오믹스·바이오인포 문헌 모니터 — 2026-08-04

Europe PMC 후보 128편 → BGE 관련성 게이트 → 채택 45편 (🆕 신규 1) · 로컬 qwen×8 구조화 요약 + 초록 한글 번역 · 사람 입력 0 · 가설발굴은 SEED→H1 엔진으로 분리

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📡 오늘의 신호

신규 논문: 1/45편 — 주제별: 멀티오믹스(1)
ℹ️ 범례: 🆕 = 이 피드 최초 등장(논문 발행일 아님) · 🔗 = 우리 RAG/프로젝트 도메인 접점
🧭 관련성 게이트(축1: in-scope 여부, 임계 rel≥0.44): 후보 128 = 오프토픽 48 + 쿼터/캡컷 35 + 채택 45
🏷️ 라벨 신뢰도(축2: 어느 토픽 라벨, 임계 0.5): [기타/미분류] 2편 · 멀티도메인 구제 11편(강등 대신 최상위 라벨 유지). ※rel(0.44)=관련성 통과 여부와 별개 축 — rel 통과했어도 라벨 신뢰도 미달이면 강등.
🔬 공개데이터 동반 논문 1편 · accession: GEO:GSE85452, GEO:GSE227835
🔗 우리 도메인 접점: proteomics/MS(13), antibody-topdown(11), tox-multiomics(4), addiction-omics(2), neurodegeneration(2)
🔎 자동점검 플래그: 12편 — 📄리뷰/perspect(10), 하이프-언어(2), 숫자체인 불일치(1)
🎯 엔진 gap 연결: 0편(도메인/임계 필터로 전량 탈락 — 정직 보고)

📄 논문 카드

판정 권위: 🔎자동점검(규칙기반) = 1차 신호 · 🔸LLM 소견 = 미검증 참고용(qwen 비결정론, verdict 아님).

상세 카드 25편(우리 도메인 접점) · 주변 관심 20편(접점 없음 → 하단 제목·rel만)

[HCP] Illuminating the Dark Host Cell Proteome: A host cell protein coverage method for LC-MS impurity assays.

2026-05-09 · Journal of pharmaceutical and biomedical analysis · 10.1016/j.jpba.2026.117555 · rel=0.766 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: DARK-COV 파이프라인은 LC-MS 기반 HCP 분석의 이론적 검출 한계를 예측하며, CHO, E. coli, HEK, Sf9 등 4개 시스템에서 이론적으로 검출되지 않는 단백질(Dark HCPs)은 전체 단백질의 1.0-5.2%에 불과함을 보였으며, 이는 실험 데이터(HCPedia™)와 높은 일치도를 보였다. 방법·데이터: LC-MS(HCPedia™, >15,000 분석 데이터셋), CHO, E. coli, HEK, Sf9 세포계 검증필요: 이론적 예측(>2개 펩타이드 검출)이 실제 실험적 검출 한계와 높은 일치도를 보인다는 주장의 재현성 및 일반화 가능성

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

액체 크로마토그래피-질량 분석법(LC-MS)을 이용한 숙주 세포 단백질(HCP) 분석은 생물제제 제품의 개별 불순물을 동정하고 정량하여 위험 기반 불순물 평가를 지원한다. 그러나 효소면역측정법(ELISA) 방법과 달리, LC-MS 분석법의 방법 특이적 HCP 커버리지에 대한 체계적 평가는 아직 명확히 정의되지 않았다. 특히, 특정 분석 조건에서 본질적으로 검출되지 않는 단백질에 대한 제한된 관심만 기울여져 왔으며, 이는 불순물 특성 규명에서 사각지대를 초래할 가능성이 있다. 본 연구에서는 LC-MS 기반 불순물 분석법의 이론적 HCP 커버리지를 평가하기 위한 투명하고 일반화 가능한 in silico 파이프라인인 DARK-COV를 제시한다. 이 파이프라인은 펩타이드 소수성, 전하 상태, 질량 대 전하 비를 기반으로 한 in silico 소화된 프로테옴의 물리화학적 필터링과 분석법 특이적 LC-MS 매개변수를 결합하여 어떤 펩타이드와 단백질이 검출될 수 있는지 예측한다. 두 개 이상의 검출 가능한 펩타이드를 생성하지 않을 것으로 예측된 단백질은 다크 숙주 세포 단백질(Dark Host Cell Proteins)로 분류되었다. 이 파이프라인은 동일한 LC-MS 워크플로우를 사용하여 생성된 경험적으로 관찰된 HCP 펩타이드의 포괄적인 데이터베이스인 HCPedia™에 수집된 15,000개 이상의 LC-MS 분석에서 파생된 대규모 실험 데이터셋을 대상으로 벤치마킹되었다. 개념 증명 실증으로서, DARK-COV는 중국 햄스터 난소(CHO) 세포, 대장균(Escherichia coli), 인간 배아 신장(HEK) 세포, 그리고 밤나방속(Spodoptera frugiperda, Sf9) 세포를 포함한 4가지 산업적으로 관련성 있는 발현 시스템에 적용되었으며, 이상화된 in silico 조건 하에서 이러한 프로테옴에 있는 단백질 중 이론적으로 검출 불가능할 것으로 예측된 비율이 1.0-5.2%에 불과함을 밝혔다. 이러한 예측은 검출 가능성에 대한 상한선을 제시하며, 실제 샘플의 매트릭스 효과, 이온 억제, 또는 농도 의존적 검출 가능성은 고려하지 않는다. >15,000개의 LC-MS 데이터셋에 걸친 실험적 관찰 결과와의 비교는 DARK-COV 예측과 강한 일치성을 보여주어, LC-MS 분석법의 검출 범위 밖에 있을 가능성이 높은 단백질을 분류하는 것을 지지한다. 기능적 주석 달성과 알려진 고위험 HCPs와의 비교는 대부분의 다크 숙주 세포 단백질이 생물제제 불순물 위험과 관련성이 낮은 저분자량 단백질임을 나타냈다. 전반적으로, 이 파이프라인은 LC-MS 분석에서 이론적 커버리지를 정량화하고 예측을 실험적 관찰과 비교하기 위한 재현 가능한 방법 특이적 접근법을 제공한다. 분석적 사각지대를 식별함으로써, 이 전략은 미검출 HCPs에 대한 위험 기반 평가를 지원하며, USP Chapter 1132.1에 기술된 LC-MS 기반 HCP 불순물 분석의 규제적 정당화에 대한 합리적 기반을 제공한다.

[HCP] Deep dive into drug substance HCP patterns for comprehensive safety assessment in recombinant mAb formats.

2026-07-07 · Biotechnology progress · 10.1002/btpr.88540 · rel=0.704 🔗 우리 도메인: proteomics/MS, antibody-topdown

핵심발견: ND와 IAC는 헥사펩타이드 엔리치먼트보다 더 많은 HCP를 검출하며 상호 보완적이며, 풀다운 어세이에서 API와 상호작용하는 제품 특이적 HCP가 확인되어 표준 정제 단계의 제거 불충분 가능성 제시 방법·데이터: CHO 세포 발현 재조합 mAb 5종, LC-MS/MS 기반 분석, 헥사펩타이드 엔리치먼트, IAC, ND 전략 비교, 풀다운 어세이 검증필요: ND와 IAC의 조합이 실제 임상적 위험을 초래하는 효소 활성을 가진 HCP의 포괄적 검출 및 안전성 평가에 있어 표준 단일 방법보다 우월함을 입증하는 추가적 기능적 검증 데이터

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

단클론항체(mAb) 치료제에서 공정 관련 불순물인 숙주세포단백질(HCPs)의 존재는 면역원성, 제품 불안정성 및 치료 효능 감소를 포함하는 위험을 제시한다. 따라서 HCP 수준은 모니터링이 필요한 중요한 품질 특성으로 간주된다. 프로젝트의 후기 단계, 제출 후 변경을 포함하는 공정 변경 후 공정 개발 중 잔류 HCPs의 특성 규정은 필수적이다. ELISA의 한계를 극복하기 위해, 특히 낮은 발현량의 개별 HCPs를 식별하는 데 있어 질량분석법 기반 HCPs 분석이 점점 더 많이 사용되고 있다. 본 연구에서 우리는 CHO 세포에서 발현된 5가지 재조합 제품 전반에 걸쳐 낮은 발현량의 HCPs에 대한 LC-MS/MS 기반 검출을 향상시키기 위해 헥사펩타이드(enrichment), 면역친화 크로마토그래피(IAC), 그리고 자연 상태 소화(ND)의 세 가지 농축 전략을 체계적으로 비교하였다. 우리의 결과는 ND와 IAC 모두 헥사펩타이드 농축 및 전체 용액 내 소화(in-solution digest)에 비해 식별된 HCPs의 총 수를 넘어 HCP 검출을 상당히 확장함을 보여주었다. IAC는 몇 가지 잠재적으로 중요한 HCPs의 검출을 지원한 반면, ND는 항체 기반 방법으로는 포착되지 않은 추가적인 낮은 발현량의 HCPs를 고유하게 식별하였다. 또한 풀다운 검정(pull-down assays)은 활성 의약 성분(active pharmaceutical ingredient)과 상호작용할 가능성이 있는 제품 특이적 HCPs를 드러내어, 표준 정제 단계가 이들의 제거에 불충분할 수 있음을 시사하였다. 함께, 우리의 발견들은 심층적인 HCP 프로파일링을 위해 ND와 IAC의 상호 보완적 성격을 강조한다. 우리는 효소 활성을 가진 HCPs로 인해 낮은 제품 또는 폴리소르베이트(polysorbate) 불안정성 문제가 발생할 때 특히, 생물제제 제품에서 잠재적으로 중요한 HCPs의 포괄적인 검출을 보장하기 위해 두 방법의 결합된 적용을 제안한다. 이러한 통합적 접근법은 향상된 제품 안전성과 공정 중 일관된 HCP 제거를 지원한다.

[항체-topdown] Rapid and selective characterization of antibody-drug conjugates in complex sample matrices by native affinity liquid chromatography-mass spectrometry.

2026-01-18 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2618314 · rel=0.656 🔗 우리 도메인: proteomics/MS, antibody-topdown

핵심발견: POROS CaptureSelect FcXL 칼럼과 최적화된 용매/MS 파라미터를 결합한 1차원 native affinity LC-MS(1D aLC-MS) 기법을 통해 혈청 내 ADC의 시료 전처리 최소화 및 크로마토그래픽 피크 적분 없이 DAR, DLD, 상대적 약물 풍부도를 정확하고 신속하게 정량화할 수 있음을 입증함. 방법·데이터: Native affinity LC-MS (aLC-MS), POROS CaptureSelect FcXL 칼럼, 마우스 혈청 시료, 안정성 연구 및 농도 계열 분석. 검증필요: 혈청과 PBS 간 ADC 생체전환 프로파일(말레이미드 가수분해 및 이황화물 교환)의 차이를 초록의 안정성 연구 결과만으로 일반화할 수 있는지, 그리고 1D aLC-MS가 복잡한 생체 매트릭스에서 모든 ADC 파형을 분리하지 않고도 정확한 DAR/DLD 정량을 보장하는지에 대한 검증 필요.

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

항체-약물 접합체(ADC) 및 기타 바이오의약품은 생체 매트릭스 내 생체변환을 평가하기 위해 견고한 분석 방법이 필요하다. 현재 접근법은 종종 오프라인 농축과 광범위한 크로마토그래피 분리를 필요로 하여 처리량을 제한하고 데이터 처리를 복잡하게 만든다. 우리는 POROS CaptureSelect FcXL 칼럼과 최적화된 용매 및 MS 파라미터를 결합하여 혈청과 같은 복잡한 샘플 매트릭스에서 ADC 및 기타 항체 유래 형식의 직접 분석(1D aLC-MS)을 가능하게 하는 네이티브 친화성 액체 크로마토그래피-질량 분석법(aLC-MS) 방법을 개발했다. 이 방법은 마우스 혈청에서 안정성 연구 및 농도 계열을 사용하여 평가되었다. 직접 분석은 크로마토그래피 피크 적분 없이 샘플 간 약물-항체 비율(DAR), 약물 부하 분포(DLD) 및 상대적 약물 풍부도를 정확하게 결정할 수 있게 해주었다. 안정성 연구는 혈청과 PBS 간에 상이한 ADC 생체변환 프로파일을 보여주었으며, 여기에는 과소접합 시스테인 부위에서의 말레이미드 가수분해 및 이황화 결합 교환이 포함되었다. aLC-MS 방법은 혈청에서 125-2000 µg/mL 범위에서 우수한 직선성(R 2 = 0.99)을 달성했고 31.25 µg/mL까지 민감도를 보였다. 이 빠르고 선택적인 aLC-MS 방법은 최소한의 샘플 준비로 복잡한 매트릭스에서 ADC 품질 특성의 고속 모니터링을 가능하게 하여 바이오의약품 제품 개발 및 생체분석 응용을 지원한다. 이 방법은 MS 결과에만 전적으로 의존하므로 데이터 처리 및 보고가 빠르고 자동화가 용이하다.

[중독] Neural, neurotransmitter, and molecular signatures of gray matter volume alterations in digital addiction.

2026-05-20 · Journal of psychiatric research · 10.1016/j.jpsychires.2026.05.027 · rel=0.617 🔗 우리 도메인: addiction-omics

핵심발견: 디지털 중독 환자에서 양측 전대상피질, 좌측 중전두회 및 좌측 내측 안와전두피질의 회백질 용적 감소가 확인되었으며, 이는 세로토닌 및 GABA성 신경전달 시스템과 공간적으로 연관됨. 방법·데이터: VBM 메타분석(SDM, Juspace 사용), Allen Human Brain Atlas 기반 전사체 디코딩(PLSR). 초록 미기재 검증필요: GMV 감소 영역과 신경전달물질 맵 간의 공간적 상관관계 및 전사체 분석에서 도출된 유전자 발현 패턴의 생물학적 타당성 및 재현성

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

배경 및 목적 소셜 미디어, 게임, 스마트폰의 강박적 사용을 포함하는 디지털 중독(DA)은 신경생물학적 기반을 가진 행동 중독으로 점차 인식되고 있다. 그러나 신경영상 소견은 여전히 이질적이며, 관련 신경전달물질 및 분자 메커니즘은 명확하지 않다. 본 연구는 디지털 중독(DA)에서 일관된 회색질 용적(GMV) 변화를 규명하고, 이들의 신경전달물질 및 전사체 관련성을 탐색하는 것을 목적으로 하였다. 방법 디지털 중독(DA)군과 대조군 간 GMV 변화를 결정하기 위해 시드 기반 매핑(seed-based d mapping, SDM)을 이용한 보텍스 기반 형태측정(VBM) 메타분석을 수행하였다. Juspace를 사용하여 GMV 변화와 규범적 신경전달물질 지도 간 공간 상관관계를 평가하였다. 알렌 인간 뇌 아틀라스(Allen Human Brain Atlas)를 사용하여 부분 최소제곱 회귀(partial least squares regression, PLSR)를 통해 전사체 해독을 수행한 후, 유전자 풍부도 분석 및 세포 유형 분석을 실시하였다. 결과 메타분석은 좌우 전대상피질(anterior cingulate cortex, ACC), 좌측 중전두회(middle frontal gyrus, MFG), 좌측 내측 안와전두피질(medial orbitofrontal cortex, mOFC)에서 GMV 감소를 보였다. 이러한 영역은 세로토닌성(GABAergic 및 serotonergic) 및 GABAergic 시스템과 공간적으로 대응되었다. 전사체 분석은 GMV 변화와 연관된 534개의 유전자를 규명하였으며, 이들은 시냅스 기능 및 이온 채널 활동에 풍부하게 나타나 주로 흥분성 및 억제성 뉴런에서 발현되었다. 결론 본 다중 규모 통합 분석은 디지털 중독(DA) 관련 GMV 변화를 특정 신경전달물질 시스템 및 유전자 발현 프로필과 연결한다. 이 소견은 세로토닌성, 억제성 및 보상 관련 신경생물학적 시스템의 관여에 대한 수렴적 증거를 제공하며, I-PACE 프레임워크 내에서 디지털 중독(DA)에 대한 보다 포괄적인 신경생물학적 이해에 기여할 수 있다.

[ELISA] Comparative validation of LC-MS, micro-bioassay, and ELISA for lincomycin quantification: application to pharmacokinetic analysis in healthy and co-infected porcine models.

2026-07-25 · The veterinary quarterly · 10.1080/01652176.2026.2708928 · rel=0.609 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: LC-MS, 미세생물검정법(MBa), ELISA 모두 린코마이신 정량에 있어 표준 검증 기준을 충족하며, MBa와 ELISA는 LC-MS와 높은 상관관계(r≥0.97)와 유사한 약동학 파라미터를 보여 저비용 분석법으로 신뢰할 만한 PK/PD 데이터 생성이 가능함. 방법·데이터: 린코마이신 정량을 위한 LC-MS, MBa, ELISA 비교; 건강한 자돈 및 Actinobacillus pleuropneumoniae와 Pasteurella multocida 공동 감염 자돈 모델(혈청 샘플); 공개데이터셋명 미기재. 검증필요: 저비용 분석법인 MBa와 ELISA가 LC-MS 대비 낮은 편향(low bias)과 높은 상관관계를 보인다는 주장이 감염 모델에서도 일관되게 유지되며, 이로 인해 약물 내성 관리 및 용량 최적화를 위한 실제 임상적 타당성이 확보되었는지.

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

본 연구는 리ن코마이신(10 mg/kg 체중)의 돼지 혈장 내 정량을 위해 액체 크로마토그래피-질량 분석법(LC-MS), 미세 생물검법(MBa), 효소결합면역흡착분석법(ELISA)을 비교하고, Actinobacillus pleuropneumoniae와 Pasteurella multocida에 공동 감염된 건강한 새끼 돼지에서의 리ن코마이신 약동학(PK) 데이터를 평가하였다. 모든 방법은 낮은 검출 한계 및 정량 한계, 허용 가능한 시내 정밀도 및 오차, 임상적으로 관련 있는 농도 범위 전반에 걸친 강력한 선형성을 포함한 표준 생분석 검증 기준을 충족하였다. MBa와 ELISA로 측정된 혈장 농도는 건강한 모델과 감염된 모델 모두에서 LC-MS와 높은 상관관계(Pearson r ≥ 0.97, Bland-Altman 분석에서 낮은 편향)를 보였으며, 비교 가능한 PK 파라미터(Cmax, Tmax, 곡선 아래 면적[AUC], 청소율, 평균 체류 시간)를 생성하여 PK/약력학(PD) 기반 용량 최적화에 적합함을 나타냈다. PK 분석은 근육 내 투여 후 빠른 흡수와 선택된 분포 및 배설 파라미터에서의 질병 관련 변화를 보여주었다. AUC와 청소율은 분석 방법 전반에 걸쳐 거의 유사했으며, 소프트웨어 플랫폼(WinNonlin 및 PKSolver) 간에도 크게 일관되었다. 따라서 저비용의 MBa와 ELISA는 무료로 이용 가능한 PKSolver와 결합하여 돼지에서의 리ن코마이신에 대해 견고하고 의사결정에 관련되는 PK/PD 데이터를 생성할 수 있으며, 이는 자원 제약이 있는 수의학 및 농장 환경에서 항균제 용량 정교화 및 관리에 대한 실용적인 틀을 제공한다.

[ADC] Trial watch: antibody-drug conjugates in cancer therapy.

2026-05-03 · Oncoimmunology · 10.1080/2162402x.2026.2667160 · rel=0.606 🔗 우리 도메인: tox-multiomics, antibody-topdown

핵심발견: 항체-약물 접합체(ADC)는 혈액암 및 고형암에서 임상적 이득을 보였으며, 특히 후기 임상시험에서 전반적 생존율(OS) 향상을 입증했다. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 초록에 언급된 '수십 개의 ADC 기반 요법이 후기 임상시험에서 전반적 생존율의 현저한 개선'을 보였다는 주장에 대한 구체적인 데이터셋 또는 개별 임상시험 결과의 존재 여부 및 일반화 가능성. 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 초록에 구체적인 통계치(OR, HR 등)나 수치가 제시되지 않아 효과크기 방향이나 통계적 유의성 판단이 불가능하며, '현저한 개선'이라는 표현이 특정 시험군에 국한된 결과인지 전체 ADC 클래스에 대한 과장된 일반화인지 구분이 모호함

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): 📄리뷰/perspective(1차연구 아님 — 근거강도 주의)

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

항체-약물 접합체(ADC)는 단클론항체의 표적 특이성과 소분자 화합물의 세포독성 효능을 결합한다. 최근 몇 년간 ADC는 현대 정밀 종양학의 임상적으로 검증된 구성 요소로 부상했다. 현재까지 12종 이상의 ADC가 종양학적 적응증으로 미국 식품의약국(FDA) 승인을 받았으며, 추가적인 제제들이 지역적으로 승인되었고 수백 가지의 ADC 기반 요법이 임상 개발 중이다. 집단적으로 이러한 치료법은 혈액학적 악성종양과 고형종양 전반에 걸쳐 임상적 이점을 입증했으며, 특히 후기 임상시험에서 진행성 환자군에서 전체 생존율의 유의미한 개선을 보였다. 본 Trial Watch에서는 초기 전임상 개발부터 현재 임상 적용에 이르기까지 사용 가능한 ADC에 대한 개요를 제공한다. 또한 에피토프 표적화, 링커 화학, 약물 독성 및 약물-항체 비율을 포함하여 임상적으로 성공적인 ADC를 뒷받침하는 설계 원칙을 요약하고, 이러한 특징들이 약동학, 세포내 수송, 사이드바이더 효과 및 독성에 어떻게 영향을 미칠 수 있는지 논의한다. 마지막으로, 향후 방향을 정의하기 위해 후기 단계 임상시험 결과와 승인된 제제들의 결과를 논의한다.

[항체-topdown] Setting expectations for current and future directions of native mass spectrometry in the biopharmaceutical industry.

2026-07-15 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2699078 · rel=0.594 🔗 우리 도메인: proteomics/MS, antibody-topdown

핵심발견: 네이티브 질량 분석법(Native-MS)은 단클론항체 등 완전한 분자 집합체의 직접 평가를 통해 기존 분석법의 한계를 보완하지만, 처리량·감도·자동화 등 실용적 장벽으로 인해 산업계 광범위한 채택은 제한적임. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 네이티브 MS의 산업 내 실제 적용 범위와 한계, 그리고 차세대 기술(크로마토그래피 연결, OBE, CDMS 등)이 처리량 문제를 해결하여 광범위한 채택을 가능하게 할 것이라는 주장의 타당성

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): 📄리뷰/perspective(1차연구 아님 — 근거강도 주의)

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

천연 질량 분석법(native-MS)은 학술 연구실에서 광범위하게 탐구되어 왔으나, 바이오의약품 연구 내에서의 실제적 역할은 아직 명확히 정의되지 않았다. 본 관점 논문에서 우리는 천연 질량 분석법(native-MS)이 현재 어떻게 적용되고 있는지, 확립된 분석 기술에 비해 어떤 고유한 장점을 제공하는지, 그리고 일상적인 특성 분석에는 대체 방법이 여전히 더 실용적인지 등에 대한 산업계의 관점을 제시한다. 바이오의약품 워크플로우 내에서 특성 분석 전략은 전통적으로 크기 배제 크로마토그래피(SEC), 이온 교환 크로마토그래피(IEX), 전기영동, 광산란, 열측정법, 그리고 변성 액체 크로마토그래피(LC) MS와 같은 직교 기술을 의존해 왔다. 천연 질량 분석법(native-MS)은 단클론 항체(mAbs), 다중특이성 항체, 항체-약물 접합체(ADCs), 당단백질 및 단백질 복합체를 포함한 완전한 분자 어셈블리의 직접적 평가를 가능하게 함으로써 이러한 방법들을 보완한다. 적용 분야에는 고차원 어셈블리 평가, 리간드 또는 보조인자 결합, 표적 복합체의 화학량론, 그리고 변성 조건 하에서는 가려질 수 있는 이질성 평가가 포함된다. 그러나 처리량, 민감도, 자동화 및 접근성과 관련된 과제로 인해 산업계 연구실에서의 광범위한 채택은 제한되어 왔다. 크로마토그래피 하이픈화, 온라인 완충액 교환(OBE), 개선된 자동화 및 전하 감지 질량 분석법(CDMS)을 포함한 새로운 발전들은 이러한 제약 조건들을 해결하기 시작하고 있다. 우리는 바이오의약품 분야에서의 천연 질량 분석법(native-MS)의 미래 영향력이 이러한 기술적 진보들을 치료 파이프라인 전반에 걸친 고통량 특성 분석을 지원할 수 있는 플랫폼화된 분석 워크플로우 및 소프트웨어와 통합하는 데 달려있다고 주장한다. 본 논문에서 제기된 아이디어들이 천연 질량 분석법(native-MS)이 언제, 어떻게, 그리고 만약 그렇다면 왜 더 많이 채택되어야 하는지에 대한 논의를 촉발하기를 바란다.

2026-04-17 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2657646 · rel=0.592 🔗 우리 도메인: antibody-topdown

핵심발견: XGBoost 기반 다중 모달 학습 프레임워크를 통해 C57BL/6 마우스에서 mAb 및 ADC의 반감기를 예측하며, 구조 기반 및 단백질 언어 모델(PLM) 임베딩 접근법이 시퀀스 전용 모델보다 우수한 성능(Pearson's r=0.76~0.79)을 보였다. 방법·데이터: 118개 mAb 및 ADC의 실험적 반감기 데이터 사용. 항체 특징(시퀀스 설명자, AlphaFold 기반 구조적 특성, PLM 임베딩), 접합 관련 특징(DAR, 접합 부위), 링커-페이로드의 물리화학적 특성을 다중 모달 입력으로 활용. 검증필요: 구조 기반 모델과 PLM 임베딩 간의 예측 성능 우위가 통계적으로 유의미한지 및 32개 샘플의 시계열 검증 데이터셋이 전체 데이터의 분포를 대표하는지 확인 필요.

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

항체-약물 접합체(ADC)의 유리한 약동학(PK) 특성은 더 높은 전신 노출을 가능하게 하며 개선된 임상 효능과 관련이 있으나, ADC의 PK 최적화는 여전히 주로 경험적이며 자원 집약적이다. 우리는 다중 모달 특징 학습을 사용하여 C57BL/6 마우스에서 단클론 항체(mAb) 및 ADC의 반감기를 예측하기 위한 in silico 프레임워크를 개발하였다. ADC의 구조적 복잡성에 대응하기 위해 각 화합물을 세 가지 구성 요소로 분해하였다: (1) 서열 설명자, AlphaFold 기반 구조적 특성 또는 단백질 언어 모델(PLM) 임베딩으로 표현된 항체 특징; (2) 약물-항체 비율 및 접합 부위를 포함한 접합 관련 특징; (3) 링커-페이로드의 물리화학적 특성. 118개 mAb 및 ADC의 실험적 반감기 데이터를 사용하여 XGBoost 모델을 훈련하였다. 구조 기반 및 PLM 접근 방식은 강력한 교차 검정(Pearson의 r = 0.76)을 달성하여 서열 전용 모델보다 우수한 성능을 보였다. 32개 mAb 및 ADC의 시간적 검증에서 구조 기반 모델은 견고한 일반화(r = 0.79)를 입증하였다. PLM 임베딩은 유사한 순위 순서(Spearman의 ρ, ESM-2의 경우 최대 0.81)를 달성했으나 구조 기반 모델에 비해 정량적 정확도는 낮았다. 전반적으로 본 연구는 합성 및 in vivo 시험 전에 mAb 및 ADC의 초기 PK 스크리닝을 위한 확장 가능한 머신러닝 프레임워크를 제시한다.

[항체-topdown] Glycan pairing in therapeutic IgG orchestrates Fcγ receptor engagement and ADCC: an integrated structure-function approach for thorough evaluation of Fc N-glycans as critical quality attributes.

2026-04-02 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2652642 · rel=0.59 🔗 우리 도메인: tox-multiomics, antibody-topdown

핵심발견: 리툭시맙을 모델로 한 정제된 대칭/비대칭 당 사슬 변이체 분석 결과, FcγRIIIa 결합 및 ADCC 효능은 단일 비푸코실화만으로 최대 수준에 도달하며, 갈락토실화나 고만노스 종은 미미하거나 문맥 의존적인 효과만 보였다. 방법·데이터: 정제된 대칭/비대칭 Fc 당 사슬 변이체(제어 화학효소적 재구성 및 정제), 표면 플라즈몬 공명(SPR)을 통한 인간 FcγR(FcγRI, FcγRIIa-H131/R131, FcγRIIIa, FcγRIIIb) 결합 분석, 세포 기반 ADCC 리포터 유전자 검정. 검증필요: FcγRIIa-H131이 갈락토실화에, FcγRIIa-R131이 비푸코실화에 의해 주로 조절된다는 알로타입별 의존성 및 FcγRIIIa에서 단일 비푸코실화가 결합 최대화를 유도한다는 주장의 재현.

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): ⚠️하이프-언어(과장 소지)

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단클론 항체(mAbs)는 항원 결합 및 Fc 수용체(FcRs) 또는 보체 시스템과의 상호작용을 통해 치료적 활성을 매개할 수 있다. FcRs는 면역 세포에 발현되며 항체 의존성 세포 매개 세포독성(ADCC) 및 항체 의존성 세포 매개 식균작용과 같은 효과기 기능을 개시할 수 있다. 면역글로불린 G(IgG)의 보존된 Fc N-글리칸은 N297에서 Fc-FcγR 상호작용의 강도와 안정성 및 결과적인 효과기 반응을 조절한다. 기존의 분석은 일반적으로 개별 글리칸을 고립된 상태로 고려하며, 각 Fc 부분이 대칭적으로 또는 비대칭적으로 쌍을 이룰 수 있는 두 개의 N-글리칸을 운반한다는 사실을 간과한다. IgG Fc 영역을 대상으로 한 최근 연구들은 글리칸 쌍 형성이 Fc-FcR 상호작용에 상당한 영향을 미칠 수 있음을 입증했다. 본 연구에서는 리툭시맙을 모델로 사용하여 완전한 길이의 IgG를 대상으로 글리칸 쌍 형상의 영향을 평가했다. 통제된 화학효소적 재구성 및 정제를 통해 순수하고 균일한 대칭 및 비대칭 Fc 글리칸 쌍 변이체들을 생성했다. 광범위한 인간 FcγRs 패널에 걸친 표면 플라즈몬 공명 결합 연구는 수용체 및 알로타입 특이적 효과를 드러냈다: FcγRI 결합은 본질적으로 영향을 받지 않았으며, FcγRIIa는 알로타입 의존성을 보였는데, FcγRIIa-H131은 주로 갈락토실화에 의해 조절되었고 FcγRIIa-R131은 무푸코실화에 의해 조절되었다. 반면 FcγRIIIa는 최대 결합에 도달하기 위해 무푸코실화 하나만 필요로 했다. 갈락토실화는 미미하고 수용체 의존적인 효과를 발휘했으며, 이는 FcγRIIIb에서 가장 두드러졌다. 고만노스 종은 FcγRI 및 FcγRII에 대한 결합을 감소시켰으나, 무푸코실화된 복합형보다 낮지만 완전히 푸코실화된 변이체보다는 높은 중간 친화도를 FcγRIIIa에 대해 나타냈다. 생물학적 관련성을 평가하기 위해 세포 기반 ADCC 보고자 유전자 검사는 무푸코실화 하나만으로도 ADCC 효능 증가를 유도할 수 있음을 확인했으며, 갈락토실화와 고만노스는 미미하거나 문맥 의존적인 효과만 기여했다. 종합하면, 이러한 발견들은 글리칸 쌍 형성을 치료용 항체의 중요한 품질 속성으로 확립하며, Fc N-글리칸의 중요성에 대한 정밀한 평가 및 정의된 효과기 기능 프로필을 가진 mAbs를 설계하기 위한 틀을 제공한다.

[DAR] An intrinsically hydrophilic linker enables a stable, high-DAR exatecan-based HER2 ADC with potent antitumor activity.

2026-06-10 · European journal of medicinal chemistry · 10.1016/j.ejmech.2026.119054 · rel=0.562 🔗 우리 도메인: tox-multiomics, antibody-topdown

핵심발견: SMP-70067-X는 고충수(DAR 7.92)와 낮은 응집을 가지며, DS-8201a 대비 HER2-moderate 및 HER2-low xenograft 모델에서 현저히 향상된 항종양 효능을 보였다. 방법·데이터: ADC 설계 및 평가(응집도, 항종양 효능). 초록 미기재 검증필요: SMP-70067-X가 DS-8201a 대비 HER2-moderate 및 HER2-low xenograft 모델에서 '현저히 향상된' 항종양 효능을 보인다는 주장의 재현 및 통계적 유의성 확인

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항체-약물 접합체(ADC)는 단클론 항체의 표적 특이성과 소분자 약물의 강력한 세포독성을 결합한다. 그러나 강력한 토포이소머라제 I 억제제인 엑스테카َن(Exatecan)을 사용한 ADC 개발은 그 소수성으로 인해 응집, 빠른 제거 및 표적 외 독성이라는 과제를 겪어왔다. 본 연구에서는 높은 약물-항체 비(DAR 7.92)를 가진 균일한 엑스테카َن 기반 HER2 표적 ADC(SMP-70067-X)의 구축을 가능하게 하는 본질적으로 친수성 약물-연결체 플랫폼(SMP-70067-L)의 설계를 보고한다. PEG 또는 폴리사르코신 사슬 없이 친수성 자가소멸 스페이서를 통해 높은 DAR을 달성하는 트라스투주맙 데룩스테칸(Trastuzumab deruxtecan, DS-8201a)과 유사하게, SMP-70067-L은 글루탐산 잔기와 변형된 방향족 자가소멸 스페이서를 포함하는 최소한의 친수성 요소를 통합하여 친수성, 안정성 및 효율적인 약물 방출을 균형 있게 맞춘다. 결과적으로 얻어진 ADC는 DS-8201a에 비해 HER2 중간 발현 및 HER2 저발현 이식편 모델에서 낮은 응집( 50 값)과 현저히 향상된 항종양 효능을 나타낸다. 이러한 결과는 소수성 토포이소머라제 I 억제제 기반 ADC의 치료 지평을 확장하기 위한 합리적 연결체 공학의 중요성을 강조한다.

[ADC] Targeting IL-7Rα with PNU-159682 antibody-drug conjugates in acute lymphoblastic leukemia: translational implications.

2026-04-27 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2663639 · rel=0.56 🔗 우리 도메인: antibody-topdown

핵심발견: IL-7Rα 표적 항원결합항체-약물접합체(ADC) 577-PNU는 MMAE 접합체 대비 50배 이상 강력한 효력을 보였으며, 낮은 용량으로 전신 및 중추신경계(CNS) 백혈병의 완전한 종양 퇴색과 내구성 있는 질병 통제를 달성하고 안전성을 입증했다. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 577-PNU가 예방 및 확립된 마우스 CNS 질병 모델에서 백혈병 침윤을 현저히 감소시켰다는 주장의 재현

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재발성 급성 림프모구 백혈병(ALL), 특히 중추신경계(CNS) 침범을 동반한 경우, 기존 미세소관 억제제(tubulin inhibitors)를 포함하는 항체-약물 접합체(ADCs)로는 불충분하게 통제되며 치료 실패의 주요 원인으로 남아 있다. 이러한 한계를 해결하기 위해 우리는 IL-7Rα 표적 단클론 항체를 개발하고 클론 577을 선도 후보물질로 동정하였다. 이 항체를 사용하여 우리는 모노메틸 아우리스타틴 E(MMAE) 또는 고강도 DNA 손상성 화물-PNU-159682(PNU)와 접합된 ADCs를 생성하였다. 직접 비교 시험에서 577-PNU는 체외(in vitro)에서 577-MMAE보다 50배 이상 높은 효력을 보였으며, 20배 낮은 용량에서 이식편 xenografts에서 완전한 종양 퇴행을 유도하였다. 또한 577-PNU는 예방적 및 확립된 쥐 CNS 질병 모델 모두에서 지속 가능한 전신 질환 통제를 제공하며 뇌와 척수에서의 백혈병 침윤을 현저히 감소시켜, 효과적인 CNS 침투에 대한 직접적인 증거를 제시하였다. 안전성 평가는 안정적인 체중, 정상적인 혈액학 및 혈청 생화학 수치, 그리고 치료 관련 병리 소견의 부재를 보여주었다. 종합하면, 이러한 발견들은 DNA 표적 화물 PNU-159682를 장착한 IL-7Rα 지향성 ADCs가 허용 가능한 용량에서 전신 및 CNS 백혈병의 지속 가능한 제거를 달성할 수 있다는 최초의 전임상 증거를 제공하며, 임상적 실행 가능성과 CNS 질환 통제를 입증하고, 재발성 및 난치성 ALL에서의 번역 및 임상 개발을 위한 설득력 있는 근거를 확립한다.

[ELISA] Development of a novel electrochemical impedance spectroscopy-based biosensor for bone formation-resorption biomarker determination in body fluids.

2026-07-04 · Bioelectrochemistry (Amsterdam, Netherlands) · 10.1016/j.bioelechem.2026.109371 · rel=0.554 🔗 우리 도메인: antibody-topdown

핵심발견: PINP 및 β-CTX용 전기화학적 임피던스 바이오센서를 개발하여 인공 혈장, 타액, 소변에서 ELISA 및 ECLIA 대비 높은 상관관계(r ≥ 0.9977)와 적절한 회수율(84~105.6%)을 보임. 방법·데이터: 전기화학적 임피던스 분광법(EIS) 기반 바이오센서 개발, 인공 혈장, 타액, 소본(비침습적 체액) 사용, ELISA 및 ECLIA와 비교 검증. 검증필요: 인공 혈장(artificial serum)에서의 성능이 실제 임상 시료에서의 성능을 얼마나 잘 대변하는지, 그리고 비침습적 체액(타액, 소변)에서의 검출 한계 및 정확도가 임상적 판단에 충분한지 확인 필요. 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 인공 혈장(artificial serum)을 사용하여 실제 생체 내 복잡한 매트릭스 효과를 충분히 반영하지 못했을 가능성이 있으며, 타액과 소변에서의 바이오마커 농도가 혈장과 다른 동역학을 가질 수 있음에도 이를 단순 대체체로 간주한 점에 대한 생물학적 타당성 검증이 필요함

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배경 본 연구는 두 가지 주요 골전환 바이오마커인 프로콜라겐 타입 1 N-말단 프로펩타이드(PINP)와 β-C-말단 텔로펩타이드(β-CTX)의 개별 모니터링을 위한 민감하고 선택적이며 비용 효율적인 전기화학적 임피던스 바이오센서를 개발하는 것을 목적으로 하였다. 재료 및 방법 금(Au) 전극을 3-머캅토프로피온산(3-MPA)으로 변형시켜 자가 조립 단분자층(SAM)을 형성하였다. PINP 및 β-CTX에 특이적인 단클론 항체를 EDC/NHS 화학을 통해 공유결합으로 고정하였다. 각 고정 단계는 전기화학적 임피던스 분광법(EIS)과 순환 전압전류법(CV)으로 특성화하였다. 바이오센서의 성능은 인공 혈청, 타액 및 소변에서 평가되었으며, 효소면역측정법(ELISA) 및 전기화학발광면역측정법(ECLIA) 기준 방법과 비교되었다. 결과 최적화된 조건에서 β-CTX 바이오센서는 10-60 pg mL-1의 선형 검출 범위(검출한계: 2.9 pg mL-1)를 보였고, PINP 바이오센서는 10-60 ng mL-1의 범위(검출한계: 3.4 ng mL-1)를 보였다. 회수율은 84%에서 105.6% 범위였다. ELISA 및 ECLIA와 강한 상관관계(r ≥ 0.9977; p < 0.001)가 관찰되었다. 결론 개발된 바이오센서 시스템은 혈청 및 비침습적 체액(타액 및 소변)에서 PINP 및 β-CTX를 결정할 수 있으며, 대사성 골질환 모니터링을 위한 기존 방법 대비 저비용이고 신속한 대안을 제공한다.

[프로테오지노믹스] Multiomics combined with machine learning defines unique molecular subtypes of cholangiocarcinoma and identifies TNK1 as a therapeutic target.

2025-09-29 · Hepatology (Baltimore, Md.) · 10.1097/hep.0000000000001535 · rel=0.53 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: 전장 엑솜 시퀀싱, mRNA 및 단백질/인산화 단백질체 분석을 결합한 머신러닝 기반 통합 차원 축소로 CCA의 3가지 분자 클러스터(면역조절, 대사, 유전자 조절/세포 운명)를 규명하였으며, 대사 클러스터에서 TNK1이 치료 표적으로 확인되어 TP-5801 처리 시 해당 클러스터 기반 PDX 모델에서 종양 성장 억제 효과가 입증되었다. 방법·데이터: 전장 엑솜 시퀀싱(WES), mRNA 시퀀싱, 단백질체/인산화 단백질체 분석; 공개데이터셋명 미기재 검증필요: 공개 데이터셋을 내부 데이터와 결합하여 면역조절 클러스터가 젬시타빈/시스플라틴 치료에 가장 민감함을 확인하고 PDX 모델에서 검증했다는 주장의 재현 가능성

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배경 및 목적 담도암(CCA)은 분자적 이질성과 치료 저항성을 특징으로 하는 가장 치명적인 암 중 하나이다. 새로운 생물학적 신호와 치료 기회를 규명하기 위해 우리는 머신러닝과 결합된 다중오믹스(multiomic) 특성을 분석했다. 접근법 및 결과 우리는 전장 엑솜 시퀀싱, mRNA 시퀀싱, 그리고 프로테오믹스/인산프로테오믹스 분석을 사용하여 모든 해부학적 CCA 아형을 프로파일링했다. 통합 차원 축소는 종양 이질성을 주도하는 RNA, 단백질 및 인산단백질 특성을 드러내어 클러스터링을 가능하게 했다. 머신러닝 알고리즘은 각 클러스터의 분자적 특성을 식별하고 외부 데이터셋 및 환자 유래 이식 모델(PDX)을 이러한 클러스터에 매핑했다. 키나아제(enrichment) 분석은 각 클러스터에서 활성인 표적화 가능한 키나아제를 강조했으며, 클러스터 특이적 PDX 모델에서 선택적 TNK1 억제제인 TP-5801을 사용하여 생체 내(in vivo) 검증을 수행했다. 우리는 서로 다른 경로 특성을 가진 3개의 분자 클러스터를 식별했다: 면역조절(클러스터 1), 대사(클러스터 2), 그리고 유전자 조절/세포 운명(클러스터 3). 클러스터 할당은 해부학적 아형과는 독립적이었으나, 치료적 목적의 절제술 이후 전체 생존율과 상관관계가 있었다. 또한 우리는 환자 치료 선택에 중요한 전체 생존율 및 림프절 전이와 연관된 다중오믹스 특성과 경로를 식별했다. 키나아제 분석은 대사 클러스터에서 TNK1이 매우 활성인 키나아제임을 지목했다. TP-5801로 치료했을 때 대사 PDX 모델에서 종양 성장이 현저히 감소했으나, 다른 클러스터를 대표하는 모델에서는 감소하지 않았다. 내부 데이터와 공개 데이터셋을 결합하여 우리는 면역조절 클러스터가 gemcitabine/cisplatin 치료에 가장 반응성이 높다는 것을 식별했으며, 이는 클러스터 특이적 PDX 모델을 사용하여 생체 내에서 확인되었다. 결론 통합된 다중오믹스 특성은 치료 반응과 전체 임상 결과 모두와 연관된 고유한 분자 아형을 정의함으로써 전임상적 통찰력을 제공한다. 이 접근법은 TNK1을 정의된 CCA 종양 하위 집합에서 이전에 인식되지 않은 치료 표적으로 식별했다.

2026-07-20 · Acta parasitologica · 10.1007/s11686-026-01352-8 · rel=0.524 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: 공개된 고해상도 질량분석 데이터와 커스텀 6-frame 번역 데이터베이스를 결합한 프로테오제노믹스 접근법을 통해, 기존 참조 유전체에서 미해결되었던 41개의 새로운 단백질 코딩 유전자를 동정하고 18개 유전자의 주석을 수정함. 방법·데이터: 프로테오믹스(질량분석), Entamoeba histolytica HM-1:IMSS trophozoites 코호트, 공개 데이터셋(Proteome Discoverer suite, 1% FDR 기준) 검증필요: 41개의 신규 유전자가 실제 생물학적 기능을 가진 단백질로 발현되는지, 그리고 78%의 신규 단백질이 기능적 도메인을 보유한다는 주장의 실험적 타당성

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

목적 Entamoeba histolytica는 아메바증 또는 아메바성 이질(Colitis)의 원인체로, 위생 시설이 불충분한 지역에서 특히 심각한 글로벌 보건 부담으로 남아 있다. 참조 유전체(Reference genome)가 이용 가능함에도 불구하고, 예측된 유전자 중 상당 부분이 가상의 단백질(Hypothetical proteins)로 주석되거나 실험적 검증이 누락되어 있다. 자동화 유전자 예측 파이프라인의 한계와 기생충의 높은 AT 함량 및 반복 서열로 구성된 유전체 구조로 인해 수많은 코딩 영역이 미해결 상태로 남아 있어, 유전체 주석을 정교화하기 위한 실험적 접근법의 필요성이 강조된다. 방법 본 연구는 E. histolytica HM-1:IMSS 영양체(Trophozoites)에서 얻은 공개된 고해상도 단백질체(Proteomic) 데이터셋을 커스텀 6-프레임 번역 유전체 데이터베이스와 비교 검색함으로써 포괄적인 단백질체유전체학(Proteogenomic) 분석을 수행했다. 단백질체 데이터는 Proteome Discoverer 소프트웨어 패키지를 사용하여 1%의 위양성 발견률(False discovery rate)로 검색되었다. 결과 데이터베이스 의존적 검색 과정에서 많은 고유 펩타이드(Peptides)가 동정되었으며, 이 중 480개의 펩타이드가 참조 단백질 데이터베이스에 매핑되지 않아 게놈 검색 특이 펩타이드(Genome search-specific peptides, GSSPs)로 명명되었다. 이러한 GSSPs를 게놈에 매핑함으로써 41개의 새로운 단백질 코딩 유전자(Protein-coding genes)를 동정하고, 현재 주석된 18개 유전자의 주석을 수정하였다. 보존 도메인 분석(Conserved domain analysis) 결과, 새로 동정된 단백질의 78%가 TLDc 도메인(TLDc domain) 함유 단백질 및 로뱀보이드 펩티다아제(Rhomboid peptidase) 계열 단백질 등 식별 가능한 기능적 도메인을 포함하고 있는 것으로 나타났다. 비교 분석을 통해 관련 Entamoeba 종 간에 보존된 직교 유전자(Orthologs)가 확인되었다. 결론 본 연구는 펩타이드 수준의 증거를 게놈 데이터와 통합하는 단백질체유전체학 접근법이 E. histolytica의 유전체 주석을 크게 개선하고, 알려진 코딩 영역을 확장하며, 이전에 특징이 규명되지 않은 영역에 대한 기능적 통찰력을 제공함으로써 기생충 생물학 및 독성 기전(Virulence mechanisms) 이해에 시사점을 준다는 점을 최초로 입증한 연구이다.

[프로테오지노믹스] Integrated Proteogenomics and Single-Cell Transcriptomics Prioritize Putative Protective Plasma Proteins for Hidradenitis Suppurativa.

2026-07-01 · Experimental dermatology · 10.1111/exd.70332 · rel=0.515 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: UK Biobank Pharma Proteomics Project의 cis-pQTL을 활용한 두-표본 멘델리안 무작위화 분석 결과, TNFRSF6B, FCRL2, APOD가 화농성 한선염(HS) 위험에 대한 잠재적 보호 인자로 확인되었으며, 단일세포 전사체 분석을 통해 FCRL2와 APOD의 발현 위치가 특정 면역 세포 및 각질형성세포로 국한됨이 밝혀졌다. 방법·데이터: cis-pQTL(혈장 단백질), UK Biobank Pharma Proteomics Project, FinnGen R12 검증필요: Bayesian colocalization에서 사용된 prior-sensitivity grid의 PP.H4 ≥ 0.5 기준이 해당 유전좌위에서 진정한 공유 인과변이를 지지하는지, 그리고 TNFRSF6B의 '순환성 decoy receptor' 가설이 실제 조직 내 낮은 검출 한계와 생물학적 기능 간 인과적 타당성을 충분히 뒷받침하는지

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화농성 한선염(HS)의 유전적 감수성을 실행 가능한 표적으로 전환하는 것은 대부분의 전장 유전체 연관 분석(GWAS) 위치가 비코딩 영역에 위치하고 조직 수준의 전사체학이 인과적 원인을 2차 염증과 쉽게 구분할 수 없기 때문에 여전히 도전적이다. 본 연구에서는 유전적으로 예측된 수치가 HS 위험과 인과적으로 연관된 혈장 단백질을 우선순위화하고, 이를 단일 세포 해상도에서 인간 피부 내로 국소화하는 것을 목표로 하였다. 우리는 UK Biobank Pharma Proteomics Project의 2923개 혈장 단백질에 대한 cis-pQTL 도구를 사용하여 FinnGen R12의 HS 요약 통계량에 대해 두 표본 멘델 무작위화(MR)를 수행하였다. 다중 검정 보정 및 사전 민감도 그리드와의 베이지안 공동 위치 분석을 통해, 거짓 발견율(FDR) 유의성 MR와 공동 위치 증거(PP.H 4 ≥ 0.5)의 교집합은 세 가지 잠재적 보호 후보군을 도출하였다: TNFRSF6B(OR = 0.748, 95% CI 0.666-0.840; PP.H 4 = 0.648), FCRL2(OR = 0.896, 95% CI 0.819-0.979; PP.H 4 = 0.550), 그리고 APOD(OR = 0.789, 95% CI 0.647-0.963; PP.H 4 = 0.503). 모든 민감도 MR 검정은 일치하였다. 단일 세포 전사체 분석은 FCRL2와 APOD를 특정 세포 군집으로 국소화하였다. FCRL2는 주로 B 세포와 NK 세포에서 발현되었으며, APOD는 각질화된 각질형성세포, 대식세포 및 수지상 세포에 걸쳐 다세포성 발현을 보였다. 또한 TNFRSF6B는 피부 검출 한계 이하였으며, 이는 순환성 허수자 수용체로서의 생물학적 역할을 지지한다. 종합하면, 우리의 통합된 단백질체유전체학 및 단일 세포 접근법은 TNFRSF6B, FCRL2 및 APOD를 HS에 대한 잠재적 보호 혈장 단백질로 우선순위화하며, TNFRSF6B는 향후 전임상적 후속 연구를 위한 가장 유전적으로 견고한 후보군으로 부상한다.

[PTM] Ovalbumin oxidative modification fingerprints depend on gas plasma-driven reactive species profiles.

2026-06-17 · Redox report : communications in free radical research · 10.1080/13510002.2026.2688623 · rel=0.51 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: 12가지 아르곤 가스 플라즈마 조건에서 고해상도 질량분석법을 통해 80종 이상의 산화 변이를 아미노산 수준으로 매핑했으며, 원자 산소와 과산화수소가 단백질 산화에 주요 관여하는 것으로 확인되었다. 방법·데이터: 고해상도 질량분석법(High-resolution mass spectrometry), 광방출 분광법(OES), 광도계 분석. 연구자용 공개데이터셋명: 초록 미기재 검증필요: 원자 산소와 과산화수소가 단백질 산화에 '상관관계'를 보인다는 주장이 인과관계로 해석되지 않았는지, 그리고 12가지 플라즈마 조건 간 산화 프로파일의 차이를 통계적으로 유의미하게 구분할 수 있는지 여부.

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목적 산화적 단백질 변형은 여러 질환과 연관되어 있으나, 변형의 다양성과 다양성은 덜 연구되었다. 방법 우리는 다양한 활성 종의 강력한 공급원인 기체 플라즈마 기술을 사용하여 닭 알 단백질인 오발부민을 대상으로 단백질 산화를 수행하였다. 고해상도 질량 분석법과 자체 개발 워크플로우를 사용하여 아미노산 단위 해상도로 80종 이상의 상이한 산화적 단백질 변형을 매핑하였다. 변형 프로파일이 활성 종의 종류와 농도 변화에 어떻게 의존하는지 검토하기 위해, 분자 기체 첨가물(물, 에탄올, 산소, 질소)을 체계적으로 변화시켜 12종의 상이한 아르곤 기체 플라즈마를 생성하였다. 결과 기체 플라즈마 조건을 프로파일링하기 위해 광학 방출 분광법(OES)과 침착된 장수명 종(과산화수소, 아질산염, 질산염)의 광도계적 측정을 적용하였으며, 이는 활성 산소/질소 종(ROS/RNS) 지문에 대한 첨가물 의존적 영향을 드러냈다. 질량 분석법 데이터와의 상관관계 분석은 단백질 산화에서 원자 상태 산소와 과산화수소의 중요한 관여를 드러냈다. 정의된 기체 플라즈마 조성으로 생성된 특정 활성 종의 풍부화는 아미노산 단위로 해결된 특정 오발부민 산화 프로파일을 생성하였다. 건조 아르곤 기체의 경우 Trp149, 하이드록실 라디칼이 풍부한 습윤 아르곤 기체의 경우 Met274와 같은 공급 기체 의존적 산화 핫스팟이 확인되었다. 논의 본 연구는 오발부민을 모델 시스템으로 사용하여 역동적인 활성 종 환경과 단백질 산화 프로파일 간의 복잡한 관계를 규명한 최초의 연구이다.

[DAR] Programmed death 1 antibody drug conjugates (PD 1 ADCs): Innovations in overcoming resistance and enhancing immune mediated antitumor activity.

2026-06-11 · Translational oncology · 10.1016/j.tranon.2026.102830 · rel=0.501 🔗 우리 도메인: tox-multiomics, antibody-topdown

핵심발견: PD-1 항원 발현 종양 미세환경 세포를 표적으로 삼아 세포독성 약물을 전달함으로써 종양 세포 사멸을 유도하고 T 세포 고갈을 회복하며 면역억제 세포를 파괴하는 이중 기전을 통해 기존 PD-1 억제제의 내성을 극복하고 항종양 면역을 증강한다. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 종양 미세환경 내 PD-1 발현의 이질성(heterogeneity)이 PD-1 ADC의 표적 특이성 및 치료 효능에 미치는 구체적인 영향과 내성 기전 개발의 상관관계

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

프로그래밍된 사멸-1(PD-1) 항체-약물 접합체(ADCs)는 세포독성 약물 표적 전달을 통합하는 새로운 세대의 면역 체크포인트 차단제이다. 이러한 ADCs의 목표는 PD-1을 발현하는 종양 미세환경 내 세포를 선택적으로 표적하여 종양 세포를 사멸시키고, T 세포 고갈을 회복하며, 면역억제 세포를 파괴하는 것이다. PD-1 ADCs는 특정 암에서 내성이 발생할 수 있는 기존 PD-1 억제제의 단점을 이원적 메커니즘을 활용하여 해결하는 것을 목표로 한다. 이 방법은 또한 면역 효과 세포의 활성화와 확장을 자극함으로써 항종양 면역을 증강하는 데에도 사용될 수 있다. 유망한 전임상 및 초기 임상 결과를에도 불구하고, 종양 항원의 이질성, 내성 메커니즘의 발달, 그리고 ADC 링커의 불안정성을 포함하여 PD-1 ADCs 개발 과정에서 여전히 여러 과제가 남아 있다. 현재 연구들은 ADC 엔지니어링 개선, 세포독성 페이로이드 최적화, 그리고 병용 요법 조사를 통해 이러한 과제들을 극복하려고 시도하고 있다. 종양 세포에 직접 강력한 세포독성 약물을 전달하고 면역을 특정적으로 조절할 수 있는 능력을 갖춘 PD-1 ADCs는 가치 있는 치료 방식을 제공할 잠재력을 지니고 있다. 이는 특히 전통적인 치료 방법에 내성을 가진 암에서 임상 결과에 유익할 것이며, 이는 암 면역요법에서 큰 진전을 의미한다.

[신경과학·뇌질환] Beyond the gut: the multisite microbiota and its emerging role in brain health.

2026-07-09 · Gut microbes · 10.1080/19490976.2026.2702091 · rel=0.5 🔗 우리 도메인: neurodegeneration

핵심발견: 장외 미생물군(구강, 피부, 호흡기, 비뇨생식기)이 면역 신호, 대사물질, 장벽 무결성 및 신경 경로를 통해 뇌 건강과 신경염증, 신경퇴행성 질환에 영향을 미칠 수 있음을 시사하며, 장 중심적 접근을 넘어 다중 부위 통합적 연구 필요성을 강조함 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 장외 미생물군과 뇌 건강 간의 인과관계가 입증되지 않았으며 증거가 이질적이고 간접적이라는 주장의 구체적 근거 및 현재까지의 인과적 증거 부재 수준

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📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

인간 미생물군은 장, 구강, 피부, 호흡기 및 비뇨생식계를 서식지로 하는 다양한 미생물 군집을 포괄하며, 각각은 숙주 생리학과 건강에 고유하게 기여한다. 장내 미생물군은 미생물-장-뇌 축을 통해 뇌 발달 및 행동의 맥락에서 광범위하게 연구되어 왔으나, 최근 증거들은 장외 미생물 생태계도 신경면역 과정 및 신경학적 결과에 영향을 미친다는 점을 강조한다. 그러나 장외 미생물군-뇌 상호작용을 지지하는 증거는 여전히 이질적이며 종종 간접적이며, 인과 관계는 대부분 입증되지 않았다. 구강, 피부, 비강, 호흡기 및 비뇨생식계 미생물군이 면역 신호 전달, 미생물 대사산물, 장벽 무결성 및 심지어 직접적인 신경 경로를 통해 뇌 건강에 영향을 미친다는 생물학적 타당성이 점차 높아지고 있다. 이러한 증거는 인간 관찰 및 역학 연구의 조합과 동물 모델 및 시험관 내 시스템에서 얻은 기전적 통찰력을 보완하여 도출된다. 이러한 부위의 미생물 불균형은 신경염증, 신경발달 변화 및 신경퇴행성 질환과 연관되어 있으나, 기전적 통찰력은 여전히 제한적이다. 또한, 서로 다른 미생물 생태계 간의 교신은 신경학적 효과를 증폭시키거나 완화시킬 수 있으며, 이는 통합적, 다중 부위적, 다중 오믹스 접근법의 필요성을 시사한다. 여러 신체 부위에 걸친 증거를 비판적으로 종합함으로써, 이 소론은 개념적 공백과 장 중심의 프레임워크를 넘어 미생물군-뇌 통신에 대한 통합적, 다중 부위적 조사를 수행해야 할 필요성을 강조한다.

[DAR] Antibodies to watch in 2026. 🔁멀티도메인구제

2026-01-21 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2614669 · rel=0.495 🔗 우리 도메인: antibody-topdown

핵심발견: 2025년 첫 시장 승인된 항체 치료제 19종과 규제 검토 중인 26종을 요약하며, 후기 개발 파이프라인의 76%가 비암 indications이고 62%가 전통적 형식임을 확인했다. 방법·데이터: 공개데이터셋명 미기재 (후기 임상 개발, 규제 검토, 마케팅 승인 현황에 대한 문헌 기반 연례 리뷰) 검증필요: 중국산 항체 치료제의 개발 및 승인 기간이 평균적으로 더 짧다는 주장의 통계적 근거 및 교란 변수 통제 여부

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관찰해야 할 항체 시리즈는 항체 치료제의 상업적 후기 임상 개발, 규제 검토 및 마케팅 승인에 대한 연례 업데이트를 제공한다. 2010년 첫 번째 기고가 게재된 이후, 후기 파이프라인은 26개의 항체 치료제에서 200개 이상으로 성장했으며, 동일한 기간 동안 후기 연구에 있는 수많은 분자들이 규제 검토로 전환되어 승인되었거나 중단되었다. 이번 시리즈 installment에서, 우리는 2025년에 처음 마케팅 승인을 받은 19개의 항체 치료제를 되돌아보고, 이중특이성 항체-약물 접합체 izalontamab brengitecan을 포함하여 현재 규제 검토 중인 26개의 분자를 논의하며, 상업적 후기 파이프라인에 있는 209개 분자 중 2026년 말까지 규제 검토로 전환될 가능성이 있는 분자를 예측한다. 후자의 범주에 있는 대부분의 항체 치료제는 비암 질환(16/21, 76%)을 대상으로 하며, 전통적인 형식(13/21, 62%)을 가지고 있지만, 이 범주에는 delpacibart etedesiran, delpacibart zotadirsen, zeleciment rostudirsen, sonesitatug vedotin, trastuzumab pamirtecan 및 ifinatamab deruxtecan과 같은 항체-올리고 또는 -약물 접합체뿐만 아니라 이중특이성 petosemtamab도 포함된다. 항체 치료제 개발이 글로벌 기업 활동이기 때문에, 우리는 또한 2010년 이후 어떤 국가에서든 항체 치료제에 대해 처음 부여된 승인의 추세를 항체의 기원 국가별로 세분화하여 논의하며, 총 첫 승인 수와 중국에서 처음 승인된 수의 주목할 만한 증가를 문서화한다. 마지막으로, 임상 개발 및 규제 검토에 일반적으로 필요한 시간을 벤치마킹하기 위해, 우리는 최근 승인된 항체 치료제 제품의 개발 및 승인 기간을 치료 영역, 작용 기전, 형식 및 기원 국가별로 세분화하여 계산했다. 우리의 데이터는 개발 및 승인 기간이 일반적으로 약 6년이었지만, 평균적으로 중국에서 기원한 제품의 경우 이 기간이 더 짧았음을 보여준다.

[프로테오믹스] Dysregulated proteins in plasma distinguishing Loeys-Dietz syndrome from other heritable thoracic aortic disease - an explorative study. 🔁멀티도메인구제

2026-07-18 · Scandinavian cardiovascular journal : SCJ · 10.1080/14017431.2026.2699504 · rel=0.489 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: LDS 환자군에서 온코스타틴 M, 펜타렉신 3, TNFRSF9, 글란눌린, CD5, 바소린, GP1BA의 혈장 단백질 수치가 정상 대조군에 비해 유의하게 높았으며, 이는 Th17 및 혈소판 관련 기전과 연관됨. 방법·데이터: 표적 프로테오믹스(면역친화 프로테오믹스), 276개 단백질 분석, LDS(n=8), 마르판 증후군(n=11), ACTA2 변이 가족성 TAA(n=7), 건강 대조군(n=16) 코호트, 공개데이터셋명 미기재 검증필요: LDS 환자군에서 관찰된 다중 단백질 상승(Th17/혈소판 관련 마커)이 HTAD 아형 특이적 바이오마커로 기능하는지 확인하기 위해 더 큰 코호트에서의 검증 필요

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

목적: 흉부 대동맥류(TAAs)는 종종 젊은 개인에서 발견되며, 약 20%가 유전성 흉부 대동맥 질환(HTAD)과 관련될 수 있다. HTAD에서 염증과 세포외 기질 재형성을 반영하는 유전체 바이오마커에 관한 일부 데이터가 존재한다. 그러나 해당 단백질 변화를 정확하게 반영하는 데이터는 드물다. 우리의 목표는 HTAD 환자 versus 건강한 대조군에서 표적 단백질체학을 사용하여 단백질을 정량화함으로써 근본적인 병리생리학을 더 잘 이해하는 것이었다. 방법: 로이스-디에츠 증후군(LDS, n = 8), 마르판 증후군(MFS, n = 11), 그리고 가족성 TAA 6, 즉 액틴 알파 2(ACTA2, n = 7)의 병인성 변이를 가진 환자들이 외래 클리닉에서 모집되었다. 비교를 위해, 16명의 건강한 대조군으로부터 혈액 샘플이 채취되었다. 276개의 단백질에 대한 표적 단백질체 분석을 위해 면역친화성 단백질체학을 사용하여 혈장 샘플이 분석되었다. 결과: 온코스타틴 M과 펜타릭신 3 수치는 HTAD 환자에서 일반적으로 더 높은 것으로 나타났으나, 여러 교란변수를 보정한 후, 이러한 마커들뿐만 아니라 TNF 수용체 슈퍼패밀리 구성원 9(TNFRSF9), 그란눌리신(GNLY), CD5, 바소린, 그리고 글리코단백질 1b-α(GP1BA)의 유의하게 높은 수치는 건강한 대조군과 비교하여 LDS 환자에서만 관찰되었다. TNFRSF9, GNLY, GP1BA 및 CD5의 수치는 Th17 및 혈소판 수와 양의 상관관계를 보였다. 결론: 이 발견 연구는 LDS가 HTAD 환자의 특정 염증성 하위 집단을 나타낼 수 있으며, 이는 TAA 진행에서 Th17 및 혈소판 관련 기전의 관여를 반영할 가능성이 있음을 시사한다. 식별된 단백질들이 이러한 환자들에서 바이오마커로 사용될 수 있는지 평가하기 위해 더 큰 연구가 필요하다.

[신경과학·뇌질환] Therapeutic frontiers in ALS: iPSC-based drug discovery, cell therapy, and gene therapy-Advances through 2026. 🔁멀티도메인구제

2026-06-15 · Regenerative therapy · 10.1016/j.reth.2026.101150 · rel=0.482 🔗 우리 도메인: neurodegeneration

핵심발견: 2020~~2026년 사이 ALS 치료 파이프라인이 iPSC 기반 약물 발견, 세포 이식, 유전자 치료의 세 가지 패러다임으로 확장되었으며, 2023년 tofersen의 FDA 승인 및 2024~~2025년 차세대 유전자 침묵 치료제의 임상 진입이 주요 진전으로 확인됨. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: STMN2를 대상으로 한 QRL-201 임상시험에서 보고된 '표적 관여(target engagement)' 증거의 구체적 데이터 및 통계적 유의성 검증

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): 📄리뷰/perspective(1차연구 아님 — 근거강도 주의)

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

2020년부터 2026년 사이, 유도만능줄기세포(iPSC) 기반 약물 발견, 세포 이식, 그리고 유전자 치료를 포함한 세 가지 수렴적 치료 패러다임이 근위축성 측삭 경화증(ALS)의 치료 파이프라인을 크게 확장시켰다. 2023년 4월 FDA의 토펜센(tofersen, Qalsody) 가속 승인 ALS의 유전적 원인을 표적으로 하는 첫 번째 치료를 상징한다. 일본 기관들이 주도한 초기 임상시험에서 로피니롤(ropinirole)과 보수티닙(bosutinib)을 포함한 iPSC 유래 약물 후보물질들이 완료되었다. 조절 T 세포를 통해 신경염증을 표적으로 하는 세포 치료는 면역조절 전략으로 활발히 탐구되고 있으나, 적절한 검정력을 갖춘 임상시험에서 효능이 아직 확립되지 않았다. RNA 간섭(RNAi) 치료제와 AAV 전달 마이크로RNA를 포함한 차세대 유전자 침묵 접근법들은 2024-2025년에 첫 인간 시험에 진입했다. TDP-43 기능 장애의 하류 표적으로 STMN2가 확인됨으로써, 모든 사례의 약 90%를 차지하는 산발성 ALS에 대한 잠재적인 TDP-43 하류 핵산 치료 경로가 열렸으며, 기업 보고 중간 데이터는 진행 중인 Phase 1/2 ANQUR 시험(QRL-201)에서 표적 관여를 시사한다. 본 리뷰는 모든 세 가지 치료 영역에 걸쳐 최신 증거를 종합하며, 증거의 위계, 규제상 이정표, 그리고 일본 연구 그룹들의 선구적 공헌에 주의를 기울인다.

[중독] Antibiotic-mediated gut microbiota depletion partially attenuates methamphetamine-induced reward and linoleic acid metabolic disturbance. 🔁멀티도메인구제

2026-05-13 · Neuropharmacology · 10.1016/j.neuropharm.2026.111022 · rel=0.463 🔗 우리 도메인: addiction-omics

핵심발견: 메암페타민(METH) 노출은 장내 미생물 군집을 변화시켜 보상 효과를 유발하며, 항생제(ABX)를 통한 미생물 고갈은 METH 유도 보상 및 리놀레산(LA) 대사 교란을 부분적으로 완화한다. 방법·데이터: 마우스 조건부 장소 선호(CPP) 모델, 장내 미생물군집(microbiota) 및 대사체(metabolites) 다중오믹스 프로파일링, 항생제 처리 및 LA 보충/억제 개입 실험. 검증필요: 항생제 처리가 METH 유도 보상 행동을 '완전히'가 아닌 '부분적으로' 완화한다는 주장의 정량적 근거 및 LA 대사 경로에서의 인과적 방향성(미생물→대사체→행동)에 대한 추가적 검증. 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 초록에 기술된 'LA 보충이 METH 유도 CPP를 촉진하고, 그 산화 대사 억제가 CPP를 완화한다'는 결과는 LA 자체의 축적이 보상 경로에 관여함을 시사하나, LA의 산화 대사 산물(예: epoxyeicosatrienoic acids 등)이 오히려 보호적 역할을 할 수 있는 기존 문헌과의 생물학적 타당성 및 메커니즘의 구체적 분자 표적 부재로 인해 인과관계 해석에 주의가 필요함

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

메스암페타민(METH)은 강한 중독성을 지닌 정신자극제로서 여러 장기에 강력한 독성을 가진다. 최근 증거들은 장내 미생물총 불균형과 METH로 인한 보상 효과 간의 연관성을 시사한다. 그러나 장내 미생물총의 역할과 METH 중독의 기저 기전은 아직 잘 이해되지 않고 있다. 우리는 마우스 조건부 장소 선호도(CPP) 모델과 장내 미생물총 및 대사물질의 다중 오믹스 프로파일링을 결합하여, METH 노출이 장내 미생물총 구성에 어떻게 영향을 미치는지 최초로 조사하였다. 그 후, 항생제(ABX) 매개 장내 미생물총 고갈을 수행하여 장내 미생물총이 문맥-보상 연관 기억(METH 보상) 및 대사 역동성에서 METH로 유도되는 과정에 어떤 역할을 하는지 탐구하였다. 또한, 장내 미생물총, 대사물질, 행동 표현형 간의 연관성을 결정하여 METH 보상에서 잠재적인 핵심 미생물 분류군과 대사물질을 규명하였다. 마지막으로, 핵심 대사물질을 개입시켜 METH 보상에서의 그 역할을 규명하였다. 우리의 결과는 반복적인 METH 투여가 장내 미생물총 프로필의 상당한 변화를 유도함을 보여주었다. ABX 매개 미생물총 고갈은 METH로 유도되는 보상 효과와 대사 교란, 특히 리놀레산(LA) 대사의 교란을 완화시켰다. METH 노출은 LA 대사의 활성화를 증가시켰으나, 장내 미생물총 고갈은 이를 구제하였다. 상관 분석은 특정 세균 종, LA 대사물질 및 CPP 점수 간의 연관성을 일관되게 보여주었다. LA 보충은 METH로 유도되는 CPP를 촉진할 수 있는 반면, 그 산화 대사의 억제는 METH로 유도되는 CPP를 완화시킬 수 있었다. 이러한 발견들은 LA 대사가 장내 미생물총 불균형과 METH 보상 사이의 잠재적인 기전적 연결고리임을 강조한다. 장내 미생물총을 표적으로 하는 향후 치료적 개입, 특히 LA 대사를 조절하는 개입은 METH 사용 장애의 치료를 개선할 수 있을 것이다.

[프로테오믹스] Aggrecan and polymeric immunoglobulin receptor in extracellular vesicles of patients with seropositive rheumatoid arthritis. 🔁멀티도메인구제

2026-07-08 · Journal of translational autoimmunity · 10.1016/j.jtauto.2026.100387 · rel=0.451 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: 세로양성 류마티스관절염(Seropositive RA) 환자의 세포외소포(EV)에는 아그레칸(ACAN)과 중합면역글로불린 수용체(PIGR)가 특이적으로 풍부하게 존재하며, 이는 자가항체 수치 및 질병 활동도와 유의미한 상관관계를 보임. 방법·데이터: 혈액 유래 EV, LC-MS/MS(액체 크로마토그래피-탠덤 질량 분석법), 세로양성(SP) 환자, 세로음성(SN) 환자, 건강 donor(HD) 코호트. 검증필요: ACAN 및 PIGR의 풍부함(enrichment)이 세로음성 환자 대비 세로양성 환자에서만 특이적으로 나타나는지, 그리고 자가항체 수치 및 질병 활동도와의 연관성이 통계적으로 유의미하게 재현되는지 확인 필요. 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 초록에 제시된 데이터(단일 질량분석법, 소규모 코호트 비교)만으로는 ACAN과 PIGR가 RA 병인에서 직접적인 역할을 하는지 아니면 단순한 병리생리학적 부수 현상인지 구분하기 어렵다는 생물학적 타당성 한계

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

배경 자가항체 존재 여부는 류마티스 관절염(RA) 환자를 혈청양성(SP) 또는 혈청음성(SN)으로 구분하며, SP는 일반적으로 더 나쁜 예후와 연관된다. 세포외소포(EVs)는 세포 간 통신의 중요한 매개체이며, 전신 염증을 촉진하는 면역활성 분자를 확산시킴으로써 RA 병인에 기여할 수 있다. 그러나 RA 혈청양성과 관련된 순환 EV의 단백질 화물은 아직 잘 특징지어지지 않았다. 따라서 본 연구는 RA 및 혈청양성과 연관된 EV 관련 단백질을 동정하고 그 임상적 특징과의 관계를 평가하는 것을 목표로 하였다. 방법 SP 및 SN 질환 환자 및 건강한 기증자(HD)로부터 혈액 유래 EV를 분리하고 국제 가이드라인에 따라 특징을 규명하였다. EV 단백질 화물은 액체 크로마토그래피-탠덤 질량 분석법(LC-MS/MS)로 분석하였다. 환자에서 차등 풍부하게 존재하는 단백질을 동정하고, 이들의 혈청 자가항체 수치, 순환 사이토카인 및 질병 활동도와의 연관성을 평가하였다. 결과 EV에서 총 358개의 단백질이 동정되었으며, 대부분 이전에 이러한 구조물에서 보고된 바 있다. 여러 보체 단백질, 콜라겐 및 면역글로불린은 RA 환자에서 HD보다 낮았다. 주목할 만한 점은, 이전에 RA 유래 EV에서 기술되지 않았던 아그레칸(ACAN) 및 중합체 면역글로불린 수용체(PIGR)가 SN RA 환자 및 HD 모두와 비교하여 SP 환자에서 특이적으로 풍부하게 존재했다는 것이다. 이들의 풍부함은 자가항체 수치 및 질병 활동도와 유의하게 연관되어 있었다. 결론 본 연구 결과는 ACAN 및 PIGR을 RA 혈청양성과 연관된 새로운 EV 관련 단백질로 동정하였다. 자가항체 수치 및 질병 활동도와의 연관성은 순환 EV가 연골 재형성, 점막 면역 및 전신 자가면역 사이의 연결 고리를 반영하는 생물학적 경로를 나타낼 수 있음을 시사하며, 이는 잠재적 바이오마커로서의 유용성과 질병 병인 기여 가능성을 지지한다.

[프로테오믹스] Identification and profiling of HLA-A*02:01-restricted Toxoplasma gondii peptides through immunopeptidomics in HLA-A2.1 transgenic mice. 🔁멀티도메인구제

2026-07-05 · Virulence · 10.1080/21505594.2026.2697091 · rel=0.449 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: HLA-A02:01 트랜스제닉 마우스 감염 모델에서 MS 기반 면역펩티드놈 분석을 통해 3,433개의 고신뢰도 T. gondii 유래 펩타이드를 규명하고, 글리코겐 합성효소(PGS) 유래 신규 리간드의 결정구조를 해석함. 방법·데이터: 면역펩티드놈(질량분석법), HLA-A02:01 트랜스제닉 마우스(Toxoplasma gondii 감염), 공개데이터셋명 미기재 검증필요: 73개의 후보 펩타이드 중 5개가 실험적으로 검증되었다는 주장의 재현 가능성 및 PGS 유래 펩타이드의 HLA-A*02:01 결합 구조적 타당성

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): 🔢숫자체인 불일치(핵심발견 최대 3433 vs 검증필요 최대 73, 공통 [1, 2])

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

병원체 유래 펩타이드의 HLA class I 제시 과정은 Toxoplasma gondii에 대한 CD8+ T세포 인식에 필수적이다. 체외(in vitro) MHC 리간드가 문서화되어 있으나, 감염 진행 중의 체내(in vivo) 리간드롬(ligandome)은 아직 잘 규명되지 않았다. 본 연구에서는 형질전환 마우스에서 HLA-A *02:01에 의해 제시되는 T. gondii 면역펩티드놈(immunopeptidome)을 직접 프로파일링하기 위해 질량분석법(MS) 기반 면역펩티드놈학 접근법을 사용했다. 계층적 발견 파이프라인(hierarchical discovery funnel)을 적용한 결과, 우리는 3,744개의 고유한 T. gondii 유래 펩타이드의 포괄적인 레퍼토리를 확인했다. HLA-A *02:01 리간드의 전형적인 결합 길이인 정형 8-12머(8-12mers)에 일치하도록 후속 필터링을 수행함으로써, 3,433개의 펩타이드로 구성된 높은 신뢰도의 기초 리간드롬을 확립했다. 원천 단백질 분석 결과, 이러한 펩타이드는 이전에 특징이 잘 알려지지 않은 가설적 단백질(hypothetical proteins)을 포함한 다양한 기생충 단백질에서 유래하는 것으로 나타났다. 특히, 특정 리간드들은 급성기 및 만성기 모두에서 일관되게 검출되었으며, 이는 감염 주기 전반에 걸쳐 안정적인 MHC-I 제시를 시사한다. 생정보학적 예측(in silico predictions)과 실험적 검증을 통합함으로써, 우리는 73개의 높은 친화도 후보들을 우선순위화했으며, 이 중 5개는 체외(in vitro) 및 체내(in vivo)에서 강력한 HLA-A *02:01 결합 능력을 보였다. 구체적으로, 우리는 글리코겐 합성효소(glycogen synthase, PGS)에서 유래한 새로운 리간드를 확인하고 HLA-A *02:01과의 공동 결정 구조(co-crystal structure)를 결정하였으며, 이는 유리한 결합 구조를 드러냈다. 전반적으로, 이러한 발견들은 T. gondii의 HLA-A *02:01 제한적 리간드 지평을 확장하고, 향후 CD8+ T세포 면역원성(functional validation of CD8+ T-cell immunogenicity)을 위한 높은 우선순위 후보 목록을 제공한다.

[생물정보학] INTERPOL Review of Forensic Biology and DNA, 2023-2025. 🔁멀티도메인구제

2026-06-14 · Forensic science international. Synergy · 10.1016/j.fsisyn.2026.100705 · rel=0.449 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: 2023-2025년 법의학 생물학 및 DNA 분석 분야의 최신 과학적 발전, 방법론, 동향을 검토하기 위해 Scopus, Web of Science, PubMed 등 다양한 온라인 검색을 통해 2000개 이상의 참고문헌을 수집하고 15개 주제 및 116개 하위 주제로 분류하여 정리함. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 인공지능(AI) 도구를 참고문헌 요약에 활용하여 1900개 이상의 간행물을 검토한 과정의 방법론적 투명성 및 편향 가능성

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): 📄리뷰/perspective(1차연구 아님 — 근거강도 주의)

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

21차 인터폴(International Criminal Police Organization, INTERPOL) 국제 법의학 과학 관리자 심포지움의 일환으로, 본 연구는 2023년부터 2025년까지의 기간 동안 생체 증거에 대한 법의학 생물학 및 법의학 DNA 분석 분야의 최신 과학적 발전, 방법론 및 동향을 탐구하고, 이전의 인터폴 DNA 검토를 기반으로 한다. Scopus, Web of Science 및 PubMed의 사용 포함 다양한 온라인 검색을 통해 이 검토의 3년 기간 범위를 아우르는 거의 2000개의 참고문헌이 확보되었다. 300개 이상의 서로 다른 저널에서 기원한 과학적 논문들은 Zotero 참고문헌 관리 데이터베이스에 정리되었으며(보충 파일 1 참조), 현재 관행의 발전(제3절)과 신기술 및 연구 연구(제4절)에 중점을 둔 섹션 아래 15개 주제 및 116개 하위 주제로 분류되었다(보충 파일 2 참조). 이번 3년 주기의 검토는 24권의 책 또는 주요 보고서, 법의학 DNA 측면에 관한 저널의 특별호 20호, 국제 법의학 유전체학회(International Society for Forensic Genetics, ISFG) 회의록에서 발췌한 292편의 논문, 그리고 양질의 DNA 검사를 지원하기 위한 17개 서로 다른 기관의 70개 지침 문서를 기술한다. 출판물들은 현재 관행의 발전과 관련된 10개 주제와 신기술 및 연구 연구와 관련된 5개 주제로 평가 및 분류되었다. 이러한 주제들은 더 나아가 종합 목록에서 하위 분류되며(보충 파일 2 참조), 여기에는 rapid DNA 분석; 법 집행 기관 DNA 데이터베이스 및 윤리; 법의학 조사 유전체 계보학(Forensic Investigative Genetic Genealogy, FIGG); 법의학 생물학 및 체액 식별; DNA 처리; 짧은 연속 반복(Short Tandem Repeat, STR) 마커를 이용한 DNA 타이핑; 계층적 주장의 원천 또는 하위 원천 수준에서의 DNA 해석 및 확률적 유전형 소프트웨어(Probabilistic Genotyping Software, PGS)를 이용한 혼합물 해석; 활동 수준에서의 DNA 해석 및 DNA 전달, 지속성, 빈도 및 회수(Transfer, Persistence, Prevalence, and Recovery, TPPR) 측면; 통계 및 집단 유전학 데이터; 인간 식별 및 친족 분석; 차세대 염기서열 분석(Next-Generation Sequencing, NGS) 및 기술 발전; 법의학 DNA 표현형 분석(Forensic DNA Phenotyping, FDP) 및 메틸화; 계통 마커(Y염색체, 미토콘드리아 DNA, X염색체 분석); 새로운 마커 및 접근법(마이크로하플로타입, 삽입/결실 마커, 프로테오믹스, 마이크로바이옴, 단일 세포 분석, 환경 DNA 사용, 급사 진단, 분자 부검 또는 사후 경과 시간의 바이오마커); 비인간 DNA 검사 및 야생동물 법의학이 포함된다. 1900편 이상의 출판물에 대한 이 검토를 수행하는 과정에서 참고문헌을 요약하기 위한 인공지능(Artificial Intelligence, AI) 도구가 탐색되고 활용되었다.

🔭 주변 관심 (20편 · 관련성 통과했으나 우리 도메인 접점 없음 — 제목·rel만)

[멀티오믹스] Shared genetics of IgA nephropathy and cardiometabolic diseases revealed by integrative genomic analysis. 🆕 · rel=0.548 · 2026-07-31 · Renal failure · 10.1080/0886022x.2026.2706884
[HCP] Host cell protein profiling and immunogenicity assessment in E. coli-produced interferon beta. · rel=0.685 · 2026-07-14 · Journal of pharmaceutical sciences · 10.1016/j.xphs.2026.104418
[GWAS] Genetic architecture shared between body shape phenotypes and preeclampsia-related diseases: a genome-wide cross-trait analysis. · rel=0.623 · 2026-07-24 · Journal of obstetrics and gynaecology : the journal of the Institute of Obstetrics and Gynaecology · 10.1080/01443615.2026.2706674
[RNA-seq] Investigating and validating the molecular mechanisms of lipid metabolism regulation in myasthenia gravis development based on single-cell, bulk transcriptomics, and RT-qPCR. · rel=0.562 · 2026-07-18 · Autoimmunity · 10.1080/08916934.2026.2696588
[ELISA] Next-generation immunoassays for autoantibody detection in celiac disease: emerging technologies and diagnostic advances. · rel=0.562 · 2026-07-17 · Annals of medicine · 10.1080/07853890.2026.2703356
[멀티오믹스] Key molecular networks underlying retinol's biphasic effects on cell proliferation through multi-omics integrative analysis using genome-scale metabolic modeling. · rel=0.553 · 2026-06-19 · Synthetic and systems biotechnology · 10.1016/j.synbio.2026.03.021
[GWAS] Genetic liability for morning chronotype interacts with childhood trauma to predict depressive symptoms in women. · rel=0.531 · 2026-07-19 · Dialogues in clinical neuroscience · 10.1080/19585969.2026.2702037
[GWAS] Mitochondria-related pathogenic genes in acute and chronic kidney disease: a Mendelian randomization study. · rel=0.524 · 2026-07-08 · Renal failure · 10.1080/0886022x.2026.2698274
[약물재배치] Repurposing the antispasmodic drug pinaverium bromide as a novel antifungal agent and synergist against Candida albicans . · rel=0.519 · 2026-06-01 · Virulence · 10.1080/21505594.2026.2682573
[PTM] The acetylation mechanism and engineering strategy of isocitrate lyase for optimizing biosynthesis in Escherichia coli . · rel=0.518 · 2026-05-23 · Synthetic and systems biotechnology · 10.1016/j.synbio.2026.04.031
[RNA-seq] Single-cell sequencing profiling of intratumoral heterogeneity and immunosuppressive microenvironment in primary thyroid cancer and lymph node metastases. · rel=0.513 · 2026-07-10 · Oncoimmunology · 10.1080/2162402x.2026.2701504
[약물재배치] The role of protein palmitoylation in disease pathogenesis and therapeutic innovation. · rel=0.507 · 2026-05-29 · Annals of medicine · 10.1080/07853890.2026.2673182
[PTM] Eukaryotic cell-free protein synthesis: Chassis diversification, system engineering, and emerging applications. · rel=0.507 · 2026-05-21 · Synthetic and systems biotechnology · 10.1016/j.synbio.2026.04.022
[RNA-seq] Characterization of persistent HPV-specific activated T cells in head and neck squamous cell carcinoma. · rel=0.506 · 2026-07-26 · Oncoimmunology · 10.1080/2162402x.2026.2707808
[희귀질환] Serum metabolic profiling analysis of Gitelman syndrome using untargeted metabolomics. · rel=0.475 · 2026-04-29 · Renal failure · 10.1080/0886022x.2026.2662094
[약물재배치] Repurposing nitazoxanide as a novel ferroptosis inducer for triple-negative breast cancer via dual disruption of iron homeostasis and the β-catenin/GPX4 axis. · rel=0.473 · 2026-06-29 · Redox report : communications in free radical research · 10.1080/13510002.2026.2695689
[중독] Transcriptional profiling of the anterior cingulate cortex and nucleus accumbens using a double-hit model of prenatal and adolescent alcohol exposure. · rel=0.455 · 2026-05-14 · Physiology & behavior · 10.1016/j.physbeh.2026.115376
[희귀질환] Transcriptional profiling of Hutchinson-Gilford progeria patients identifies primary target pathways of progerin. · rel=0.44 · 2026-01-05 · Nucleus (Austin, Tex.) · 10.1080/19491034.2025.2611484
[기타/미분류] Nanozymes: bridging nanoscale characteristics and catalytic mechanisms for advanced biomedical applications. · rel=0.512 · 2026-06-22 · Journal of enzyme inhibition and medicinal chemistry · 10.1080/14756366.2026.2690829
[기타/미분류] Microbial-associated lipid oxidation drives flavor deterioration of Zanba during storage: Insights from integrated multi-omics analysis. · rel=0.488 · 2026-07-14 · Food chemistry. Molecular sciences · 10.1016/j.fochms.2026.100438

🩺 실행 진단

관련성 게이트: BGE 관련성 게이트 · 후보 128 = 오프토픽 48 + 쿼터/캡컷 35 + 채택 45
★캡컷 상위(관련성 통과했으나 쿼터/캡 탈락): Cell culture medium formulation can be a driver of lipoprotein lipase (rel=0.598·HCP); Development of single-chain C1q affinity chromatography-mass spectrome(rel=0.586·항체-topdown); Purification of Advanced Therapeutics by Flow-Through Pseudo-Affinity (rel=0.576·HCP); Causal association and shared mechanisms between Graves' disease and p(rel=0.523·GWAS); A rapid yolk-sac serum extraction method for quantifying maternal IgY (rel=0.513·ELISA)
브릿지: 신규 데이터셋 0/0건 유효(관련성·서브시리즈 필터 후) · 엔진 gap 0편(도메인/임계 필터로 전량 탈락 — 정직 보고)
라벨 강등(신뢰도<0.5): 2편 [기타/미분류]
요약노드 8/8 사용 · 전 노드 정상
요약 실패(무음 전멸): 1편 ([멀티오믹스] Key molecular networks underlying retino)
★무음 부분실패(핵심발견 등 핵심필드 공란): 0편
★개체명 불일치(핵심발견 질병명이 타필드와 충돌 — 요약 환각 의심, F-01): 0편
★요약↔원문 정합성 위반(심볼 환각·수준 혼동, B게이트): 0편

오믹스·바이오인포 문헌 모니터 — 2026-08-04

📡 오늘의 신호

📄 논문 카드

[HCP] Illuminating the Dark Host Cell Proteome: A host cell protein coverage method for LC-MS impurity assays.

[HCP] Deep dive into drug substance HCP patterns for comprehensive safety assessment in recombinant mAb formats.

[항체-topdown] Rapid and selective characterization of antibody-drug conjugates in complex sample matrices by native affinity liquid chromatography-mass spectrometry.

[중독] Neural, neurotransmitter, and molecular signatures of gray matter volume alterations in digital addiction.

[ELISA] Comparative validation of LC-MS, micro-bioassay, and ELISA for lincomycin quantification: application to pharmacokinetic analysis in healthy and co-infected porcine models.

[ADC] Trial watch: antibody-drug conjugates in cancer therapy.

[항체-topdown] Setting expectations for current and future directions of native mass spectrometry in the biopharmaceutical industry.

[항체-topdown] Glycan pairing in therapeutic IgG orchestrates Fcγ receptor engagement and ADCC: an integrated structure-function approach for thorough evaluation of Fc N-glycans as critical quality attributes.

[DAR] An intrinsically hydrophilic linker enables a stable, high-DAR exatecan-based HER2 ADC with potent antitumor activity.

[ADC] Targeting IL-7Rα with PNU-159682 antibody-drug conjugates in acute lymphoblastic leukemia: translational implications.

[ELISA] Development of a novel electrochemical impedance spectroscopy-based biosensor for bone formation-resorption biomarker determination in body fluids.

[프로테오지노믹스] Multiomics combined with machine learning defines unique molecular subtypes of cholangiocarcinoma and identifies TNK1 as a therapeutic target.

[프로테오지노믹스] Application of Proteogenomic Approaches for Refinement of the Entamoeba histolytica Reference Genome Using High Resolution Mass-Spectrometry Data.

[프로테오지노믹스] Integrated Proteogenomics and Single-Cell Transcriptomics Prioritize Putative Protective Plasma Proteins for Hidradenitis Suppurativa.

[PTM] Ovalbumin oxidative modification fingerprints depend on gas plasma-driven reactive species profiles.

[DAR] Programmed death 1 antibody drug conjugates (PD 1 ADCs): Innovations in overcoming resistance and enhancing immune mediated antitumor activity.

[신경과학·뇌질환] Beyond the gut: the multisite microbiota and its emerging role in brain health.

[DAR] Antibodies to watch in 2026. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Dysregulated proteins in plasma distinguishing Loeys-Dietz syndrome from other heritable thoracic aortic disease - an explorative study. 🔁멀티도메인구제

[신경과학·뇌질환] Therapeutic frontiers in ALS: iPSC-based drug discovery, cell therapy, and gene therapy-Advances through 2026. 🔁멀티도메인구제

[중독] Antibiotic-mediated gut microbiota depletion partially attenuates methamphetamine-induced reward and linoleic acid metabolic disturbance. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Aggrecan and polymeric immunoglobulin receptor in extracellular vesicles of patients with seropositive rheumatoid arthritis. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Identification and profiling of HLA-A*02:01-restricted Toxoplasma gondii peptides through immunopeptidomics in HLA-A2.1 transgenic mice. 🔁멀티도메인구제

[생물정보학] INTERPOL Review of Forensic Biology and DNA, 2023-2025. 🔁멀티도메인구제

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📡 오늘의 신호

📄 논문 카드

[HCP] Illuminating the Dark Host Cell Proteome: A host cell protein coverage method for LC-MS impurity assays.

[HCP] Deep dive into drug substance HCP patterns for comprehensive safety assessment in recombinant mAb formats.

[항체-topdown] Rapid and selective characterization of antibody-drug conjugates in complex sample matrices by native affinity liquid chromatography-mass spectrometry.

[중독] Neural, neurotransmitter, and molecular signatures of gray matter volume alterations in digital addiction.

[ELISA] Comparative validation of LC-MS, micro-bioassay, and ELISA for lincomycin quantification: application to pharmacokinetic analysis in healthy and co-infected porcine models.

[ADC] Trial watch: antibody-drug conjugates in cancer therapy.

[항체-topdown] Setting expectations for current and future directions of native mass spectrometry in the biopharmaceutical industry.

[ADC] Multi-modal feature learning to prioritize ADCs with favorable half-life in mice.

[항체-topdown] Glycan pairing in therapeutic IgG orchestrates Fcγ receptor engagement and ADCC: an integrated structure-function approach for thorough evaluation of Fc N-glycans as critical quality attributes.

[DAR] An intrinsically hydrophilic linker enables a stable, high-DAR exatecan-based HER2 ADC with potent antitumor activity.

[ADC] Targeting IL-7Rα with PNU-159682 antibody-drug conjugates in acute lymphoblastic leukemia: translational implications.

[ELISA] Development of a novel electrochemical impedance spectroscopy-based biosensor for bone formation-resorption biomarker determination in body fluids.

[프로테오지노믹스] Multiomics combined with machine learning defines unique molecular subtypes of cholangiocarcinoma and identifies TNK1 as a therapeutic target.

[프로테오지노믹스] Application of Proteogenomic Approaches for Refinement of the Entamoeba histolytica Reference Genome Using High Resolution Mass-Spectrometry Data.

[프로테오지노믹스] Integrated Proteogenomics and Single-Cell Transcriptomics Prioritize Putative Protective Plasma Proteins for Hidradenitis Suppurativa.

[PTM] Ovalbumin oxidative modification fingerprints depend on gas plasma-driven reactive species profiles.

[DAR] Programmed death 1 antibody drug conjugates (PD 1 ADCs): Innovations in overcoming resistance and enhancing immune mediated antitumor activity.

[신경과학·뇌질환] Beyond the gut: the multisite microbiota and its emerging role in brain health.

[DAR] Antibodies to watch in 2026. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Dysregulated proteins in plasma distinguishing Loeys-Dietz syndrome from other heritable thoracic aortic disease - an explorative study. 🔁멀티도메인구제

[신경과학·뇌질환] Therapeutic frontiers in ALS: iPSC-based drug discovery, cell therapy, and gene therapy-Advances through 2026. 🔁멀티도메인구제

[중독] Antibiotic-mediated gut microbiota depletion partially attenuates methamphetamine-induced reward and linoleic acid metabolic disturbance. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Aggrecan and polymeric immunoglobulin receptor in extracellular vesicles of patients with seropositive rheumatoid arthritis. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Identification and profiling of HLA-A*02:01-restricted Toxoplasma gondii peptides through immunopeptidomics in HLA-A2.1 transgenic mice. 🔁멀티도메인구제

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