법·데이터: aLC-MS( POROS CaptureSelect FcXL 칼럼 사용), 마우스 혈청 코호트, 안정성 연구 및 농도 계열 분석. 검증필요: 혈청 내 ADC의 생체전환 프로파일(말레이미드 가수분해 및 이황화물 교환)이 PBS 대비 구별된다는 주장의 재현 및 기전적 타당성 검증.

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

항체-약물 접합체(ADC) 및 기타 바이오의약품은 생물학적 매트릭스에서의 생체변환을 평가하기 위해 견고한 분석 방법이 필요하다. 현재의 접근법은 종종 오프라인 농축과 광범위한 크로마토그래피 분리를 필요로 하여 처리량이 제한되고 데이터 처리가 복잡해진다. 우리는 POROS CaptureSelect FcXL 칼럼과 최적화된 용매 및 MS 파라미터를 결합하여 혈청과 같은 복잡한 샘플 매트릭스에서 ADC 및 기타 항체 유래 형식의 직접 분석(1D aLC-MS)을 가능하게 하는 내성 친화성 액체 크로마토그래피-질량 분석법(aLC-MS) 방법을 개발했다. 이 방법은 마우스 혈청에서의 안정성 연구 및 농도 계열을 사용하여 평가되었다. 직접 분석은 크로마토그래피 피크 적분 없이 샘플 전반에 걸친 약물-항체 비율(DAR), 약물 부하 분포(DLD) 및 상대적 약물 풍부도를 정확하게 결정할 수 있게 해주었다. 안정성 연구는 혈청과 PBS 간에 뚜렷한 ADC 생체변환 프로파일을 보여주었으며, 여기에는 저접합 시스테인 부위에서의 말레이미드 가수분해 및 이황화 결합 교환이 포함되었다. aLC-MS 방법은 혈청에서 125-2000 µg/mL 범위에서 우수한 직선성(R 2 = 0.99)을 달성했으며 31.25 µg/mL까지 민감도를 보였다. 이 빠르고 선택적인 aLC-MS 방법은 최소한의 샘플 준비로 복잡한 매트릭스에서 ADC 품질 특성의 고속 모니터링을 가능하게 하여 바이오의약품 제품 개발 및 생체분석 응용을 지원한다. 이 방법은 MS 결과에만 전적으로 의존하므로 데이터 처리 및 보고가 빠르고 자동화가 용이하다.

[중독] Neural, neurotransmitter, and molecular signatures of gray matter volume alterations in digital addiction.

2026-05-20 · Journal of psychiatric research · 10.1016/j.jpsychires.2026.05.027 · rel=0.617 🔗 우리 도메인: addiction-omics

핵심발견: 디지털 중독 환자에서 양측 전두극피질, 좌측 중전두회 및 좌측 내측 안와전두피질의 회백질 부위 감소가 확인되었으며, 이는 세로토닌 및 GABA성 신경전달물질 시스템과 공간적으로 연관되어 있었다. 방법·데이터: VBM 메타분석(SDM), Juspace를 이용한 정량적 신경전달물질 지도 공간 상관관계 분석, Allen Human Brain Atlas 기반 PLSR 전사체 디코딩. 검증필요: 534개의 유전자 식별 및 시냅스 기능/이온 채널 활동 풍부화 결과가 실제 생물학적 타당성을 갖는지, 특히兴奋性 및 抑制性 뉴런에서의 발현 패턴이 GMV 감소 기전과 일관되게 해석되었는지 검증 필요. ⚠️[언어오염: 미정규화 토큰 ['兴', '制', '奋', '性', '抑']]

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): ⚠️LLM 수치주장 미검증(규칙층 미코로보레이트 — 초록 대조 필요)

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

배경 및 목적 디지털 중독(DA)은 소셜 미디어, 게임, 스마트폰의 강박적 사용을 포함하며 신경생물학적 기저를 가진 행동 중독으로 점차 인식되고 있다. 그러나 신경영상 소견은 여전히 이질적이며, underlying 신경전달물질 및 분자 기작은 명확하지 않다. 본 연구는 디지털 중독(DA)에서 일관된 회색질 부피(GMV) 변화를 규명하고, 이들의 신경전달물질 및 전사체 상관관계를 탐색하는 것을 목적으로 하였다. 방법 디지털 중독(DA) 대조군 대비 GMV 변화를 결정하기 위해 시드 기반 d 매핑(SDM)을 이용한 체적 기반 형태측정(VBM) 메타분석을 수행하였다. Juspace를 사용하여 GMV 변화와 규범적 신경전달물질 지도 간의 공간적 상관관계를 평가하였다. 알렌 인간 뇌 아틀라스(Allen Human Brain Atlas)를 사용하여 부분 최소제곱 회귀(PLSR)를 통해 전사체 해독을 수행한 후, 유전자 풍부도 분석 및 세포 유형 분석을 실시하였다. 결과 메타분석은 좌우 전대상피질(ACC), 좌측 중전두회(MFG), 좌측 내측 안와전두피질(mOFC)에서 GMV 감소를 보였다. 이러한 영역은 세로토닌성 및 GABA성 시스템과 공간적으로 대응되었다. 전사체 분석은 GMV 변화와 연관된 534개의 유전자를 규명하였으며, 이들은 시냅스 기능 및 이온 채널 활동에 풍부하게 표현되었고, 주로 흥분성 및 억제성 뉴런에서 발현되었다. 결론 본 다중 규모 통합 분석은 디지털 중독(DA) 관련 GMV 변화를 특정 신경전달물질 시스템 및 유전자 발현 프로파일과 연결한다. 이 소견은 세로토닌성, 억제성 및 보상 관련 신경생물학적 시스템의 관여에 대한 수렴적 증거를 제공하며, I-PACE 프레임워크 내에서 디지털 중독(DA)에 대한 보다 포괄적인 신경생물학적 이해에 기여할 수 있다.

[ELISA] Comparative validation of LC-MS, micro-bioassay, and ELISA for lincomycin quantification: application to pharmacokinetic analysis in healthy and co-infected porcine models.

2026-07-25 · The veterinary quarterly · 10.1080/01652176.2026.2708928 · rel=0.609 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: LC-MS, micro-bioassay(MBa), ELISA 모두 생체분석 검증 기준을 충족하며, MBa와 ELISA는 LC-MS와 높은 상관관계(r≥0.97)와 유사한 약동학 파라미터를 보여 저비용 대안으로 적합하다. 방법·데이터: LC-MS, micro-bioassay, ELISA; 건강한 돼지 및 Actinobacillus pleuropneumoniae/Pasteurella multocida 공동 감염 돼지 모델; 공개데이터셋명 미기재 검증필요: MBa와 ELISA가 LC-MS와 통계적으로 동등한 약동학 파라미터(Cmax, Tmax, AUC 등)를 산출한다는 주장의 재검증

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

본 연구는 리ن코마이신(10 mg/kg 체중)의 porcine 혈장 내 정량을 위해 액체 크로마토그래피-질량 분석법(LC-MS), 미세 생체시험법(MBa), 효소면역측정법(ELISA)을 비교하고, Actinobacillus pleuropneumoniae와 Pasteurella multocida에 공동 감염된 건강한 새끼 돼지에서의 리ن코마이신 약동학(PK) 데이터를 평가하였다. 모든 방법은 낮은 검출 한계와 정량 한계, 허용 가능한 분석 내 정밀도 및 오차, 임상적으로 관련 있는 농도 범위에서 강한 선형성을 포함한 표준 생분석 검증 기준을 충족하였다. MBa와 ELISA로 측정된 혈장 농도는 건강한 모델과 감염된 모델 모두에서 LC-MS와 높은 상관관계(Pearson r ≥ 0.97, Bland-Altman 분석에서 낮은 편차)를 보였으며, Cmax, Tmax, 곡선 아래 면적(AUC), 청소율, 평균 체류 시간과 비교 가능한 PK 매개변수를 생성하여 PK/약력학(PD) 기반 용량 최적화에 적합함을 나타냈다. PK 분석은 근육 내 투여 후 빠른 흡수와 선택된 분포 및 배설 매개변수에서의 질병 관련 변화를 보여주었다. AUC와 청소율은 분석 방법 간에 거의 유사했으며, 소프트웨어 플랫폼(WinNonlin 및 PKSolver) 간에도 크게 일관되었다. 따라서 저비용인 MBa와 ELISA는 무료 이용 가능한 PKSolver와 결합하여 돼지에서의 리ن코마이신에 대해 견고하고 의사결정에 관련 있는 PK/PD 데이터를 생성할 수 있으며, 이는 자원 제약이 있는 수의학 및 농장 환경에서 항균제 용량 정제와 관리에 대한 실용적인 프레임워크를 제공한다.

[ADC] Trial watch: antibody-drug conjugates in cancer therapy.

2026-05-03 · Oncoimmunology · 10.1080/2162402x.2026.2667160 · rel=0.606 🔗 우리 도메인: tox-multiomics, antibody-topdown

핵심발견: ADC는 단클론항체의 표적 특이성과 소분자 약물의 세포독성을 결합하여 혈액암 및 고형암에서 임상적 이득을 보였으며, 특히 후기 임상시험에서 전체 생존율 개선이 확인되었다. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: ADC의 설계 원칙(표적 부위, 링커 화학, 독성, 약-항체 비율 등)이 약동학, 세포내 이동, 비인접 세포 효과(bystander effect) 및 독성에 미치는 영향에 대한 인과적 연관성

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): 📄리뷰/perspective(1차연구 아님 — 근거강도 주의)

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

항체-약물 접합체(ADC)는 단클론 항체의 표적 특이성과 소분자 화합물의 세포독성 효능을 결합한다. 최근 몇 년간 ADC는 현대 정밀 종양학의 임상적으로 검증된 구성 요소로 부상했다. 현재까지 종양학적 적응증을 위해 12종 이상의 ADC가 FDA 승인을 받았으며, 추가적인 제제가 지역적으로 승인되었고 수백 종의 ADC 기반 요법이 임상 개발 중이다. 집단적으로 이러한 치료법은 혈액학적 악성 종양과 고형 종양 전반에 걸쳐 임상적 이점을 입증했으며, 특히 후기 단계 임상 시험에서 전체 생존율의 현저한 개선을 보였다. 본 Trial Watch에서는 초기 전임상 개발부터 현재 임상 적용에 이르기까지 이용 가능한 ADC에 대한 개요를 제공한다. 또한 에피토프 표적화, 링커 화학, 페이로드 독성 및 약물-항체 비율을 포함하여 임상적으로 성공한 ADC를 뒷받침하는 설계 원칙을 요약하고, 이러한 특징들이 약동학, 세포내 이동, 사이드바이더 효과 및 독성에 어떻게 영향을 미칠 수 있는지 논의한다. 마지막으로, 향후 방향을 정의하기 위해 후기 단계 임상 시험의 결과와 승인된 제제에 대한 결과를 논의한다.

[항체-topdown] Setting expectations for current and future directions of native mass spectrometry in the biopharmaceutical industry.

2026-07-15 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2699078 · rel=0.594 🔗 우리 도메인: proteomics/MS, antibody-topdown

핵심발견: 네이티브 질량분석법(native-MS)은 mAb, ADC 등 완전한 분자 집합체의 직접 평가로 기존 분석법의 한계를 보완하나, 처리량·감도·자동화 측면의 한계로 산업계 보급이 제한적임 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 네이티브 질량분석법의 산업 내 실제 적용 범위와 기존 분석 기술 대비 고유한 장점, 그리고 일상적 특성 분석에 대체 방법이 더 실용적인 영역에 대한 명확한 정의

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): 📄리뷰/perspective(1차연구 아님 — 근거강도 주의)

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

천연 질량 분석법(native-MS)은 학술 연구실에서 광범위하게 탐구되어 왔으나, 바이오의약품 연구 내에서의 실제적 역할은 아직 명확히 정의되지 않았다. 본 관점 논문에서 우리는 천연 질량 분석법(native-MS)이 현재 어떻게 적용되고 있으며, 확립된 분석 기술과 비교하여 어떤 고유한 장점을 제공하는지, 그리고 일상적인 특성 분석에는 대체 방법이 여전히 더 실용적인지에 대한 산업계 중심의 견해를 제시한다. 바이오의약품 워크플로우 내에서 특성 분석 전략은 전통적으로 크기 배제 크로마토그래피(SEC), 이온 교환 크로마토그래피(IEX), 전기영동, 광산란, 열측정법, 그리고 변성 액체 크로마토그래피(LC) MS와 같은 직교 기술에 의존해 왔다. 천연 질량 분석법(native-MS)은 단클론 항체(mAbs), 다특이성 항체, 항체-약물 접합체(ADCs), 당단백질 및 단백질 복합체를 포함한 완전한 분자 어셈블리의 직접적 평가를 가능하게 함으로써 이러한 방법들을 보완한다. 적용 분야에는 고차원 어셈블리 평가, 리간드 또는 보조인자 결합, 표적 복합체의 화학량론, 그리고 변성 조건 하에서는 숨겨질 수 있는 이질성 평가가 포함된다. 그러나 처리량, 민감도, 자동화 및 접근성과 관련된 과제로 인해 산업계 연구실에서의 광범위한 채택은 제한되어 왔다. 크로마토그래피 하이픈화, 온라인 완충액 교환(OBE), 개선된 자동화 및 전하 감지 질량 분석법(CDMS)을 포함한 새로운 발전들은 이러한 제약을 해소하기 시작하고 있다. 우리는 바이오의약품 분야에서의 천연 질량 분석법(native-MS)의 미래 영향력이 이러한 기술적 진보들을 치료 파이프라인 전반에 걸친 고통량 특성 분석을 지원할 수 있는 플랫폼화된 분석 워크플로우 및 소프트웨어와 통합하는 데 달려있다고 주장한다. 본 논문에서 제기된 아이디어들이 천연 질량 분석법(native-MS)이 언제, 어떻게, 그리고 만약 그렇다면 언제 더 많이 채택되어야 할지에 대한 논의를 촉발하기를 바란다.

2026-04-17 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2657646 · rel=0.592 🔗 우리 도메인: antibody-topdown

핵심발견: 항체 서열, AlphaFold 기반 구조, 단백질 언어 모델(PLM) 임베딩을 결합한 다중 모달 학습 프레임워크가 C57BL/6 쥐에서 mAb 및 ADC의 반감기를 정량적으로 예측하며, 구조 기반 및 PLM 접근법이 단일 서열 모델보다 우수한 성능(Pearson's r=0.76~0.79)을 보였다. 방법·데이터: 실험적 반감기 데이터 기반 XGBoost 모델 학습; mAb 118개 및 ADC 118개(초록 미기재 실제 데이터셋 크기) 사용; C57BL/6 쥐 코호트; 구조 기반(AlphaFold), PLM(ESM-2), 서열 기반 특징 추출 검증필요: 118개 데이터셋으로 훈련된 모델의 구조 기반 및 PLM 접근법이 실험적 반감기 예측에서 단일 서열 모델 대비 통계적으로 유의미하게 우수한 성능을 보였는지

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

항체-약물 접합체(ADC)의 유리한 약동학(PK) 특성은 높은 전신 노출을 가능하게 하며, 임상 효능의 개선과 관련이 있으나, ADC의 PK 최적화는 여전히 주로 경험적이며 자원 집약적이다. 우리는 다중 모달 특징 학습을 사용하여 C57BL/6 마우스에서 단클론 항체(mAb) 및 ADC의 반감기를 예측하기 위한 in silico 프레임워크를 개발하였다. ADC의 구조적 복잡성에 대응하기 위해, 각 화합물은 세 가지 구성 요소로 분해되었다: (1) 서열 설명자, AlphaFold 기반 구조적 특성 또는 단백질 언어 모델(PLM) 임베딩으로 표현된 항체 특징; (2) 약물-항체 비 및 접합 부위를 포함한 접합 관련 특징; (3) 링커-페이로드의 물리화학적 특성. 118개 mAb 및 ADC의 실험적 반감기 데이터를 사용하여 XGBoost 모델이 훈련되었다. 구조 기반 및 PLM 접근법은 강력한 교차 검증(Pearson의 r = 0.76)을 달성하여 서열 전용 모델보다 우수한 성능을 보였다. 32개 mAb 및 ADC의 시간적 검증에서 구조 기반 모델은 견고한 일반화(r = 0.79)를 입증하였다. PLM 임베딩은 비교 가능한 순위 순서(Spearman의 ρ, ESM-2의 경우 최대 0.81)를 달성했으나, 구조 기반 모델에 비해 정량적 정확도는 낮았다. 전반적으로, 본 연구는 합성 및 in vivo 테스트 이전에 mAb 및 ADC의 초기 PK 스크리닝을 위한 확장 가능한 머신러닝 프레임워크를 제시한다.

[항체-topdown] Glycan pairing in therapeutic IgG orchestrates Fcγ receptor engagement and ADCC: an integrated structure-function approach for thorough evaluation of Fc N-glycans as critical quality attributes.

2026-04-02 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2652642 · rel=0.59 🔗 우리 도메인: tox-multiomics, antibody-topdown

핵심발견: 리툭시맙을 모델로 한 전장 IgG 연구에서, FcγRIIIa 결합 및 ADCC 효능 증대는 단일 비푸코실화만으로 최대 수준에 도달하며, 갈락토실화나 고만노스 종은 미미하거나 문맥 의존적 효과를 보임. 방법·데이터: 리툭시맙 모델 IgG, 화학효소적 재구성 및 정제를 통한 대칭/비대칭 당쌍 변이체 생성, 표면 플라즈몬 공명(SPR)을 이용한 인간 FcγR(FcγRI, IIA-H131/RIIa-R131, IIIa, IIIb) 결합 분석, 세포 기반 ADCC 리포터 유전자 검정. 검증필요: FcγRIIa-H131이 갈락토실화에, FcγRIIa-R131이 비푸코실화에 주로 조절된다는 알로타입 특이적 효과의 생물학적 기전 및 재현성. 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 갈락토실화가 FcγRIIIb에서 가장 두드러진다고 명시했으나, 고만노스 종이 FcγRIIIa에 대해 비푸코실화 복합형보다 낮지만 완전 푸코실화형보다 높은 중간 친화력을 보인다는 SPR 결과와 ADCC 결과의 정량적 상관관계(예: 친화도 증가가 효능 증가로 직결되는지)에 대한 명확한 데이터 제시 부재

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단클론 항체(mAbs)는 항원 결합 및 Fc 수용체(FcRs) 또는 보체 시스템과의 상호작용을 통해 치료적 활성을 매개할 수 있다. FcRs는 면역 세포에 발현되며 항체 의존성 세포 매개 세포독성(ADCC) 및 항체 의존성 세포 매개 식균작용과 같은 효과기 기능을 개시할 수 있다. 면역글로불린 G(IgG)의 보존된 Fc N-글리칸은 N297에서 Fc-FcγR 상호작용의 강도와 안정성 및 결과적인 효과기 반응을 조절한다. 기존의 분석은 일반적으로 개별 글리칸을 고립된 상태로 고려하며, 각 Fc 부분이 대칭적으로 또는 비대칭적으로 짝을 이룰 수 있는 두 개의 N-글리칸을 운반한다는 사실을 간과한다. IgG Fc 영역에 대한 최근 연구들은 글리칸 페어링이 Fc-FcR 상호작용을 상당히 형성할 수 있음을 입증했다. 본 연구에서는 리툭시맙을 모델로 사용하여 완전한 길이의 IgG를 통해 글리칸 페어링의 영향을 평가했다. 통제된 화학효소 재설계 및 정제를 통해 순수하고 균일한 대칭 및 비대칭 Fc 글리코-페어링 변이체들을 생성했다. 광범위한 인간 FcγRs 패널에 걸친 표면 플라즈몬 공명 결합 연구는 수용체 및 알로타입 특이적 효과를 드러냈다: FcγRI 결합은 본질적으로 영향을 받지 않았으며, FcγRIIa는 알로타입 의존성을 보였는데, FcγRIIa-H131은 주로 갈락토실화에 의해 조절되었고 FcγRIIa-R131은 무푸코실화에 의해 조절되었다. 반면 FcγRIIIa는 최대 결합에 도달하기 위해 단 하나의 무푸코실화만 필요로 했다. 갈락토실화는 작고 수용체 의존적인 영향을 미쳤으며, 이는 FcγRIIIb에서 가장 두드러졌다. 고만노스 종은 FcγRI 및 FcγRII에 대한 결합을 감소시켰으나, 무푸코실화된 복합형보다 낮지만 완전히 푸코실화된 변이체보다는 높은 중간 친화도를 FcγRIIIa에 대해 나타냈다. 생물학적 관련성을 평가하기 위해 세포 기반 ADCC 보고자 유전자 검사는 단 하나의 무푸코실화가 ADCC 효능 증가를 유도하기에 충분하며, 갈락토실화와 고만노스는 작거나 문맥 의존적인 효과만 기여함을 확인했다. 함께 이러한 발견들은 글리칸 페어링을 치료용 항체의 중요한 품질 속성으로 확립하고, Fc N-글리칸의 중요성에 대한 정밀한 평가 및 정의된 효과기 기능 프로필을 가진 mAbs를 설계하기 위한 틀을 제공한다.

[DAR] An intrinsically hydrophilic linker enables a stable, high-DAR exatecan-based HER2 ADC with potent antitumor activity.

2026-06-10 · European journal of medicinal chemistry · 10.1016/j.ejmech.2026.119054 · rel=0.562 🔗 우리 도메인: tox-multiomics, antibody-topdown

핵심발견: 친수성 링커(SMP-70067-L)를 활용한 HER2 ADC(SMP-70067-X)는 높은 DAR(7.92)와 낮은 응집도를 보이며, DS-8201a 대비 HER2 중간/낮은 발현 xenograft 모델에서 항종양 효능이 현저히 향상되었다. 방법·데이터: ADC 개발 연구, DS-8201a 대비 비교 실험, HER2 중간/낮은 발현 xenograft 모델. 초록 미기재 검증필요: SMP-70067-X가 DS-8201a보다 HER2 중간/낮은 발현 xenograft 모델에서 항종양 효능이 '현저히' 우수하다는 주장의 재현성 및 통계적 유의성

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항체-약물 접합체(ADC)는 단클론 항체의 표적 특이성과 소분자 약물의 강력한 세포독성을 결합한다. 그러나 강력한 토포이소머라제 I 억제제인 엑스테칸(Exatecan)을 사용한 ADC 개발은 그 소수성으로 인해 응집, 빠른 제거 및 표적 외 독성이라는 과제를 겪어왔다. 본 연구에서는 높은 약물-항체 비(DAR 7.92)를 가진 균일한 엑스테칸 기반 HER2 표적 ADC(SMP-70067-X)를 구축할 수 있는 본질적으로 친수성 약물-연결체 플랫폼(SMP-70067-L)의 설계를 보고한다. PEG 또는 폴리사르코신 사슬 없이 친수성 자가소멸 스페이서를 통해 높은 DAR을 달성하는 트라스투주맙 데룩스테칸(Trastuzumab deruxtecan, DS-8201a)과 유사하게, SMP-70067-L은 글루탐산 잔기와 변형된 방향족 자가소멸 스페이서를 포함하는 최소한의 친수성 요소를 통합하여 친수성, 안정성 및 효율적인 약물 방출을 균형 있게 맞춘다. 결과적으로 얻어진 ADC는 DS-8201a에 비해 HER2 중등도 및 HER2 저발현 이식편 모델에서 낮은 응집( 50 값)과 현저히 향상된 항종양 효능을 나타낸다. 이러한 결과는 소수성 토포이소머라제 I 억제제 기반 ADC의 치료 지평을 확장하기 위한 합리적 연결체 공학의 중요성을 강조한다.

[ADC] Targeting IL-7Rα with PNU-159682 antibody-drug conjugates in acute lymphoblastic leukemia: translational implications.

2026-04-27 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2663639 · rel=0.56 🔗 우리 도메인: antibody-topdown

핵심발견: IL-7Rα 표적 항원결합부위-약물접합체(ADC) 577-PNU는 MMAE 접합체 대비 50배 이상 강력한 효능을 보였으며, 20배 낮은 용량에서 이식편 종양 완전 소실을 유도하고 예방 및 치료 모델 모두에서 뇌 및 척수 백혈병 침윤을 현저히 감소시켰다. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 577-PNU가 예방 및 확립된 뇌척수액(CNS) 질환 모델에서 백혈병 침윤을 현저히 감소시켰다는 주장의 재현성 및 CNS 침투 직접 증거의 정량적 데이터 확인

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재발성 급성 림프모구 백혈병(ALL), 특히 중추신경계(CNS) 침범을 동반한 경우, 기존 튜불린 억제제를 함유한 항체-약물 접합체(ADCs)로는 불충분하게 통제되며 치료 실패의 주요 원인으로 남아 있다. 이러한 한계를 해결하기 위해 우리는 IL-7Rα 표적 단클론 항체를 개발하고 클론 577을 선도 후보물질로 동정하였다. 이 항체를 사용하여 우리는 모노메틸 아우리스타틴 E(MMAE) 또는 고강도 DNA 손상성 화물-PNU-159682(PNU)와 접합된 ADCs를 생성하였다. 직접 비교 시험에서 577-PNU는 in vitro에서 577-MMAE보다 50배 이상 높은 효능을 보였으며, 20배 낮은 용량에서 이식편에서 완전한 종양 퇴행을 유도하였다. 또한 577-PNU는 예방적 및 확립된 쥐 CNS 질병 모델 모두에서 지속적인 전신 질환 통제를 제공하며 뇌와 척수에서의 백혈병 침윤을 현저히 감소시켜, 효과적인 CNS 침투에 대한 직접적인 증거를 제시하였다. 안전성 평가는 안정적인 체중, 정상적인 혈액학적 및 혈청 생화학 지표, 그리고 치료 관련 병리 소견의 부재를 보여주었다. 종합하면, 이러한 소견들은 DNA 표적 화물 PNU-159682를 탑재한 IL-7Rα 지향성 ADCs가 허용 가능한 용량에서 전신 및 CNS 백혈병의 지속적 제거를 달성할 수 있다는 최초의 전임상적 증거를 제공하며, 임상적 실현 가능성과 CNS 질환 통제를 입증하고, 재발성 및 난치성 ALL에서의 변역 및 임상 개발에 대한 설득력 있는 근거를 확립한다.

[ELISA] Development of a novel electrochemical impedance spectroscopy-based biosensor for bone formation-resorption biomarker determination in body fluids.

2026-07-04 · Bioelectrochemistry (Amsterdam, Netherlands) · 10.1016/j.bioelechem.2026.109371 · rel=0.554 🔗 우리 도메인: antibody-topdown

핵심발견: PINP 및 β-CTX용 전기화학적 임피던스 바이오센서를 개발하여 인공 혈청, 타액, 소변에서 ELISA 및 ECLIA 대비 높은 상관관계(r ≥ 0.9977)와 적절한 회수율(84~105.6%)을 보임. 방법·데이터: 전기화학적 임피던스 분광법(EIS) 기반 바이오센서 개발; 인공 혈청, 타액, 소본 시료 사용; ELISA 및 ECLIA 비교 검증. 검증필요: 실제 생체 시료(혈청, 타액, 소변)에서의 분석 성능 및 비침습적 모니터링 적용 가능성에 대한 검증 필요.

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배경 본 연구는 두 가지 주요 골전환 바이오마커인 프로콜라겐 1형 N-말단 프로펩타이드(PINP)와 β-C-말단 텔로펩타이드(β-CTX)의 개별 모니터링을 위해 민감하고 선택적이며 비용 효율적인 전기화학적 임피던스 바이오센서를 개발하는 것을 목적으로 하였다. 재료 및 방법 금(Au) 전극을 3-머캅토프로피온산(3-MPA)으로 수정하여 자가 조립 단분자층(SAM)을 형성하였다. PINP 및 β-CTX에 특이적인 단클론 항체를 EDC/NHS 화학을 통해 공유결합으로 고정하였다. 각 고정 단계는 전기화학적 임피던스 분광법(EIS)과 순환 전압전류법(CV)으로 특성화하였다. 바이오센서의 성능은 인공 혈청, 타액 및 소변에서 평가되었으며, 효소면역측정법(ELISA) 및 전기화학발광면역측정법(ECLIA) 기준 방법과 비교되었다. 결과 최적화된 조건에서 β-CTX 바이오센서는 10-60 pg mL-1의 선형 검출 범위(한계검출량(LOD): 2.9 pg mL-1)를 보였으며, PINP 바이오센서는 10-60 ng mL-1의 범위(LOD: 3.4 ng mL-1)를 보였다. 회수값은 84%에서 105.6% 범위였다. ELISA 및 ECLIA와 강한 상관관계(r ≥ 0.9977; p < 0.001)가 관찰되었다. 결론 개발된 바이오센서 시스템은 혈청 및 비침습적 체액(타액 및 소변)에서 PINP 및 β-CTX를 결정할 수 있으며, 대사성 골질환 모니터링을 위한 기존 방법 대비 저비용이고 신속한 대안을 제공한다.

[프로테오지노믹스] Multiomics combined with machine learning defines unique molecular subtypes of cholangiocarcinoma and identifies TNK1 as a therapeutic target.

2025-09-29 · Hepatology (Baltimore, Md.) · 10.1097/hep.0000000000001535 · rel=0.53 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: 전장 엑솜, 전사체, 단백질/인산단백질체학을 결합한 머신러닝 분석을 통해 담관암의 3가지 분자 하위 유형(면역조절, 대사, 유전자조절/세포 운명)을 규명하고, 대사 군에서 TNK1을 치료 표적으로, 면역조절 군에서 gemcitabine/cisplatin 반응성을 확인함. 방법·데이터: WES, mRNA-seq, 단백질체/인산단백질체 분석; 공개 데이터셋 통합 분석; PDX 모델 검증 검증필요: TNK1 억제제 TP-5801의 대사 군 PDX 모델에서의 항종양 효과 및 TNK1이 대사 군에서 '높게 활성화된 키나아제'로 선별된 근거(인산단백질체 데이터의 정량적 우위 등)

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): 🚩개체명 불일치(핵심발견 담관암 vs 타필드 항종양 — 요약 환각 의심, 사람 확인) · ⚠️수준 불일치(요약 '전사체' vs 원문 'protein') — 요약 오역 의심

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배경 및 목적 담도암(Cholangiocarcinoma, CCA)은 분자적 이질성과 치료 저항성을 특징으로 하는 가장 치명적인 암 중 하나이다. 새로운 생물학적 신호와 치료 기회를 규명하기 위해 우리는 머신러닝(Machine learning)과 결합된 다오믹스(Multiomic) 특성 분석을 활용하였다. 접근법 및 결과 우리는 전장 엑솜 시퀀싱(Whole exome sequencing), mRNA 시퀀싱(MRNA sequencing), 그리고 프로테오믹스/인산프로테오믹스 분석(Proteome/phosphoproteome analysis)을 사용하여 모든 해부학적 CCA 아형(anatomical CCA subtypes)을 프로파일링하였다. 통합 차원 축소(Integrative dimensional reduction)는 종양 이질성을 주도하는 RNA, 단백질, 인산단백질 특징을 드러내어 클러스터링(Clustering)을 가능하게 하였다. 머신러닝 알고리즘은 각 클러스터에 대한 분자적 특징을 식별하고 외부 데이터셋 및 환자 유래 이식 모델(Patient-derived xenograft, PDX)을 이러한 클러스터에 매핑하였다. 키나아제 풍부화 분석(Kinase enrichment analysis)은 각 클러스터에서 활성인 표적화 가능한 키나아제(Targetable kinases)를 강조하였다. 클러스터 특이적 PDX 모델에서 선택적 TNK1 억제제인 TP-5801을 사용하여 생체 내 검증(In vivo validation)을 수행하였다. 우리는 서로 다른 경로 특징을 가진 3개의 분자 클러스터를 식별하였다: 면역조절(클러스터 1), 대사(클러스터 2), 그리고 유전자 조절/세포 운명(클러스터 3). 클러스터 할당(Cluster assignment)은 해부학적 아형과는 독립적이었으나, 치료 목적의 절제술(Curative-intent resection) 이후 전체 생존율(Overall survival)과 상관관계가 있었다. 또한 우리는 환자 치료 선택에 중요한 전체 생존율 및 림프절 전이(Lymph node metastases)와 연관된 다오믹스 특징과 경로를 식별하였다. 키나아제 풍부화 분석은 대사 클러스터에서 TNK1이 매우 활성인 키나아제임을 지목하였다. TP-5801로 치료했을 때 대사 PDX 모델에서는 종양 성장이 현저히 감소하였으나, 다른 클러스터를 대표하는 모델에서는 감소하지 않았다. 내부 데이터와 공개 데이터셋을 결합하여, 우리는 면역조절 클러스터가 젬시타빈(Gemcitabine)/시스플라틴(Cisplatin) 요법에 가장 반응성이 높다는 것을 식별하였으며, 이는 클러스터 특이적 PDX 모델을 사용하여 생체 내에서 확인되었다. 결론 통합된 다오믹스 특성 분석은 치료 반응과 전체 임상 결과(Overall clinical outcomes) 모두와 연관된 고유한 분자 아형(Molecular subtypes)을 정의함으로써 전임상적 통찰력(Translational insights)을 제공한다. 이 접근법은 TNK1을 정의된 하위 집합의 CCA 종양에서 이전에 인식되지 않았던 치료 표적(Therapeutic target)으로 식별하였다.

2026-07-20 · Acta parasitologica · 10.1007/s11686-026-01352-8 · rel=0.524 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: 공개 고해상도 프로테오믹스 데이터를 활용한 프로테오제노믹스 분석을 통해 엔타메바 히스토리티카의 참조 유전체 주석에서 41개의 신규 단백질 코딩 유전자를 확인하고 18개 유전자의 주석을 정정함. 방법·데이터: 프로테오믹스·E. histolytica HM-1:IMSS trophozoites, 공개 프로테오믹스 데이터셋(Proteome Discoverer suite, 1% FDR) 검증필요: 480개의 GSSPs가 실제 신규 유전자 및 정정된 주석을 지지한다는 주장을 뒷받침하는 생정보학적 검증 방법 및 생물학적 기능 실험적 증거의 부재 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 초록에 제시된 수치(41개 신규 유전자, 18개 정정 유전자, 78% 기능 도메인 보유) 간 논리적 불일치 또는 과장된 표현이 명확히 드러나지 않으나, 480개의 GSSPs 중 신규 유전자 발견에 기여한 비율과 정정 유전자 발견의 구체적 메커니즘에 대한 생정보학적 엄밀성이 부족함

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): ⚠️LLM 수치주장 미검증(규칙층 미코로보레이트 — 초록 대조 필요)

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

목적 Entamoeba histolytica는 아메바증 또는 아메바성 이질(Colitis)의 원인체로, 위생 시설이 불충분한 지역에서 특히 심각한 글로벌 보건 부담으로 남아 있다. 참조 유전체(reference genome)가 이용 가능함에도 불구하고, 예측된 유전자 중 상당 부분이 가설성 단백질(hypothetical proteins)로 주석되어 있거나 실험적 검증이 결여되어 있다. 자동화 유전자 예측 파이프라인(gene prediction pipelines)의 본질적 한계와 기생충의 높은 AT 함량 및 반복 서열이 많은 유전체 구조로 인해 수많은 코딩 영역이 미해결 상태로 남아 있어, 유전체 주석(genome annotation)을 정교화하기 위한 실험적 접근법의 필요성이 강조된다. 방법 E. histolytica HM-1:IMSS 영양체(trophozoites)에서 얻은 공개된 고해상도 단백체학(proteomic) 데이터셋을 커스텀 6프레임 번역 유전체 데이터베이스(custom six-frame translated genome database)와 비교 검색함으로써 포괄적인 단백체유전체학(proteogenomic) 분석을 수행했다. 단백체 데이터는 Proteome Discoverer suite를 사용하여 1% 위발견율(false discovery rate)로 검색했다. 결과 데이터베이스 의존적 검색(database dependent searches) 동안 많은 고유 펩타이드(unique peptides)가 동정되었으며, 이 중 480개의 펩타이드는 참조 단백질 데이터베이스(reference protein database)에 매핑되지 않아 게놈 검색 특이 펩타이드(genome search-specific peptides, GSSPs)로 명명되었다. 이러한 GSSPs를 게놈에 매핑함으로써 41개의 새로운 단백질 코딩 유전자(protein-coding genes)를 동정하고 18개의 현재 주석된 유전자의 주석을 정정했다. 보존 도메인 분석(Conserved domain analysis) 결과, 새로운 단백질의 78%가 TLDc 도메인(TLDc domain) 함유 단백질 및 로뱀보이드 펩티다아제(rhomboid peptidase) 계열 단백질을 포함한 식별 가능한 기능적 도메인(functional domains)을 보유하고 있는 것으로 나타났다. 비교 분석(comparative analysis)은 관련 Entamoeba 종(species) 전반에 걸쳐 보존된 직교 유전자(orthologs)가 확인됨을 입증했다. 결론 본 연구는 펩타이드 수준의 증거(peptide-level evidence)와 게놈 데이터(genomic data)의 단백체유전체학적 통합(proteogenomic integration)이 E. histolytica의 유전체 주석(genome annotation)을 상당히 개선하고 알려진 코딩 레퍼토어(coding repertoire)를 확장하며, 기생충 생물학(parasite biology)과 독성 기전(virulence mechanisms) 이해에 시사점을 제공하는 이전에 특징이 규명되지 않은 영역(previously uncharacterized regions)에 대한 기능적 통찰력(functional insights)을 제공함을 최초로 입증한 연구이다.

[프로테오지노믹스] Integrated Proteogenomics and Single-Cell Transcriptomics Prioritize Putative Protective Plasma Proteins for Hidradenitis Suppurativa.

2026-07-01 · Experimental dermatology · 10.1111/exd.70332 · rel=0.515 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: UK Biobank Pharma Proteomics Project의 cis-pQTL을 도구변수로 한 두-표본 멘델리안 무작위화 분석 결과, TNFRSF6B, FCRL2, APOD가 화농성 한선염(HS) 위험에 대해 유전적으로 예측된 보호 인자로 확인되었으며, 단일세포 전사체 분석을 통해 FCRL2와 APOD의 발현 위치가 특정 면역 세포 및 각질형성세포에서 국한됨이 확인되었다. 방법·데이터: cis-pQTL(혈장 단백질), UK Biobank Pharma Proteomics Project(노출), FinnGen R12(결과) 검증필요: 세 가지 후보 단백질(TNFRSF6B, FCRL2, APOD)에 대한 Bayesian colocalization의 prior-sensitivity grid 설정이 결과에 미치는 영향 및 F-통계량을 통한 도구변수의 강도(weak instrument 여부) 검증

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화농성 한선염(HS)의 유전적 감수성을 실행 가능한 표적으로 전환하는 것은 대부분의 전장 유전체 연관 분석(GWAS) 위치가 비코딩 영역에 위치하고 조직 수준의 전사체학이 인과적 원동력을 이차적 염증과 쉽게 구분할 수 없기 때문에 여전히 도전적이다. 본 연구에서는 유전적으로 예측된 수치가 HS 위험과 인과적으로 연관된 혈장 단백질을 우선순위화하고, 이를 단일 세포 해상도에서 인간 피부 내로 국소화하는 것을 목표로 하였다. 우리는 영국 바이오뱅크(UK Biobank) Pharma Proteomics Project의 2923개 혈장 단백질에 대한 cis-pQTL 도구를 사용하여 FinnGen R12의 HS 요약 통계량에 대해 두 표본 멘델 무작위화(MR)를 수행하였다. 다중 검정 보정과 사전 민감도 그리드를 이용한 베이지안 공동 위치 결정(colocalization) 후, 거짓 발견율(FDR) 유의 MR와 공동 위치 결정 증거(PP.H4 ≥ 0.5)의 교집합은 세 가지 잠재적 보호 후보군을 도출하였다: TNFRSF6B(OR = 0.748, 95% CI 0.666-0.840; PP.H4 = 0.648), FCRL2(OR = 0.896, 95% CI 0.819-0.979; PP.H4 = 0.550), 그리고 APOD(OR = 0.789, 95% CI 0.647-0.963; PP.H4 = 0.503). 모든 민감도 MR 검정은 일치하였다. 단일 세포 전사체 분석은 FCRL2와 APOD가 특정 세포 군집으로 국소화됨을 보여주었다. FCRL2는 주로 B 세포와 NK 세포에서 발현되었으며, APOD는 각질화 케라틴세포, 대식세포, 수지상세포에 걸쳐 다세포성 발현을 보였다. 또한 TNFRSF6B는 피부 검출 한계 이하였으며, 이는 순환성 허수자 수용체로서의 생물학적 역할을 지지한다. 종합하면, 우리의 통합된 단백체유전체학 및 단일 세포 접근법은 TNFRSF6B, FCRL2, 그리고 APOD를 HS에 대한 잠재적 보호 혈장 단백질로 우선순위화하며, TNFRSF6B는 향후 전임상적 후속 연구를 위한 가장 유전적으로 견고한 후보군으로 부상한다.

[PTM] Ovalbumin oxidative modification fingerprints depend on gas plasma-driven reactive species profiles.

2026-06-17 · Redox report : communications in free radical research · 10.1080/13510002.2026.2688623 · rel=0.51 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: 고해상도 질량분석을 통해 오벌부민에서 80종 이상의 산화 변형을 아미노산 수준에서 매핑했으며, 원자산소와 과산화수소가 단백질 산화의 주요 관여 인자임을 확인하고 기체 조성 의존적 산화 핫스팟(예: Trp149, Met274)을 규명함. 방법·데이터: 오믹스 종류: 단백질체학(고해상도 질량분석). 코호트: 닭 알 단백질 오벌부민(Ovalbumin). 공개데이터셋명: 초록 미기재 검증필요: 원자산소와 과산화수소의 단백질 산화에 대한 '중요한 관여' 주장이 질량분석 데이터와 광방출 분광법(OES) 및 광측정법 데이터를 통해 정량적으로 어떻게 상관관계 분석되었는지 및 그 통계적 유의성.

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

목적 산화적 단백질 변형은 여러 질환과 연관되어 있지만, 변형의 다양성과 다각성은 덜 연구되었다. 방법 우리는 다양한 활성 종의 강력한 공급원인 기체 플라즈마 기술을 사용하여 닭 알 단백질인 오벌부민을 대상으로 단백질 산화를 수행하였다. 고해상도 질량 분석법과 자체 개발 워크플로우를 사용하여 80종 이상의 상이한 단백질 산화 변형을 아미노산 단위의 해상도로 매핑하였다. 변형 프로파일이 활성 종의 종류와 농도 변화에 어떻게 의존하는지 조사하기 위해, 분자 기체 혼입물(물, 에탄올, 산소 및 질소)을 체계적으로 변화시켜 12종 이상의 상이한 아르곤 기체 플라즈마를 생성하였다. 결과 기체 플라즈마 조건을 프로파일링하기 위해 광학 방출 분광법(OES)과 침착된 장수명 종(과산화수소, 아질산염 및 질산염)의 광도계 측정을 적용하였으며, 이는 활성 산소/질소 종(ROS/RNS) 지문에서 혼입물 의존적 영향을 드러냈다. 질량 분석법 데이터와의 상관관계 분석은 원자 상태 산소와 과산화수소의 단백질 산화에서의 중요한 관여를 밝혀냈다. 정의된 기체 플라즈마 조성으로 생성된 특정 활성 종의 풍부화는 아미노산 단위로 해결된 특정 오벌부민 산화 프로파일을 생성하였다. 건조 아르곤 기체의 경우 Trp149, 하이드록실 라디칼이 풍부한 습윤 아르곤 기체의 경우 Met274와 같은 공급 기체 의존적 산화 핫스팟이 확인되었다. 논의 이 최초의 연구는 오벌부민을 모델 시스템으로 사용하여 역동적인 활성 종 환경과 단백질 산화 프로파일 간의 복잡한 관계를 드러낸다.

[DAR] Programmed death 1 antibody drug conjugates (PD 1 ADCs): Innovations in overcoming resistance and enhancing immune mediated antitumor activity.

2026-06-11 · Translational oncology · 10.1016/j.tranon.2026.102830 · rel=0.501 🔗 우리 도메인: tox-multiomics, antibody-topdown

핵심발견: PD-1 항체-약물 접합체(ADC)는 종양 미세환경의 PD-1 발현 세포를 표적하여 세포독성 약물을 전달하고 T 세포 고갈을 회복함으로써 기존 PD-1 억제제의 내성을 극복하고 항종양 면역을 증강하는 새로운 세대의 면역 체크포인트 차단제이다. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 종양 항원의 이질성, 내성 기전 발달, ADC 링커의 불안정성 등 현재 개발 과정에서 남아있는 여러 문제점들이 실제 임상적 효능에 미치는 구체적인 영향과 해결 방안의 타당성

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

프로그래밍된 세포사멸-1(PD-1) 항체-약물 접합체(ADC)는 세포독성 약물의 표적 전달을 통합하는 새로운 세대의 면역 관문 차단제이다. 이러한 ADC의 목표는 PD-1을 발현하는 종양 미세환경 내 세포를 선택적으로 표적화하여 종양 세포를 사멸시키고, T 세포 고갈을 회복하며, 면역억제 세포를 파괴하는 것이다. PD-1 ADC는 특정 암에서 내성이 발생할 수 있는 기존 PD-1 억제제의 한계를 이원적 메커니즘을 활용하여 해결하는 것을 목표로 한다. 이 방법은 또한 면역 효과 세포의 활성화와 확장을 자극함으로써 항종양 면역을 증강하는 데에도 사용될 수 있다. 유망한 전임상 및 초기 임상 결과를에도 불구하고, 종양 항원의 이질성, 내성 메커니즘의 발달, ADC 링커의 불안정성 등 PD-1 ADC 개발 과정에서 여전히 여러 문제가 남아 있다. 현재 연구들은 ADC 엔지니어링 개선, 세포독성 페이로이드 최적화, 그리고 병용 요법 조사를 통해 이러한 과제를 극복하려고 노력하고 있다. 종양 세포에 직접 강력한 세포독성 약물을 전달하고 면역을 특정적으로 조절할 수 있는 능력을 갖춘 PD-1 ADC는 가치 있는 치료법을 제공할 잠재력을 지니고 있다. 이는 특히 전통적인 치료법에 내성을 보이는 암에서 임상 결과에 유익할 것이며, 이는 암 면역요법에서 큰 진전을 의미한다.

[신경과학·뇌질환] Beyond the gut: the multisite microbiota and its emerging role in brain health.

2026-07-09 · Gut microbes · 10.1080/19490976.2026.2702091 · rel=0.5 🔗 우리 도메인: neurodegeneration

핵심발견: 구강, 피부, 호흡기, 비뇨생식기 등 비장내 미생물 군집이 면역 신호, 대사산물, 장벽 무결성 및 신경 경로를 통해 뇌 건강과 신경염증, 신경퇴행성 질환에 영향을 미칠 수 있음을 제시하며, 장 중심적 접근을 넘어 다중 부위 통합 연구의 필요성을 강조함. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 비장내 미생물과 뇌 건강 간의 인과관계가 아직 입증되지 않았으며, 기존 증거가 이질적이고 간접적이라는 점

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인간 미생물군은 장, 구강, 피부, 호흡기 및 비뇨생식계에 서식하는 다양한 미생물 군집을 포괄하며, 각각은 숙주 생리학과 건강에 고유하게 기여한다. 장내 미생물군은 미생물-장-뇌 축의 맥락에서 뇌 발달과 행동 연구에서 광범위하게 조사되어 왔으나, 최근 증거는 장외 미생물 생태계도 신경면역 과정과 신경학적 결과를 형성한다는 점을 강조한다. 그러나 장외 미생물군-뇌 상호작용을 지지하는 증거는 여전히 이질적이며 종종 간접적이며, 인과 관계는 대부분 입증되지 않았다. 구강, 피부, 비강, 호흡기 및 비뇨생식계 미생물군이 면역 신호 전달, 미생물 대사산물, 장벽 무결성 및 심지어 직접적인 신경 경로를 통해 뇌 건강에 영향을 미친다는 생물학적 타당성이 증가하고 있다. 이러한 증거는 인간 관찰 및 역학 연구의 조합에서 도출되었으며, 동물 모델 및 체외 시스템에서의 기전적 통찰력으로 보완된다. 이러한 부위의 미생물 불균형은 신경염증, 신경발달 변화 및 신경퇴행성 질환과 연관되어 있지만, 기전적 통찰력은 여전히 제한적이다. 또한, 서로 다른 미생물 틈새 간의 교신은 신경학적 효과를 증폭시키거나 완화시킬 수 있어, 통합적, 다중 부위 및 다중 오믹스 접근법의 필요성을 시사한다. 여러 신체 부위에 걸친 증거를 비판적으로 종합함으로써, 이 미니 리뷰는 개념적 공백과 장 중심의 프레임워크를 넘어 미생물군-뇌 통신에 대한 통합적, 다중 부위 조사를 수행해야 할 필요성을 강조한다.

[DAR] Antibodies to watch in 2026. 🔁멀티도메인구제

2026-01-21 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2614669 · rel=0.495 🔗 우리 도메인: antibody-topdown

핵심발견: 2025년 19종의 신규 승인 및 26종의 규제 검토 중 분자 분석, 비암 indications(76%)와 conventional format(62%)의 우세 확인, 중국산 제품의 개발·승인 기간 평균 단축(~6년) 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 중국산 항체 치료제의 개발 및 승인 기간이 비중국산 대비 통계적으로 유의미하게 짧은지에 대한 근거 및 교란 변수 통제 여부

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관찰해야 할 항체 시리즈는 항체 치료제의 상업적 후기 임상 개발, 규제 검토 및 마케팅 승인에 대한 연례 업데이트를 제공한다. 2010년 첫 번째 기고가 게재된 이후 후기 단계의 파이프라인은 26개의 항체 치료제에서 200개 이상으로 성장했으며, 동일한 기간 동안 후기 단계 연구에 있는 수많은 분자들이 규제 검토로 전환되어 승인받거나 중단되었다. 이번 시리즈 호에서는 2025년에 처음 마케팅 승인을 받은 19개의 항체 치료제를 되돌아보고, 이중특이성 항체-약물 접합체(ADC)인 izalontamab brengitecan을 포함하여 현재 규제 검토 중인 26개의 분자에 대해 논의하며, 상업적 후기 단계 파이프라인에 현재 있는 209개 분자 중 2026년 말까지 규제 검토로 전환될 가능성이 있는 분자들을 예측한다. 후자 범주의 대부분의 항체 치료제는 비암 질환 적응증(21개 중 16개, 76%)을 대상으로 하며 전통적인 형식(21개 중 13개, 62%)을 가지고 있지만, 이 범주에는 delpacibart etedesiran, delpacibart zotadirsen, zeleciment rostudirsen, sonesitatug vedotin, trastuzumab pamirtecan 및 ifinatamab deruxtecan과 같은 항체-올리고뉴클레오타이드 또는 -약물 접합체와 이중특이성 항체인 petosemtamab도 포함된다. 항체 치료제 개발이 글로벌 기업 활동이므로, 우리는 또한 2010년 이후 어느 국가에서든 항체 치료제에 부여된 연간 첫 번째 승인 추세를 항체의 기원 국가별로 분류하여 논의하며, 첫 번째 승인 총수와 중국에서 처음으로 승인된 항체의 주목할 만한 증가를 문서화한다. 마지막으로, 임상 개발 및 규제 검토에 일반적으로 필요한 시간을 벤치마킹하기 위해, 최근 승인된 항체 치료제 제품의 치료 영역, 작용 기전, 형식 및 기원 국가별로 분류하여 이 기간을 계산했다. 우리의 데이터는 개발 및 승인 기간이 일반적으로 약 6년이었지만, 평균적으로 중국에서 기원한 제품의 경우 이 기간이 더 짧았음을 보여준다.

[프로테오믹스] Dysregulated proteins in plasma distinguishing Loeys-Dietz syndrome from other heritable thoracic aortic disease - an explorative study. 🔁멀티도메인구제

2026-07-18 · Scandinavian cardiovascular journal : SCJ · 10.1080/14017431.2026.2699504 · rel=0.489 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: LDS 환자군에서 Oncostatin M, Pentraxin 3, TNFRSF9, GNLY, CD5, Vasorin, GP1BA의 혈장 단백질 수치가 건강 대조군에 비해 유의하게 높았으며, 이는 Th17 및 혈소판 관련 기전과 연관됨. 방법·데이터: 표적 프로테오믹스(Immunoaffinity proteomics, 276 단백질 분석), LDS(n=8), MFS(n=11), ACTA2 변이 TAA(n=7), 건강 대조군(n=16). 검증필요: LDS와 다른 HTAD 유형(MFS, ACTA2)을 구별하는 단백질 바이오마커로서의 임상적 유용성 및 Th17/혈소판 기전과의 인과적 연관성.

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연구 목적. 흉부 대동맥류(TAAs)는 종종 젊은 개인에서 발견되며, 약 20%는 유전성 흉부 대동맥 질환(HTAD)과 관련이 있을 수 있다. HTAD에서 염증과 세포외 기질 재형성을 반영하는 유전체 바이오마커에 관한 일부 데이터가 존재한다. 그러나 해당 단백질 변화를 정확하게 반영하는 데이터는 부족하다. 우리의 목적은 HTAD 환자 versus 건강한 대조군에서 표적 프로테오믹스를 사용하여 단백질을 정량화함으로써 근본적인 병태생리학을 더 잘 이해하는 것이었다. 연구 방법. 로이스-디에츠 증후군(LDS, n = 8), 마르판 증후군(MFS, n = 11), 그리고 가족성 TAA 6, 즉 액틴 알파 2(ACTA2, n = 7)의 병인성 변이를 가진 환자들이 외래 클리닉에서 모집되었다. 비교를 위해 16명의 건강한 대조군으로부터 혈액 샘플이 채취되었다. 276개 단백질의 표적 프로테오믹 분석을 위해 면역친화성 프로테오믹스를 사용하여 혈장 샘플을 분석하였다. 결과. 온코스타틴 M과 펜타릭신 3 수치는 일반적으로 HTAD 환자에서 더 높은 것으로 나타났으나, 여러 교란변수를 보정 후 건강한 대조군과 비교할 때 이러한 마커들뿐만 아니라 TNF 수용체 슈퍼패밀리 구성원 9(TNFRSF9), 그란눌리신(GNLY), CD5, 바소린, 그리고 글리코단백질 1b-α(GP1BA)의 유의하게 높은 수치는 LDS 환자에서만 관찰되었다. TNFRSF9, GNLY, GP1BA 및 CD5의 수치는 Th17 및 혈소판 수와 양의 상관관계를 보였다. 결론. 이 발견 연구는 LDS가 TAA 진행 과정에서 Th17 및 혈소판 관련 기전의 관여를 반영할 수 있는 HTAD 환자의 특정 염증성 하위 집단을 나타낼 수 있음을 시사한다. 식별된 단백질들을 이러한 환자들에서 바이오마커로 사용할 수 있는지 평가하기 위해 더 큰 규모의 연구가 필요하다.

[신경과학·뇌질환] Therapeutic frontiers in ALS: iPSC-based drug discovery, cell therapy, and gene therapy-Advances through 2026. 🔁멀티도메인구제

2026-06-15 · Regenerative therapy · 10.1016/j.reth.2026.101150 · rel=0.482 🔗 우리 도메인: neurodegeneration

핵심발견: 2020~2026년 사이 ALS 치료 파이프라인이 iPSC 기반 약물 발견, 세포 이식, 유전자 치료를 중심으로 확장되었으며, 특히 2023년 tofersen의 FDA 가속 승인, iPSC 유래 약물(ropinirole, bosutinib)의 초기 임상 완료, 그리고 TDP-43 기능 장애의 하류 표적인 STMN2를 겨냥한 유전자 침묵 요법의 임상 진입이 주요 진전으로 확인되었다. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: STMN2를 표적으로 하는 유전자 침묵 요법(QRL-201)의 임상적 효능과 안전성에 대한 장기적이고 충분한 통계적 검정력(power)을 갖춘 후속 임상 시험 결과

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): 📄리뷰/perspective(1차연구 아님 — 근거강도 주의)

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

세 가지 수렴하는 치료 패러다임인 유도만능줄기세포(iPSC) 기반 약물 발견, 세포 이식, 그리고 유전자 치료가 2020년부터 2026년 사이 근위축성 측삭 경화증(ALS)의 치료 파이프라인을 크게 확장시켰다. 2023년 4월 FDA의 tofersen(Qalsody) 가속 승인 ALS의 유전적 원인을 표적으로 하는 첫 번째 치료를 상징한다. ropinirole과 bosutinib를 포함한 iPSC 유래 약물 후보물질들은 일본 기관이 주도한 초기 단계 임상시험을 완료했다. 조절 T 세포를 통해 신경염증을 표적으로 하는 세포 치료는 면역조절 전략으로 활발히 탐색되고 있으나, 적절히 설계된 시험에서 효능이 입증되지는 않았다. RNA 간섭(RNAi) 치료제와 AAV 전달 microRNA를 포함한 차세대 유전자 침묵 접근법은 2024-2025년 첫 인간 시험에 진입했다. TDP-43 기능 이상 하류 표적로서의 STMN2 식별은 모든 사례의 약 90%를 차지하는 산발성 ALS에 대한 잠재적인 TDP-43 하류 핵산 치료 경로를 열었으며, 기업 보고 중간 데이터는 진행 중인 Phase 1/2 ANQUR 시험(QRL-201)에서 표적 관여를 시사한다. 본 리뷰는 증거의 위계, 규제적 이정표, 일본 연구 그룹의 선구적 기여에 주목하며 세 가지 치료 영역 전반의 최신 증거를 종합한다.

[중독] Antibiotic-mediated gut microbiota depletion partially attenuates methamphetamine-induced reward and linoleic acid metabolic disturbance. 🔁멀티도메인구제

2026-05-13 · Neuropharmacology · 10.1016/j.neuropharm.2026.111022 · rel=0.463 🔗 우리 도메인: addiction-omics

핵심발견: 메타암페타민(METH) 노출은 장내 미생물 군집을 변화시켜 보상 효과를 유발하며, 항생제(ABX)를 통한 미생물 고갈은 METH 유도 보상 및 리놀레산(LA) 대사 이상을 완화한다. 방법·데이터: 마우스 조건부 장소 선호도(CPP) 모델, 장내 미생물군집 및 대사체 다중오믹스 프로파일링, 항생제 매개 미생물 고갈, LA 보충 및 산화 대사 억제 개입. 검증필요: 항생제 처리가 METH 유도 보상 행동을 완화하는 기전이 장내 미생물 고갈에 의한 리놀레산 대사 조절과 직접적으로 연관되어 있음을 보여주는 인과적 증거의 강도. 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 초록에 효과크기(OR 등)나 통계적 유의성 수치, F-통계값, MR 분석 결과 등 정량적 검증 지표가 명시되어 있지 않아, 제시된 주장의 통계적 신뢰도나 효과크기 방향성을 평가할 수 없다

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메스암페타민(METH)은 강한 중독성을 지닌 정신자극제로, 여러 장기에 강력한 독성을 나타낸다. 최근 증거들은 장내 미생물총 불균형과 METH로 인한 보상 효과 간의 연관성을 시사한다. 그러나 장내 미생물총이 METH 중독에서 수행하는 역할과 그 기저 기전은 아직 잘 알려져 있지 않다. 우리는 마우스 조건부 장소 선호도(CPP) 모델과 장내 미생물총 및 대사산물에 대한 다중 오믹스 프로파일링을 결합하여, METH 노출이 장내 미생물총 구성에 어떻게 영향을 미치는지 최초로 조사했다. 그런 다음, 항생제(ABX) 매개 장내 미생물총 고갈을 수행하여 장내 미생물총이 문맥-보상 연관 기억(METH 보상) 및 대사 역동성에서 METH로 인한 보상 효과에 미치는 역할을 탐구했다. 또한, 장내 미생물총, 대사산물, 행동 표현형 간의 연관성을 규명하여 METH 보상에서 잠재적인 핵심 미생물 분류군과 대사산물을 확인했다. 마지막으로, 핵심 대사산물을 개입시켜 METH 보상에서의 그 역할을 규명했다. 우리의 결과는 반복적인 METH 투여가 장내 미생물총 프로필에서 상당한 변화를 유도함을 보여주었다. ABX 매개 미생물총 고갈은 METH로 인한 보상 효과와 대사 교란, 특히 리놀레산(LA) 대사의 교란을 완화시켰다. METH 노출은 LA 대사의 활성화를 증가시켰으나, 장내 미생물총 고갈은 이를 구제했다. 상관 분석은 특정 세균 종, LA 대사산물 및 CPP 점수 간의 연관성을 일관되게 보여주었다. LA를 보충하면 METH로 인한 CPP가 촉진되는 반면, 그 산화 대사를 억제하면 METH로 인한 CPP가 완화되었다. 이러한 발견들은 LA 대사가 장내 미생물총 불균형과 METH 보상 사이의 잠재적인 기전적 연결고리임을 강조한다. 장내 미생물총을 표적으로 하는 향후 치료적 개입, 특히 LA 대사를 조절하는 개입은 METH 사용 장애의 치료를 개선할 수 있을 것이다.

[프로테오믹스] Aggrecan and polymeric immunoglobulin receptor in extracellular vesicles of patients with seropositive rheumatoid arthritis. 🔁멀티도메인구제

2026-07-08 · Journal of translational autoimmunity · 10.1016/j.jtauto.2026.100387 · rel=0.451 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: 세로양성 류마티스 관절염(Seropositive RA) 환자의 혈장 외포체(EV)에서 아그리칸(ACAN)과 폴리머 면역글로불린 수용체(PIGR)가 세로음성 환자 및 건강 대조군에 비해 특이적으로 풍부하게 존재하며, 이는 자가항체 수치 및 질병 활동도와 유의미하게 연관됨. 방법·데이터: LC-MS/MS 기반 프로테오믹스 분석, 세로양성(SP) RA 환자, 세로음성(SN) RA 환자, 건강 대조군(HD) 코호트. 공개데이터셋명: 초록 미기재 검증필요: ACAN 및 PIGR의 풍부함(enrichment)이 RA 세로양성 상태와 질병 활동도/자가항체 수치 간에 통계적으로 유의한 독립적 연관성을 가지는지 여부. 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 초록에 통계적 효과크기(OR 등)나 p-value 구체적 수치가 명시되어 없어,

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배경 자가항체 존재 여부는 류마티스 관절염(RA) 환자를 혈청양성(SP) 또는 혈청음성(SN)으로 구분하며, SP는 일반적으로 더 나쁜 예후와 연관된다. 세포외소포(EVs)는 세포 간 통신의 중요한 매개체이며, 전신 염증을 촉진하는 면역활성 분자를 확산시킴으로써 RA 병인에 기여할 수 있다. 그러나 RA 혈청양성과 관련된 순환 EV의 단백질 화물은 아직 잘 특징지어지지 않았다. 따라서 본 연구는 RA 및 혈청양성과 연관된 EV 관련 단백질을 동정하고, 이들의 임상적 특징과의 관계를 평가하는 것을 목표로 하였다. 방법 SP 및 SN 질환 환자 및 건강 donor(HD)로부터 혈액 유래 EV를 분리하고 국제 가이드라인에 따라 특징을 규명하였다. EV 단백질 화물은 액체 크로마토그래피-탠덤 질량 분석법(LC-MS/MS)로 분석하였다. 환자에서 차등 풍부하게 존재하는 단백질을 동정하고, 이들의 혈청 자가항체 수준, 순환 사이토카인 및 질병 활동도와의 연관성을 평가하였다. 결과 EV에서 총 358개의 단백질이 동정되었으며, 대부분은 이전에 이러한 구조물에서 보고된 바 있다. 여러 보체 단백질, 콜라겐 및 면역글로불린은 RA 환자에서 HD보다 낮았다. 주목할 만한 점은, 이전에 RA 유래 EV에서 기술되지 않은 아그레칸(ACAN) 및 중합체 면역글로불린 수용체(PIGR)가 SN RA 환자 및 HD 모두와 비교하여 SP 환자에서 특이적으로 풍부하게 존재했다는 것이다. 이들의 풍부함은 자가항체 수준 및 질병 활동도와 유의미하게 연관되었다. 결론 본 연구 결과는 ACAN 및 PIGR을 RA 혈청양성과 연관된 새로운 EV 관련 단백질로 동정하였다. 자가항체 수준 및 질병 활동도와의 연관성은 순환 EV가 연골 재형성, 점막 면역 및 전신 자가면역 사이의 생물학적 경로를 반영할 수 있음을 시사하며, 이는 바이오마커로서의 잠재적 유용성과 질병 병인에의 기여를 지지한다.

[프로테오믹스] Identification and profiling of HLA-A*02:01-restricted Toxoplasma gondii peptides through immunopeptidomics in HLA-A2.1 transgenic mice. 🔁멀티도메인구제

2026-07-05 · Virulence · 10.1080/21505594.2026.2697091 · rel=0.449 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: HLA-A02:01 전장 쥐에서 T. gondii 감염 중 제시되는 in vivo 면역펩티드롬을 MS 기반 분석을 통해 규명하여 3,433개의 고신뢰도 리간드와 73개의 후보를 식별하고, 글리코겐 합성효소 유래 신규 리간드의 결정구조를 규명함. 방법·데이터: 면역펩티드놈(Immunopeptidomics), HLA-A02:01 전장 쥐(HLA-A2.1 transgenic mice), T. gondii 감염 모델, 공개데이터셋명 미기재 검증필요: in silico 예측과 실험적 검증을 통해 선별된 73개의 고친화도 후보 펩티드 중 5개가 in vitro 및 in vivo에서 강력한 HLA-A*02:01 결합 능력을 보였다는 주장의 재현성 및 구체적인 in vivo 검증 방법론

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

병원체 유래 펩타이드의 HLA class I 제시 과정은 Toxoplasma gondii에 대한 CD8+ T세포 인식에 필수적이다. 체외(in vitro) MHC 리간드가 문서화되어 있지만, 감염 진행 중의 체내(in vivo) 리간드롬(ligandome)은 아직 잘 규명되지 않았다. 본 연구에서는 형질전환 마우스에서 HLA-A *02:01에 의해 제시되는 T. gondii 면역펩티드체(immunopeptidome)를 직접 프로파일링하기 위해 질량분석법(MS) 기반 면역펩티드체학 접근법을 사용하였다. 계층적 발견 파이프라인(hierarchical discovery funnel)을 적용한 결과, 우리는 3,744개의 고유한 T. gondii 유래 펩타이드의 포괄적인 레퍼토리를 확인하였다. 이어 HLA-A *02:01 리간드의 전형적인 결합 길이인 8-12머(8-12mers)와 일치하는 정형 펩타이드를 필터링함으로써, 3,433개의 펩타이드로 구성된 높은 신뢰도의 기초 리간드롬을 확립하였다. 원천 단백질 분석 결과, 이러한 펩타이드는 이전에 특징이 잘 규명되지 않은 가설적 단백질(hypothetical proteins)을 포함한 다양한 기생충 단백질에서 유래하는 것으로 나타났다. 주목할 만한 점은, 특정 리간드가 급성기 및 만성기 모두에서 일관되게 검출되어 감염 주기 전반에 걸쳐 안정적인 MHC-I 제시가 이루어짐을 시사한다는 것이다. 생정보학적 예측(in silico predictions)과 실험적 검증을 통합하여, 우리는 73개의 고친화도(high-affinity) 후보군을 우선순위화하였으며, 이 중 5개는 체외(in vitro) 및 체내(in vivo)에서 강력한 HLA-A *02:01 결합 능력을 보였다. 구체적으로, 우리는 글리코겐 합성효소(glycogen synthase, PGS) 유래의 새로운 리간드를 확인하였으며, HLA-A *02:01과의 공동 결정 구조(co-crystal structure)를 결정하여 유리한 결합 구조(binding architecture)를 규명하였다. 전반적으로, 이러한 발견들은 T. gondii의 HLA-A *02:01 제한적 리간드 지평을 확장하며, 향후 CD8+ T세포 면역원성(functional validation of CD8+ T-cell immunogenicity)을 위한 기능적 검증을 위한 우선순위 높은 후보군 목록을 제공한다.

[생물정보학] INTERPOL Review of Forensic Biology and DNA, 2023-2025. 🔁멀티도메인구제

2026-06-14 · Forensic science international. Synergy · 10.1016/j.fsisyn.2026.100705 · rel=0.449 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: 2023-2025년 법의학 생물학 및 DNA 분석 분야의 최신 동향을 파악하기 위해 Scopus, Web of Science, PubMed 등 다양한 온라인 검색을 통해 약 2000개의 참고문헌을 수집·선별하고, 이를 15개 주제 및 116개 하위 주제로 분류하여 현행 관행의 발전과 신기술 연구 동향을 체계적으로 정리함. 방법·데이터: 오믹스 종류·코호트·공개데이터셋명: 초록 미기재 검증필요: 초록에 기술된 2000개 이상의 문헌 선별 및 주제 분류 과정의 투명성과 재현성

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): 📄리뷰/perspective(1차연구 아님 — 근거강도 주의)

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

21차 인터폴 국제 법의학 과학 관리자 심포지엄의 일환으로, 본 연구는 2023년부터 2025년까지의 생물학적 증거에 대한 법의학 생물학 및 법의학 DNA 분석 분야의 최신 과학적 발전, 방법론 및 동향을 탐구하고 이전의 인터폴 DNA 검토를 기반으로 한다. 본 검토의 3년 기간을 포괄하는 거의 2000개의 참고문헌이 Scopus, Web of Science 및 PubMed의 사용 포함 다양한 온라인 검색을 통해 확보되었다. 300개 이상의 서로 다른 저널에서 기원한 과학적 논문들은 Zotero 참고문헌 관리 데이터베이스에 정리되었으며(보충 파일 1 참조), 현재 관행의 발전(제3장)과 신기술 및 연구 연구(제4장)에 중점을 둔 섹션 아래 15개 주제 및 116개 하위 주제로 분류되었다(보충 파일 2 참조). 본 3년 주기 검토는 24권의 서적 또는 주요 보고서, 법의학 DNA 측면에 관한 저널의 20개 특별호, 국제 법의학 유전체학 협회(ISFG) 회의록에서 발췌한 292편의 논문, 그리고 양질의 DNA 검사를 지원하기 위한 17개 서로 다른 조직의 70개 지침 문서를 기술한다. 출판물들은 현재 관행의 발전에 관한 10개 주제와 신기술 및 연구 연구와 관련된 5개 주제로 평가 및 분류되었다. 이러한 주제들은 종합 목록에서 더 세분화되었으며(보충 파일 2 참조), 여기에는 rapid DNA analysis; law enforcement DNA databases and ethics; forensic investigative genetic genealogy (FIGG); forensic biology and body fluid identification; DNA processing; short tandem repeat (STR) markers를 이용한 DNA typing; 계층적 명제 체계의 소스 또는 서브소스 수준에서의 DNA interpretation 및 확률적 유전형 소프트웨어(probabilistic genotyping software, PGS)를 이용한 mixture interpretation; activity level에서의 DNA interpretation 및 DNA transfer, persistence, prevalence 및 recovery (TPPR) 측면; statistics and population genetic data; human identification and kinship analysis; next-generation sequencing (NGS) 및 technology developments; forensic DNA phenotyping (FDP) 및 methylation; lineage markers (Y-chromosome, mitochondrial DNA, X-chromosome analyses); new markers and approaches (microhaplotypes, insertion/deletion markers, proteomics, microbiome, single-cell analysis, environmental DNA 사용, 그리고 sudden death의 진단, molecular autopsy 또는 post-mortem interval을 위한 biomarkers); non-human DNA testing 및 wildlife forensics가 포함된다. 1900편이 넘는 출판물에 대한 본 검토를 수행하는 과정에서 참고문헌을 요약하기 위한 artificial intelligence (AI) 도구가 탐색되고 활용되었다.

🔭 주변 관심 (20편 · 관련성 통과했으나 우리 도메인 접점 없음 — 제목·rel만)

[HCP] Host cell protein profiling and immunogenicity assessment in E. coli-produced interferon beta. · rel=0.685 · 2026-07-14 · Journal of pharmaceutical sciences · 10.1016/j.xphs.2026.104418
[GWAS] Genetic architecture shared between body shape phenotypes and preeclampsia-related diseases: a genome-wide cross-trait analysis. · rel=0.623 · 2026-07-24 · Journal of obstetrics and gynaecology : the journal of the Institute of Obstetrics and Gynaecology · 10.1080/01443615.2026.2706674
[멀티오믹스] Prognostic risk modeling based on integrated multi-omics analysis identifies CRY2 as a key regulator in tumor immunity and patient survival in colorectal cancer. · rel=0.582 · 2026-08-04 · Annals of medicine · 10.1080/07853890.2026.2712007
[RNA-seq] Investigating and validating the molecular mechanisms of lipid metabolism regulation in myasthenia gravis development based on single-cell, bulk transcriptomics, and RT-qPCR. · rel=0.562 · 2026-07-18 · Autoimmunity · 10.1080/08916934.2026.2696588
[ELISA] Next-generation immunoassays for autoantibody detection in celiac disease: emerging technologies and diagnostic advances. · rel=0.562 · 2026-07-17 · Annals of medicine · 10.1080/07853890.2026.2703356
[멀티오믹스] Key molecular networks underlying retinol's biphasic effects on cell proliferation through multi-omics integrative analysis using genome-scale metabolic modeling. · rel=0.553 · 2026-06-19 · Synthetic and systems biotechnology · 10.1016/j.synbio.2026.03.021
[멀티오믹스] Shared genetics of IgA nephropathy and cardiometabolic diseases revealed by integrative genomic analysis. · rel=0.548 · 2026-07-31 · Renal failure · 10.1080/0886022x.2026.2706884
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[약물재배치] The role of protein palmitoylation in disease pathogenesis and therapeutic innovation. · rel=0.507 · 2026-05-29 · Annals of medicine · 10.1080/07853890.2026.2673182
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[RNA-seq] Characterization of persistent HPV-specific activated T cells in head and neck squamous cell carcinoma. · rel=0.506 · 2026-07-26 · Oncoimmunology · 10.1080/2162402x.2026.2707808
[RNA-seq] Exploratory multi-omics links CCL2/TIMP1 axis to immunosuppressive TME in glioblastoma. · rel=0.5 · 2026-07-15 · Cell cycle (Georgetown, Tex.) · 10.1080/15384101.2026.2703934
[희귀질환] Serum metabolic profiling analysis of Gitelman syndrome using untargeted metabolomics. · rel=0.475 · 2026-04-29 · Renal failure · 10.1080/0886022x.2026.2662094
[약물재배치] Repurposing nitazoxanide as a novel ferroptosis inducer for triple-negative breast cancer via dual disruption of iron homeostasis and the β-catenin/GPX4 axis. · rel=0.473 · 2026-06-29 · Redox report : communications in free radical research · 10.1080/13510002.2026.2695689
[중독] Transcriptional profiling of the anterior cingulate cortex and nucleus accumbens using a double-hit model of prenatal and adolescent alcohol exposure. · rel=0.455 · 2026-05-14 · Physiology & behavior · 10.1016/j.physbeh.2026.115376
[희귀질환] Transcriptional profiling of Hutchinson-Gilford progeria patients identifies primary target pathways of progerin. · rel=0.44 · 2026-01-05 · Nucleus (Austin, Tex.) · 10.1080/19491034.2025.2611484
[기타/미분류] Nanozymes: bridging nanoscale characteristics and catalytic mechanisms for advanced biomedical applications. · rel=0.512 · 2026-06-22 · Journal of enzyme inhibition and medicinal chemistry · 10.1080/14756366.2026.2690829

🩺 실행 진단

관련성 게이트: BGE 관련성 게이트 · 후보 128 = 오프토픽 48 + 쿼터/캡컷 35 + 채택 45
★캡컷 상위(관련성 통과했으나 쿼터/캡 탈락): Cell culture medium formulation can be a driver of lipoprotein lipase (rel=0.598·HCP); Development of single-chain C1q affinity chromatography-mass spectrome(rel=0.586·항체-topdown); Purification of Advanced Therapeutics by Flow-Through Pseudo-Affinity (rel=0.576·HCP); Causal association and shared mechanisms between Graves' disease and p(rel=0.523·GWAS); A rapid yolk-sac serum extraction method for quantifying maternal IgY (rel=0.513·ELISA)
브릿지: 신규 데이터셋 0/2건 유효(관련성·서브시리즈 필터 후) · 엔진 gap 0편(도메인/임계 필터로 전량 탈락 — 정직 보고)
라벨 강등(신뢰도<0.5): 1편 [기타/미분류]
요약노드 8/8 사용 · 전 노드 정상
요약 실패(무음 전멸): 0편
★무음 부분실패(핵심발견 등 핵심필드 공란): 0편
★개체명 불일치(핵심발견 질병명이 타필드와 충돌 — 요약 환각 의심, F-01): 1편
★요약↔원문 정합성 위반(심볼 환각·수준 혼동, B게이트): 1편

오믹스·바이오인포 문헌 모니터 — 2026-08-07

📡 오늘의 신호

📄 논문 카드

[HCP] Illuminating the Dark Host Cell Proteome: A host cell protein coverage method for LC-MS impurity assays.

[HCP] Deep dive into drug substance HCP patterns for comprehensive safety assessment in recombinant mAb formats.

[항체-topdown] Rapid and selective characterization of antibody-drug conjugates in complex sample matrices by native affinity liquid chromatography-mass spectrometry.

[중독] Neural, neurotransmitter, and molecular signatures of gray matter volume alterations in digital addiction.

[ELISA] Comparative validation of LC-MS, micro-bioassay, and ELISA for lincomycin quantification: application to pharmacokinetic analysis in healthy and co-infected porcine models.

[ADC] Trial watch: antibody-drug conjugates in cancer therapy.

[항체-topdown] Setting expectations for current and future directions of native mass spectrometry in the biopharmaceutical industry.

[항체-topdown] Glycan pairing in therapeutic IgG orchestrates Fcγ receptor engagement and ADCC: an integrated structure-function approach for thorough evaluation of Fc N-glycans as critical quality attributes.

[DAR] An intrinsically hydrophilic linker enables a stable, high-DAR exatecan-based HER2 ADC with potent antitumor activity.

[ADC] Targeting IL-7Rα with PNU-159682 antibody-drug conjugates in acute lymphoblastic leukemia: translational implications.

[ELISA] Development of a novel electrochemical impedance spectroscopy-based biosensor for bone formation-resorption biomarker determination in body fluids.

[프로테오지노믹스] Multiomics combined with machine learning defines unique molecular subtypes of cholangiocarcinoma and identifies TNK1 as a therapeutic target.

[프로테오지노믹스] Application of Proteogenomic Approaches for Refinement of the Entamoeba histolytica Reference Genome Using High Resolution Mass-Spectrometry Data.

[프로테오지노믹스] Integrated Proteogenomics and Single-Cell Transcriptomics Prioritize Putative Protective Plasma Proteins for Hidradenitis Suppurativa.

[PTM] Ovalbumin oxidative modification fingerprints depend on gas plasma-driven reactive species profiles.

[DAR] Programmed death 1 antibody drug conjugates (PD 1 ADCs): Innovations in overcoming resistance and enhancing immune mediated antitumor activity.

[신경과학·뇌질환] Beyond the gut: the multisite microbiota and its emerging role in brain health.

[DAR] Antibodies to watch in 2026. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Dysregulated proteins in plasma distinguishing Loeys-Dietz syndrome from other heritable thoracic aortic disease - an explorative study. 🔁멀티도메인구제

[신경과학·뇌질환] Therapeutic frontiers in ALS: iPSC-based drug discovery, cell therapy, and gene therapy-Advances through 2026. 🔁멀티도메인구제

[중독] Antibiotic-mediated gut microbiota depletion partially attenuates methamphetamine-induced reward and linoleic acid metabolic disturbance. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Aggrecan and polymeric immunoglobulin receptor in extracellular vesicles of patients with seropositive rheumatoid arthritis. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Identification and profiling of HLA-A*02:01-restricted Toxoplasma gondii peptides through immunopeptidomics in HLA-A2.1 transgenic mice. 🔁멀티도메인구제

[생물정보학] INTERPOL Review of Forensic Biology and DNA, 2023-2025. 🔁멀티도메인구제

🔭 주변 관심 (20편 · 관련성 통과했으나 우리 도메인 접점 없음 — 제목·rel만)

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📡 오늘의 신호

📄 논문 카드

[HCP] Illuminating the Dark Host Cell Proteome: A host cell protein coverage method for LC-MS impurity assays.

[HCP] Deep dive into drug substance HCP patterns for comprehensive safety assessment in recombinant mAb formats.

[항체-topdown] Rapid and selective characterization of antibody-drug conjugates in complex sample matrices by native affinity liquid chromatography-mass spectrometry.

[중독] Neural, neurotransmitter, and molecular signatures of gray matter volume alterations in digital addiction.

[ELISA] Comparative validation of LC-MS, micro-bioassay, and ELISA for lincomycin quantification: application to pharmacokinetic analysis in healthy and co-infected porcine models.

[ADC] Trial watch: antibody-drug conjugates in cancer therapy.

[항체-topdown] Setting expectations for current and future directions of native mass spectrometry in the biopharmaceutical industry.

[ADC] Multi-modal feature learning to prioritize ADCs with favorable half-life in mice.

[항체-topdown] Glycan pairing in therapeutic IgG orchestrates Fcγ receptor engagement and ADCC: an integrated structure-function approach for thorough evaluation of Fc N-glycans as critical quality attributes.

[DAR] An intrinsically hydrophilic linker enables a stable, high-DAR exatecan-based HER2 ADC with potent antitumor activity.

[ADC] Targeting IL-7Rα with PNU-159682 antibody-drug conjugates in acute lymphoblastic leukemia: translational implications.

[ELISA] Development of a novel electrochemical impedance spectroscopy-based biosensor for bone formation-resorption biomarker determination in body fluids.

[프로테오지노믹스] Multiomics combined with machine learning defines unique molecular subtypes of cholangiocarcinoma and identifies TNK1 as a therapeutic target.

[프로테오지노믹스] Application of Proteogenomic Approaches for Refinement of the Entamoeba histolytica Reference Genome Using High Resolution Mass-Spectrometry Data.

[프로테오지노믹스] Integrated Proteogenomics and Single-Cell Transcriptomics Prioritize Putative Protective Plasma Proteins for Hidradenitis Suppurativa.

[PTM] Ovalbumin oxidative modification fingerprints depend on gas plasma-driven reactive species profiles.

[DAR] Programmed death 1 antibody drug conjugates (PD 1 ADCs): Innovations in overcoming resistance and enhancing immune mediated antitumor activity.

[신경과학·뇌질환] Beyond the gut: the multisite microbiota and its emerging role in brain health.

[DAR] Antibodies to watch in 2026. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Dysregulated proteins in plasma distinguishing Loeys-Dietz syndrome from other heritable thoracic aortic disease - an explorative study. 🔁멀티도메인구제

[신경과학·뇌질환] Therapeutic frontiers in ALS: iPSC-based drug discovery, cell therapy, and gene therapy-Advances through 2026. 🔁멀티도메인구제

[중독] Antibiotic-mediated gut microbiota depletion partially attenuates methamphetamine-induced reward and linoleic acid metabolic disturbance. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Aggrecan and polymeric immunoglobulin receptor in extracellular vesicles of patients with seropositive rheumatoid arthritis. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Identification and profiling of HLA-A*02:01-restricted Toxoplasma gondii peptides through immunopeptidomics in HLA-A2.1 transgenic mice. 🔁멀티도메인구제

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