오믹스·바이오인포 문헌 모니터 — 2026-08-03

Europe PMC 후보 128편 → BGE 관련성 게이트 → 채택 45편 (🆕 신규 0) · 로컬 qwen×8 구조화 요약 + 초록 한글 번역 · 사람 입력 0 · 가설발굴은 SEED→H1 엔진으로 분리

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🔬 공개데이터 동반 논문 1편 · accession: GEO:GSE85452, GEO:GSE227835
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판정 권위: 🔎자동점검(규칙기반) = 1차 신호 · 🔸LLM 소견 = 미검증 참고용(qwen 비결정론, verdict 아님).

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[HCP] Illuminating the Dark Host Cell Proteome: A host cell protein coverage method for LC-MS impurity assays.

2026-05-09 · Journal of pharmaceutical and biomedical analysis · 10.1016/j.jpba.2026.117555 · rel=0.766 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: DARK-COV 파이프라인은 이론적 검출 한계를 예측하여 실험 데이터(HCPedia™, n>15,000)와 높은 일치도를 보였으며, 4가지 발현 시스템에서 이론적으로 검출되지 않는 단백질(Dark HCPs)은 전체 단백질의 1.0-5.2%에 불과하고 대부분 저분자량으로 위험도가 낮음을 확인함. 방법·데이터: LC-MS 기반 HCP 분석, HCPedia™ 데이터셋(15,000개 이상 실험 데이터), CHO, E. coli, HEK, Sf9 세포주 검증필요: 상용 LC-MS 워크플로우와 동일한 조건으로 구축된 HCPedia™ 데이터셋을 사용하여 DARK-COV의 이론적 예측이 실제 실험적 검출 한계와 얼마나 정밀하게 일치하는지 재현 검증 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 이론적 예측이 실제 샘플의 매트릭스 효과, 이온 억제, 농도 의존적 검출성을 고려하지 않았음에도 실험 데이터와 '강한 일치'를 주장하는 것은 방법론적 한계(이상화된 조건 vs 실제 복잡계)를 과소평가한 것으로 보임

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

액체 크로마토그래피-질량 분석법(LC-MS)을 이용한 숙주 세포 단백질(HCP) 분석은 생물제제 제품의 개별 불순물을 동정하고 정량하여 위험 기반 불순물 평가를 지원한다. 그러나 효소면역측정법(ELISA) 방법과는 달리, LC-MS 분석법에 대한 방법 특이적 HCP 커버리지의 체계적 평가는 아직 명확히 정의되지 않았다. 특히, 특정 분석 조건에서 본질적으로 검출이 불가능한 단백질에 대한 관심은 제한적이어서, 불순물 특성 규명에서 사각지대가 발생할 가능성이 있다. 본 연구에서는 LC-MS 기반 불순물 분석법의 이론적 HCP 커버리지를 평가하기 위한 투명하고 일반화 가능한 in silico 파이프라인인 DARK-COV를 제시한다. 이 파이프라인은 펩타이드 소수성, 전하 상태, 질량 대 전하 비를 기반으로 한 in silico 소화된 프로테오ーム의 물리화학적 필터링과 분석법 특이적 LC-MS 매개변수를 결합하여, 어떤 펩타이드와 단백질이 검출될 수 있는지 예측한다. 두 개 이상의 검출 가능한 펩타이드를 생성하지 않을 것으로 예측된 단백질은 다크 숙주 세포 단백질(Dark Host Cell Proteins)로 분류되었다. 이 파이프라인은 동일한 LC-MS 워크플로우를 사용하여 생성된 경험적으로 관찰된 HCP 펩타이드의 포괄적인 데이터베이스인 HCPedia™에 수집된 15,000건 이상의 LC-MS 분석에서 파생된 대규모 실험 데이터셋을 대상으로 벤치마킹되었다. 개념 증명 실증으로서, DARK-COV는 중국 햄스터 난소(CHO) 세포, 대장균(Escherichia coli), 인간 배아 신장(HEK) 세포, 그리고 밤나방속(Spodoptera frugiperda, Sf9) 세포를 포함한 산업적으로 관련성 있는 네 가지 발현 시스템에 적용되었으며, 이상화된 in silico 조건 하에서 이러한 프로테오ーム에 있는 단백질 중 이론적으로 검출 불가능할 것으로 예측되는 비율은 1.0-5.2%에 불과함이 드러났다. 이러한 예측은 검출 가능성의 상한선을 제시하며, 실제 샘플에서의 매트릭스 효과, 이온 억제, 또는 농도 의존적 검출 가능성은 고려하지 않는다. >15,000건의 LC-MS 데이터셋에 걸친 실험적 관찰 결과와의 비교는 DARK-COV 예측과 강한 일치성을 보여주어, LC-MS 분석법의 검출 범위 밖에 있을 가능성이 높은 단백질을 분류하는 것을 지지한다. 기능적 주석 달성과 알려진 고위험 HCP와의 비교는 대부분의 다크 숙주 세포 단백질이 생물제제 불순물 위험과 관련성이 낮은 저분자량 단백질임을 나타냈다. 전반적으로, 이 파이프라인은 LC-MS 분석에서 이론적 커버리지를 정량화하고 예측을 실험적 관찰과 비교하기 위한 재현 가능하고 방법 특이적인 접근법을 제공한다. 분석적 사각지대를 식별함으로써, 이 전략은 미검출 HCP의 위험 기반 평가를 지원하며, USP Chapter 1132.1에 기술된 LC-MS 기반 HCP 불순물 분석의 규제적 정당화에 대한 합리적 기반을 제공한다. ⚠️[언어오염: 미정규화 토큰 ['ム']]

[HCP] Deep dive into drug substance HCP patterns for comprehensive safety assessment in recombinant mAb formats.

2026-07-07 · Biotechnology progress · 10.1002/btpr.88540 · rel=0.704 🔗 우리 도메인: proteomics/MS, antibody-topdown

핵심발견: ND와 IAC는 헥사펩타이드 풍부화보다 저풍부 HCP 검출을 확장하며, ND는 항체 기반 방법에서 포착되지 않은 저풍부 HCP를 고유하게 식별하고, 풀다운 검사는 활성 성분과 상호작용하는 제품 특이적 HCP를 시사한다. 방법·데이터: LC-MS/MS 기반 분석, CHO 세포에서 발현된 5가지 재조합 mAb 제품, 헥사펩타이드 풍부화, 면역친화 크로마토그래피(IAC), 자연 분해(ND) 전략 비교 검증필요: 표준 정제 단계가 활성 성분과 상호작용하는 것으로 확인된 제품 특이적 HCP를 제거하기에 불충분할 수 있다는 주장의 타당성

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

단클론항체(mAb) 치료제에서 공정 관련 불순물인 숙주 세포 단백질(HCPs)의 존재는 면역원성, 제품 불안정성 및 치료 효능 감소를 포함하는 위험을 제시한다. 따라서 HCP 수준은 모니터링이 필요한 중요한 품질 특성으로 간주된다. 프로젝트의 후기 단계, 제출 후 변경을 포함하여 공정 개발 중 및 공정 변경 후에 잔류 HCPs를 특성화하는 것이 필수적이다. ELISA의 한계를 극복하기 위해, 특히 낮은 발현량의 개별 HCPs를 식별하는 데 있어 질량 분석법 기반 HCPs 분석이 점점 더 많이 사용되고 있다. 본 연구에서 우리는 CHO 세포에서 발현된 5가지 재조합 제품 전반에 걸쳐 낮은 발현량의 HCPs에 대한 LC-MS/MS 기반 검출을 향상시키기 위해 헥사펩타이드(enrichment), 면역친화 크로마토그래피(IAC), 그리고 자연 상태 소화(ND)의 세 가지 농축 전략을 체계적으로 비교하였다. 우리의 결과는 ND와 IAC 모두 헥사펩타이드 농축 및 총 용액 내 소화(in-solution digest)에 비해 HCP 식별의 총 수를 크게 확장함을 보여주었다. IAC는 여러 잠재적으로 중요한 HCPs의 검출을 지원한 반면, ND는 항체 기반 방법으로는 포착되지 않은 추가적인 낮은 발현량의 HCPs를 고유하게 식별하였다. 또한 풀다운(pull-down) 검사는 활성 의약 성분(API)과 상호작용할 가능성이 있는 제품 특이적 HCPs를 드러냈으며, 이는 표준 정제 단계가 이들의 제거에 충분하지 않을 수 있음을 시사한다. 함께, 우리의 발견은 심층적인 HCP 프로파일링을 위한 ND와 IAC의 상호 보완적 성격을 강조한다. 우리는 효소 활성을 가진 HCPs로 인해 낮은 제품 또는 폴리소르베이트(polysorbate) 불안정성 문제가 발생할 때 특히, 생물제제 제품에서 잠재적으로 중요한 HCPs의 포괄적인 검출을 보장하기 위해 두 방법의 결합된 적용을 제안한다. 이러한 통합적 접근법은 향상된 제품 안전성과 공정 중 일관된 HCP 제거를 지원한다.

[항체-topdown] Rapid and selective characterization of antibody-drug conjugates in complex sample matrices by native affinity liquid chromatography-mass spectrometry.

2026-01-18 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2618314 · rel=0.656 🔗 우리 도메인: proteomics/MS, antibody-topdown

핵심발견: POROS CaptureSelect FcXL 컬럼을 활용한 native affinity LC-MS(aLC-MS) 기법을 통해 혈청 내 ADC의 DAR, DLD, 상대적 약물 농도를 크로마토그래픽 피크 적분 없이 직접 및 고속으로 정량화할 수 있음을 입증함. 방법·데이터: aLC-MS, POROS CaptureSelect FcXL 컬럼, 마우스 혈청(안정성 연구 및 농도 계열 평가용). 검증필요: 125-2000 µg/mL 범위에서의 excellent linearity(R²=0.99) 및 31.25 µg/mL 감도 한계가 실제 복잡한 생체 시료 매트릭스 및 다양한 ADC 구조체에서도 재현성 있게 적용되는지 여부.

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

항체-약물 접합체(ADC) 및 기타 바이오의약품은 생물학적 매트릭스에서의 생물전환을 평가하기 위해 견고한 분석 방법이 필요하다. 현재 접근법은 종종 오프라인 농축과 광범위한 크로마토그래피 분리를 필요로 하여 처리량을 제한하고 데이터 처리를 복잡하게 만든다. 우리는 POROS CaptureSelect FcXL 컬럼을 최적화된 용매 및 MS 파라미터와 결합하여 혈청과 같은 복잡한 샘플 매트릭스에서 ADC 및 기타 항체 유래 형식의 직접 분석(1D aLC-MS)을 위한 네이티브 친화성 액체 크로마토그래피-질량 분석법(aLC-MS) 방법을 개발했다. 이 방법은 마우스 혈청에서의 안정성 연구 및 농도 계열을 사용하여 평가되었다. 직접 분석은 크로마토그래피 피크 적분 없이 샘플 간 약물-항체 비율(DAR), 약물 부하 분포(DLD) 및 상대적 약물 풍부도를 정확하게 결정할 수 있게 해주었다. 안정성 연구는 혈청과 PBS 간에 뚜렷한 ADC 생물전환 프로파일을 보여주었으며, 여기에는 과소접합된 시스테인 부위에서의 말레이미드 가수분해 및 이황화 결합 교환이 포함되었다. aLC-MS 방법은 혈청에서 125-2000 µg/mL 범위에서 우수한 선형성(R 2 = 0.99)을 달성했으며 31.25 µg/mL까지 민감도를 보였다. 이 빠르고 선택적인 aLC-MS 방법은 최소한의 샘플 준비로 복잡한 매트릭스에서 ADC 품질 특성의 고속 모니터링을 가능하게 하여 바이오의약품 제품 개발 및 생분석 응용을 지원한다. 이 방법은 오직 MS 결과에 기반하므로 데이터 처리 및 보고가 빠르고 자동화가 용이하다.

[중독] Neural, neurotransmitter, and molecular signatures of gray matter volume alterations in digital addiction.

2026-05-20 · Journal of psychiatric research · 10.1016/j.jpsychires.2026.05.027 · rel=0.617 🔗 우리 도메인: addiction-omics

핵심발견: 디지털 중독 환자에서 양측 전대상피질, 좌측 중전두회 및 좌측 내측 안와전두피질의 회백질 용적 감소가 확인되었으며, 이는 세로토닌 및 GABA성 신경전달 시스템과 공간적으로 연관되었다. 방법·데이터: VBM 메타분석(SDM), Juspace를 이용한 신경전달물질 맵 공간 상관관계 분석, Allen Human Brain Atlas 기반 PLSR 전사체 해독. 검증필요: 전사체 분석에서 도출된 534개 유전자의 GMV 변화 연관성이 통계적 유의성 및 생물학적 타당성 측면에서 재검증되어야 함.

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

배경 및 목적 디지털 중독(DA)은 소셜 미디어, 게임, 스마트폰의 강박적 사용을 포함하며 신경생물학적 기반을 가진 행동 중독으로 점차 인식되고 있다. 그러나 신경영상 소견은 여전히 이질적이며, 관련 신경전달물질 및 분자 메커니즘은 명확하지 않다. 본 연구는 디지털 중독에서 일관된 회색질 부피(GMV) 변화를 규명하고, 이들의 신경전달물질 및 전사체 관련성을 탐색하는 것을 목적으로 하였다. 방법 디지털 중독군과 대조군 간 GMV 변화를 결정하기 위해 시드 기반 d 매핑(SDM)을 이용한 체적 기반 형태측정법(VBM) 메타분석을 수행하였다. GMV 변화와 규범적 신경전달물질 지도 간의 공간적 상관관계를 Juspace를 사용하여 평가하였다. 전사체 해독은 앨런 인간 뇌 아틀라스(Allen Human Brain Atlas)를 사용하여 부분 최소제곱 회귀(PLSR)로 수행되었으며, 이후 유전자 풍부도 분석 및 세포 유형 분석이 이루어졌다. 결과 메타분석은 양측 전대상피질(ACC), 좌측 중전두회(MFG), 좌측 내측 안와전두피질(mOFC)에서 GMV 감소를 나타냈다. 이러한 영역은 세로토닌성 및 GABAergic 시스템과 공간적으로 대응되었다. 전사체 분석은 GMV 변화와 연관된 534개의 유전자를 규명하였으며, 이들은 시냅스 기능 및 이온 채널 활동에 풍부하게 존재했고, 주로 흥분성 및 억제성 뉴런에서 발현되었다. 결론 본 다중 규모 통합 분석은 디지털 중독 관련 GMV 변화를 특정 신경전달물질 시스템 및 유전자 발현 프로필과 연결한다. 이 소견은 세로토닌성, 억제성 및 보상 관련 신경생물학적 시스템의 관여에 대한 수렴적 증거를 제공하며, I-PACE 프레임워크 내에서 디지털 중독에 대한 보다 포괄적인 신경생물학적 이해에 기여할 수 있다.

[ELISA] Comparative validation of LC-MS, micro-bioassay, and ELISA for lincomycin quantification: application to pharmacokinetic analysis in healthy and co-infected porcine models.

2026-07-25 · The veterinary quarterly · 10.1080/01652176.2026.2708928 · rel=0.609 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: LC-MS, 미세생물검정(MBa), ELISA 모두 린코마이신 정량에 타당하며, MBa와 ELISA는 LC-MS와 높은 상관관계(r≥0.97)와 유사한 약동학 파라미터를 보여 저비용 대안으로 적합함. 방법·데이터: 린코마이신 10 mg/kg 투여 후 건강한 돼지 및 Actinobacillus pleuropneumoniae/Pasteurella multocida 공동 감염 돼지 혈청 샘플. 분석법: LC-MS, MBa, ELISA. 소프트웨어: WinNonlin, PKSolver. 검증필요: MBa와 ELISA가 LC-MS와 높은 상관관계(r≥0.97)를 보인다는 주장의 재현성 및 Bland-Altman 분석의 편향(bias) 수준 검증.

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

본 연구는 리ن코마이신(10 mg/kg 체중)의 돼지 혈장 내 정량을 위해 액체 크로마토그래피-질량 분석법(LC-MS), 미세 생물검정법(MBa), 효소면역측정법(ELISA)을 비교하고, Actinobacillus pleuropneumoniae와 Pasteurella multocida에 공동 감염된 건강한 새끼 돼지에서의 리ن코마이신 약동학(PK) 데이터를 평가하였다. 모든 방법은 낮은 검출 한계와 정량 한계, 허용 가능한 시내 정밀도 및 오차, 임상적으로 관련 있는 농도 범위 전반에 걸친 강한 선형성을 포함한 표준 생분석 검증 기준을 충족하였다. MBa와 ELISA로 측정된 혈장 농도는 건강 모델과 감염 모델 모두에서 LC-MS와 높은 상관관계(Pearson r ≥ 0.97, Bland-Altman 분석에서 낮은 편차)를 보였으며, 비교 가능한 PK 파라미터(Cmax, Tmax, 곡선 아래 면적[AUC], 청소율, 평균 체류 시간)를 생성하여 PK/약력학(PD) 기반 용량 최적화에 적합함을 나타냈다. PK 분석은 근육 내 투여 후 빠른 흡수와 선택된 분포 및 배설 파라미터에서의 질병 관련 변화를 보여주었다. AUC와 청소율은 분석 방법 전반에 걸쳐 거의 유사했으며, 소프트웨어 플랫폼(WinNonlin 및 PKSolver) 간에도 크게 일치하였다. 따라서, 저비용인 MBa와 ELISA는 무료로 이용 가능한 PKSolver와 결합하여 돼지에서의 리ن코마이신에 대해 견고하고 의사결정에 유용한 PK/PD 데이터를 생성할 수 있으며, 이는 자원이 제한된 수의 및 농장 환경에서 항균제 용량 정제와 관리에 대한 실용적인 프레임워크를 제공한다.

[ADC] Trial watch: antibody-drug conjugates in cancer therapy.

2026-05-03 · Oncoimmunology · 10.1080/2162402x.2026.2667160 · rel=0.606 🔗 우리 도메인: tox-multiomics, antibody-topdown

핵심발견: 항체-약물 접합체(ADC)는 단클론항체의 표적 특이성과 소분자 약물의 세포독성 효력을 결합하여 혈액암 및 고형암에서 임상적 이득, 특히 후기 임상시험에서 전체 생존율 개선을 입증하며 정밀 종양학의 검증된 구성 요소로 부상함. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 초록에 언급된 '수십 개의 ADC 기반 요법이 임상 개발 중'이라는 진술의 구체적인 수량 및 현재 진행 중인 임상시험의 상세 내역 확인 필요.

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📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

항체-약물 접합체(ADC)는 단클론 항체의 표적 특이성과 소분자 화합물의 세포독성 효능을 결합한다. 최근 몇 년간 ADC는 현대 정밀 종양학의 임상적으로 검증된 구성 요소로 부상했다. 현재까지 종양학적 적응증을 위해 12종 이상의 ADC가 FDA 승인을 받았으며, 추가적인 제제가 지역적으로 승인되었고 수백 종의 ADC 기반 요법이 임상 개발 중이다. 집단적으로 이러한 치료법은 혈액학적 악성 종양과 고형 종양 전반에 걸쳐 임상적 이점을 입증했으며, 후기 임상 시험에서 진행성 질환에 대한 전체 생존율의 현저한 개선을 포함한다. 본 Trial Watch에서는 초기 전임상 개발부터 현재 임상 적용에 이르기까지 이용 가능한 ADC에 대한 개요를 제공한다. 또한 에피토프 표적화, 링커 화학, 약물 독성 및 약물-항체 비율을 포함하여 임상적으로 성공적인 ADC를 뒷받침하는 설계 원칙을 요약하고, 이러한 특징들이 약동학, 세포내 수송, 사이드바이더 효과 및 독성에 어떻게 영향을 미칠 수 있는지 논의한다. 마지막으로, 향후 방향을 정의하기 위해 후기 단계 임상 시험의 결과와 승인된 제제에 대해 논의한다.

[항체-topdown] Setting expectations for current and future directions of native mass spectrometry in the biopharmaceutical industry.

2026-07-15 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2699078 · rel=0.594 🔗 우리 도메인: proteomics/MS, antibody-topdown

핵심발견: 네이티브 질량분석법(native-MS)은 mAb, ADC 등 원형 분자 복합체의 직접 평가로 기존 분석법을 보완하나, 처리량과 민감도 한계로 산업계 보급이 제한적이며, 크로마토그래피 연결 및 자동화 기술 발전과 워크플로우 통합을 통해 향후 영향력이 확대될 것으로 전망됨 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 네이티브 MS의 처리량(throughput), 민감도(sensitivity), 자동화(automation) 및 접근성(accessibility) 관련 기술적 한계가 실제 산업 현장의 광범위한 채택을 저해하는 주요 장벽이라는 주장

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): 📄리뷰/perspective(1차연구 아님 — 근거강도 주의)

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

천연 질량 분석법(native-MS)은 학술 연구실에서 광범위하게 탐구되어 왔으나, 바이오의약품 연구 내에서의 실제적 역할은 아직 명확히 정의되지 않았다. 본 관점 논문에서 우리는 천연 질량 분석법(native-MS)이 현재 어떻게 적용되고 있으며, 확립된 분석 기술과 비교하여 어떤 고유한 장점을 제공하는지, 그리고 일상적인 특성 규명에는 대체 방법이 여전히 더 실용적인 영역이 어디인지에 대한 산업계 중심의 견해를 제시한다. 바이오의약품 워크플로우 내에서 특성 규명 전략은 전통적으로 크기배출크로마토그래피(SEC), 이온교환크로마토그래피(IEX), 전기영동, 광산란, 열량측정법, 그리고 변성 액체크로마토그래피(LC) 질량 분석법(LC MS)과 같은 직교 기술에 의존해 왔다. 천연 질량 분석법(native-MS)은 단클론항체(mAbs), 다중특이항체, 항체-약물접합체(ADCs), 당단백질, 그리고 단백질 복합체를 포함한 완전한 분자 어셈블리의 직접적 평가를 가능하게 함으로써 이러한 방법들을 보완한다. 적용 사례에는 고차원 어셈블리 평가, 리간드 또는 보조인자 결합, 표적 복합체의 화학량론, 그리고 변성 조건 하에서는 숨겨질 수 있는 이질성 평가가 포함된다. 그러나 처리량, 민감도, 자동화, 그리고 접근성과 관련된 과제들로 인해 산업계 연구실에서의 광범위한 채택은 제한되어 왔다. 크로마토그래피 연결, 온라인 완충액 교환(OBE), 개선된 자동화, 그리고 전하검출 질량 분석법(CDMS)을 포함한 새로운 발전들은 이러한 제약 조건들을 해결하기 시작하고 있다. 우리는 바이오의약품 분야에서의 천연 질량 분석법(native-MS)의 미래 영향력이 이러한 기술적 진보들을 치료 파이프라인 전반에 걸친 고통량 특성 규명을 지원할 수 있는 플랫폼화된 분석 워크플로우 및 소프트웨어와 통합하는 데 달려있다고 주장한다. 본 논문에서 제기된 아이디어들이 천연 질량 분석법(native-MS)의 증가된 채택이 언제, 어떻게, 그리고 만약 그렇다면 이루어져야 하는지에 대한 논의를 촉발하기를 바란다.

2026-04-17 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2657646 · rel=0.592 🔗 우리 도메인: antibody-topdown

핵심발견: 항체 서열, AlphaFold 기반 구조적 특성, 단백질 언어 모델(PLM) 임베딩, 접합 관련 특성, 링커-페이로드의 물리화학적 특성을 다중 모달로 통합한 XGBoost 모델이 C57BL/6 마우스에서 mAb 및 ADC의 반감기를 예측하는 프레임워크를 개발하였으며, 구조 기반 및 PLM 접근법이 시퀀스 전용 모델보다 우수한 교차검증 성능(Pearson's r = 0.76)과 시간적 검증에서 견고한 일반화(r = 0.79)를 보였다. 방법·데이터: XGBoost 모델, 실험적 반감지 데이터 118개(mAbs 및 ADCs), C57BL/6 마우스, 구조 기반 특성(AlphaFold), PLM 임베딩(ESM-2), 시퀀스 서술자, 접합 특성(DAR, 접합 부위), 링커-페이로드 물리화학적 특성 검증필요: 구조 기반 모델과 PLM 임베딩 간의 정량적 정확도 차이와 랭킹 순서 비교 결과의 생물학적/약동학적 타당성 및 외부 코호트에서의 재현성

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

항체-약물 접합체(ADC)의 유리한 약동학(PK) 특성은 더 높은 전신 노출을 가능하게 하며 개선된 임상 효능과 연관되어 있으나, ADC의 PK 최적화는 여전히 주로 경험적이며 자원이 많이 소요된다. 우리는 다중 모달 특징 학습을 사용하여 C57BL/6 마우스에서 단클론 항체(mAb) 및 ADC의 반감기를 예측하기 위한 in silico 프레임워크를 개발하였다. ADC의 구조적 복잡성을 다루기 위해 각 화합물을 세 가지 구성 요소로 분해하였다: (1) 서열 설명자, AlphaFold 기반 구조적 특성 또는 단백질 언어 모델(PLM) 임베딩으로 표현된 항체 특징; (2) 약물-항체 비율 및 접합 부위를 포함한 접합 관련 특징; (3) 링커-페이로드의 물리화학적 특성. 118개 mAb 및 ADC의 실험적 반감기 데이터를 사용하여 XGBoost 모델을 훈련하였다. 구조 기반 및 PLM 접근법은 강력한 교차검증(Pearson의 r = 0.76)을 달성하여 서열 전용 모델보다 우수한 성능을 보였다. 32개 mAb 및 ADC의 시간적 검증에서 구조 기반 모델은 견고한 일반화(r = 0.79)를 입증하였다. PLM 임베딩은 비교 가능한 순위 정렬(Spearman의 ρ, ESM-2의 경우 최대 0.81)을 달성했으나, 구조 기반 모델에 비해 정량적 정확도는 낮았다. 전반적으로 본 연구는 합성 및 in vivo 시험 전에 mAb 및 ADC의 초기 PK 스크리닝을 위한 확장 가능한 머신러닝 프레임워크를 제시한다.

[항체-topdown] Glycan pairing in therapeutic IgG orchestrates Fcγ receptor engagement and ADCC: an integrated structure-function approach for thorough evaluation of Fc N-glycans as critical quality attributes.

2026-04-02 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2652642 · rel=0.59 🔗 우리 도메인: tox-multiomics, antibody-topdown

핵심발견: 리툭시맙을 모델로 한 정제된 대칭/비대칭 당 사본 변이체 분석 결과, FcγRIIIa 결합 및 ADCC 효능은 단일 비푸코실화만으로 최대화되며, 갈락토실화는 FcγRIIIb 등에서 제한적이고 맥락 의존적인 효과를 보였다. 방법·데이터: 정제된 리툭시맙 대칭/비대칭 Fc 당 사본 변이체(제어 화학효소적 재구성 및 정제 생성), 표면 플라즈몬 공명(SPR)을 이용한 인간 FcγR(FcγRI, FcγRIIa-H131/R131, FcγRIIIa, FcγRIIIb) 결합 분석, 세포 기반 ADCC 리포터 유전자 검정. 검증필요: FcγRIIa-H131이 갈락토실화에, FcγRIIa-R131이 비푸코실화에 의해 주로 조절된다는 알로타입 특이적 결합 차이의 재현성 및 정량적 타당성.

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): ⚠️하이프-언어(과장 소지)

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

단클론 항체(mAbs)는 항원 결합 및 Fc 수용체(FcRs) 또는 보체 시스템과의 상호작용을 통해 치료적 활성을 매개할 수 있다. FcRs는 면역 세포에 발현되며 항체 의존성 세포 매개 세포독성(ADCC) 및 항체 의존성 세포 매개 식균작용과 같은 효과기 기능을 개시할 수 있다. 면역글로불린 G(IgG)의 보존된 Fc N-글리칸은 N297에서 Fc-FcγR 상호작용의 강도와 안정성 및 결과적인 효과기 반응을 조절한다. 기존 분석은 일반적으로 개별 글리칸을 고립된 상태로 고려하며, 각 Fc 부분이 대칭적으로 또는 비대칭적으로 짝을 이룰 수 있는 두 개의 N-글리칸을 운반한다는 사실을 간과한다. IgG Fc 영역을 대상으로 한 최근 연구들은 글리칸 짝짓기가 Fc-FcR 상호작용을 상당히 형성할 수 있음을 보여주었다. 본 연구에서는 리툭시맙을 모델로 사용하여 완전한 길이의 IgG에서 글리칸 짝짓기의 영향을 평가하였다. 통제된 화학효소적 재구성 및 정제를 통해 순수하고 균일한 대칭 및 비대칭 Fc 글리칸 짝 변이체들을 생성하였다. 광범위한 인간 FcγR 패널에 걸친 표면 플라즈몬 공명 결합 연구는 수용체 및 알로타입 특이적 효과를 드러냈다: FcγRI 결합은 본질적으로 영향을 받지 않았으며, FcγRIIa는 알로타입 의존성을 보였는데, FcγRIIa-H131은 주로 갈락토실화에 의해 조절되었고 FcγRIIa-R131은 무푸코실화에 의해 조절되었다. 반면 FcγRIIIa는 최대 결합에 도달하기 위해 무푸코실화 한 번만 필요로 했다. 갈락토실화는 작고 수용체 의존적인 영향을 미쳤으며, 이는 FcγRIIIb에서 가장 두드러졌다. 고만노스 종은 FcγRI 및 FcγRII에 대한 결합을 감소시켰으나, 무푸코실화된 복합형보다 낮지만 완전한 푸코실화 변이체보다는 높은 중간 친화도를 FcγRIIIa에 대해 나타냈다. 생물학적 관련성을 평가하기 위해 세포 기반 ADCC 보고자 유전자 검사는 무푸코실화 한 번이 ADCC 효능 증가를 유도하기에 충분하며, 갈락토실화와 고만노스는 작거나 문맥 의존적인 효과만 기여함을 확인하였다. 종합하면, 이러한 발견들은 글리칸 짝짓기를 치료용 항체의 중요한 품질 속성으로 확립하며, Fc N-글리칸의 중요성에 대한 정밀한 평가 및 정의된 효과기 기능 프로필을 가진 mAbs를 설계하기 위한 틀을 제공한다.

[DAR] An intrinsically hydrophilic linker enables a stable, high-DAR exatecan-based HER2 ADC with potent antitumor activity.

2026-06-10 · European journal of medicinal chemistry · 10.1016/j.ejmech.2026.119054 · rel=0.562 🔗 우리 도메인: tox-multiomics, antibody-topdown

핵심발견: 친수성 링커(SMP-70067-L)를 활용한 고DAR(7.92) HER2 ADC(SMP-70067-X)가 DS-8201a 대비 낮은 응집도와 HER2-중등도/저발현 xenograft 모델에서 향상된 항종양 효능을 보임 방법·데이터: ADC 설계 및 평가(HER2-중등도/저발현 xenograft 모델 비교). 초록 미기재 검증필요: SMP-70067-X가 DS-8201a 대비 HER2-중등도 및 저발현 xenograft 모델에서 통계적으로 유의미하게 향상된 항종양 효능을 보이는지

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항체-약물 접합체(ADC)는 단클론 항체의 표적 특이성과 소분자 약물의 강력한 세포독성을 결합한다. 그러나 강력한 토포이소머라제 I 억제제인 엑스테칸(Exatecan)을 사용한 ADC 개발은 그 소수성으로 인해 응집, 빠른 제거 및 표적 외 독성이라는 과제를 안고 있다. 본 연구에서는 높은 약물-항체 비율(DAR 7.92)을 가진 균일한 엑스테칸 기반 HER2 표적 ADC(SMP-70067-X)를 구축할 수 있는 본질적으로 친수성 약물-연결체 플랫폼(SMP-70067-L)의 설계를 보고한다. PEG 또는 폴리사르코신 사슬 없이 친수성 자가소멸 스페이서를 통해 높은 DAR을 달성하는 트라스투주맙 데룩스테칸(DS-8201a)과 유사하게, SMP-70067-L은 글루탐산 잔기와 변형된 방향족 자가소멸 스페이서를 포함하는 최소한의 친수성 요소를 통합하여 친수성, 안정성 및 효율적인 페이로드 방출을 균형 있게 맞춘다. 결과적으로 얻어진 ADC는 HER2 중등도 및 HER2 저발현 이식편 모델에서 DS-8201a에 비해 낮은 응집( 50 값)과 현저히 향상된 항종양 효능을 나타낸다. 이러한 결과는 소수성 토포이소머라제 I 억제제 기반 ADC의 치료 창을 확장하기 위해 합리적 연결체 공학이 중요한 역할을 함을 강조한다.

[ADC] Targeting IL-7Rα with PNU-159682 antibody-drug conjugates in acute lymphoblastic leukemia: translational implications.

2026-04-27 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2663639 · rel=0.56 🔗 우리 도메인: antibody-topdown

핵심발견: IL-7Rα 표적 항체-약물 접합체(577-PNU)는 MMAE 접합체 대비 50배 이상 강력한 항종양 효과를 보였으며, 예방 및 치료 모델 모두에서 중추신경계(CNS) 백혈병 침윤을 현저히 감소시키고 관해(remission)를 유도하는 전임상 효능을 입증함. 방법·데이터: 오믹스 미기재, 코호트 미기재, 공개데이터셋명 미기재 검증필요: 577-PNU가 예방 및 확립된 CNS 질병 모델에서 관해(remission)를 유도한다는 전임상 데이터의 재현성 및 CNS 침투 메커니즘에 대한 추가 검증

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

재발성 급성 림프모구 백혈병(ALL), 특히 중추신경계(CNS) 침범을 동반한 경우, 기존 미세소관 억제제(tubulin inhibitors)를 함유한 항체-약물 접합체(ADCs)로는 불충분하게 통제되며 치료 실패의 주요 원인으로 남아 있다. 이러한 한계를 해결하기 위해 우리는 IL-7Rα 표적화 단클론 항체를 개발하고 클론 577을 선도 후보물질로 확인하였다. 이 항체를 사용하여 우리는 단일 메틸 아우리스타틴 E(MMAE) 또는 고강도 DNA 손상성 화물인 PNU-159682(PNU)와 접합된 ADCs를 생성하였다. 직접 비교 시험에서 577-PNU는 체외(in vitro)에서 577-MMAE보다 50배 이상 높은 효능을 보였으며, 20배 낮은 용량에서 이식편(xenografts)에서 완전한 종양 퇴행을 유도하였다. 또한 577-PNU는 예방적 및 확립된 생쥐 CNS 질병 모델 모두에서 지속적인 전신 질환 통제를 제공하며 뇌와 척수에서의 백혈병 침윤을 현저히 감소시켜, 효과적인 CNS 침투에 대한 직접적인 증거를 제시하였다. 안전성 평가는 안정적인 체중, 정상적인 혈액학적 및 혈청 생화학 지표, 그리고 치료 관련 병리 소견의 부재를 보여주었다. 종합하면, 이러한 소견들은 DNA 표적화 화물인 PNU-159682를 탑재한 IL-7Rα 지향성 ADCs가 허용 가능한 용량에서 전신 및 CNS 백혈병의 지속적 제거를 달성할 수 있다는 최초의 전임상적 증거를 제공하며, 임상적 실행 가능성과 CNS 질환 통제를 입증하고, 재발성 및 난치성 ALL에서의 전임상 및 임상 개발을 위한 설득력 있는 근거를 확립한다.

[ELISA] Development of a novel electrochemical impedance spectroscopy-based biosensor for bone formation-resorption biomarker determination in body fluids.

2026-07-04 · Bioelectrochemistry (Amsterdam, Netherlands) · 10.1016/j.bioelechem.2026.109371 · rel=0.554 🔗 우리 도메인: antibody-topdown

핵심발견: PINP 및 β-CTX용 전기화학적 임피던스 바이오센서를 개발하여 인공 혈장, 타액, 소변에서 ELISA 및 ECLIA 대비 높은 상관관계(r ≥ 0.9977)와 적절한 회수율(84~105.6%)을 보임. 방법·데이터: 전기화학적 임피던스 분광법(EIS) 기반 바이오센서 개발; 인공 혈장, 타액, 소변 시료 사용; ELISA 및 ECLIA 비교 검증. 검증필요: 인공 혈장, 타액, 소변 등 다양한 매체에서의 분석 성능과 기존 표준 방법(ELISA/ECLIA) 간의 상관관계(r ≥ 0.9977) 및 회수율 데이터의 재현성.

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

배경 본 연구의 목적은 두 가지 주요 골전환 바이오마커인 Procollagen Type I N-Terminal Propeptide (PINP)와 β-C-Terminal Telopeptide (β-CTX)의 개별 모니터링을 위한 민감하고 선택적이며 비용 효율적인 전기화학적 임피던스 바이오센서를 개발하는 것이었다. 재료 및 방법 금 (Au) 전극을 3-mercaptopropionic acid (3-MPA)로 수정하여 자가 조립 단분자층 (SAM)을 형성하였다. PINP 및 β-CTX에 특이적인 단클론 항체를 EDC/NHS 화학을 통해 공유결합으로 고정하였다. 각 고정 단계는 전기화학적 임피던스 분광법 (EIS) 및 순환 전압전류법 (CV)으로 특성화하였다. 바이오센서의 성능은 인공 혈청, 타액 및 소변에서 평가되었으며, ELISA 및 ECLIA 기준 방법과 비교되었다. 결과 최적화된 조건 하에서 β-CTX 바이오센서는 10-60 pg mL -1 의 선형 검출 범위 (LOD: 2.9 pg mL -1 )를, PINP 바이오센서는 10-60 ng mL -1 의 범위 (LOD: 3.4 ng mL -1 )를 보였다. 회수 값은 84%에서 105.6% 범위였다. ELISA 및 ECLIA와 강한 상관관계가 관찰되었다 (r ≥ 0.9977; p < 0.001). 결론 개발된 바이오센서 시스템은 혈청 및 비침습적 체액 (타액 및 소변)에서 PINP 및 β-CTX를 결정할 수 있으며, 대사성 골질환 모니터링을 위한 기존 방법 대비 저비용이고 신속한 대안을 제공한다.

[프로테오지노믹스] Multiomics combined with machine learning defines unique molecular subtypes of cholangiocarcinoma and identifies TNK1 as a therapeutic target.

2025-09-29 · Hepatology (Baltimore, Md.) · 10.1097/hep.0000000000001535 · rel=0.53 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: 전장 엑솜, mRNA, 단백질/인산단백질 프로파일링과 머신러닝을 통해 CCA의 3개 분자 군집(면역조절, 대사, 유전자조절/세포 운명)을 정의했으며, 대사 군집에서 TNK1이 치료 표적으로 확인되어 TP-5801 투여 시 종양 성장이 억제되었다. 방법·데이터: 전장 엑솜 시퀀싱, mRNA 시퀀싱, 단백질체/인산단백질체 분석. 공개 데이터셋명 미기재. 검증필요: TNK1 억제제 TP-5801의 대사 군집 PDX 모델에서의 항종양 효과 및 면역조절 군집의 gemcitabine/cisplatin 반응성에 대한 외부 검증 데이터의 구체적 출처 및 재현성.

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

배경 및 목적 담관암(CCA)은 분자적 이질성과 치료 저항성을 특징으로 하는 가장 치명적인 암 중 하나이다. 새로운 생물학적 신호와 치료 기회를 규명하기 위해 우리는 머신러닝과 결합된 다오믹스(multiomic) 특성 분석을 활용하였다. 접근법 및 결과 우리는 전장 엑솜 시퀀싱, mRNA 시퀀싱, 그리고 프로테오믹스/인산프로테오믹스 분석을 사용하여 모든 해부학적 CCA 아형을 프로파일링하였다. 통합 차원 축소 분석은 종양 이질성을 주도하는 RNA, 단백질 및 인산단백질 특성을 밝혀내어 클러스터링을 가능하게 하였다. 머신러닝 알고리즘은 각 클러스터의 분자 특성을 식별하고 외부 데이터셋 및 환자 유래 이식 모델(PDX)을 이러한 클러스터에 매핑하였다. 키나아제 풍부화 분석은 각 클러스터에서 활성인 표적화 가능한 키나아제를 강조하였다. 클러스터 특이적 PDX 모델에서 선택적 TNK1 억제제인 TP-5801을 사용하여 체내 검증이 수행되었다. 우리는 서로 다른 경로 특성을 가진 3개의 분자 클러스터를 식별하였다: 면역조절(클러스터 1), 대사(클러스터 2), 그리고 유전자 조절/세포 운명(클러스터 3). 클러스터 할당은 해부학적 아형에는 독립적이었지만, 치료 목적의 절제술 후 전체 생존율과 상관관계를 보였다. 또한 우리는 환자 치료 선택에 중요한 전체 생존율 및 림프절 전이와 연관된 다오믹스 특성과 경로를 식별하였다. 키나아제 풍부화 분석은 대사 클러스터에서 TNK1이 매우 활성인 키나아제임을 지목하였다. TP-5801로 치료한 결과, 대사 PDX 모델에서는 종양 성장이 현저히 감소하였으나, 다른 클러스터를 대표하는 모델에서는 감소하지 않았다. 내부 데이터와 공개적으로 이용 가능한 데이터셋을 결합하여, 우리는 면역조절 클러스터가 gemcitabine/cisplatin 치료에 가장 민감함을 식별하였으며, 이는 클러스터 특이적 PDX 모델을 사용하여 체내에서 확인되었다. 결론 통합된 다오믹스 특성 분석은 치료 반응과 전체 임상 결과 모두와 연관된 고유한 분자 아형을 정의함으로써 전임상적 통찰력을 제공한다. 이 접근법은 TNK1을 정의된 하위 집단의 CCA 종양에서 이전에 인식되지 않은 치료 표적으로 식별하였다.

2026-07-20 · Acta parasitologica · 10.1007/s11686-026-01352-8 · rel=0.524 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: 공개 고해상도 프로테오믹스 데이터를 활용한 프로테오제노믹스 분석을 통해 41개의 신규 단백질 코딩 유전자를 동정하고 18개 유전자의 주석을 정정하여 Entamoeba histolytica의 코딩 레퍼토리를 확장하였다. 방법·데이터: 프로테오믹스, Entamoeba histolytica HM-1:IMSS trophozoites, 공개 프로테오믹스 데이터셋 검증필요: 480개의 GSSPs 중 41개 신규 유전자 및 18개 정정 유전자의 동정 정확도와 생물학적 기능적 타당성

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

목적 Entamoeba histolytica는 아메바증 또는 아메바성 이질(Colitis)의 원인체로, 위생 시설이 불충분한 지역에서 특히 심각한 글로벌 보건 부담으로 남아 있다. 참조 유전체(Reference genome)가 이용 가능함에도 불구하고, 예측된 유전자(Gene)의 상당 부분은 가설적 단백질(Hypothetical protein)로 주석(Annotation)되거나 실험적 검증이 누락되어 있다. 자동화 유전자 예측 파이프라인(Gene prediction pipeline)의 한계와 기생충의 높은 AT 함량 및 반복 서열이 많은 유전체(Genome) 구조로 인해 수많은 코딩 영역(Coding region)이 해결되지 못했으며, 이는 유전체 주석을 정교화하기 위한 실험적 접근법의 필요성을 강조한다. 방법 우리는 E. histolytica HM-1:IMSS 영양체(Trophozoite)에서 공개된 고해상도 단백질체학(Proteomic) 데이터셋을 커스텀 6프레임 번역 유전체 데이터베이스와 비교 검색함으로써 포괄적인 단백질체유전체학(Proteogenomic) 분석을 수행했다. 단백질체 데이터는 Proteome Discoverer 스위트(Suite)를 사용하여 1% 위양성 발견률(False discovery rate)로 검색되었다. 결과 데이터베이스 의존적 검색 동안 많은 고유 펩타이드(Peptide)가 동정되었으며, 이 중 480개의 펩타이드는 참조 단백질 데이터베이스(Protein database)에 매핑되지 않아 게놈 검색 특이 펩타이드(Genome search-specific peptides, GSSPs)로 명명되었다. 이러한 GSSPs를 유전체에 매핑함으로써 41개의 새로운 단백질 코딩 유전자(Protein-coding gene)를 동정하고 18개의 현재 주석된 유전자의 주석을 수정했다. 보존 도메인(Conserved domain) 분석은 TLDc 도메인(TLDc domain)을 포함하는 단백질과 로뱀보이드 펩티다아제(Rhomboid peptidase) 계열 단백질 등 식별 가능한 기능적 도메인을 보유한 새로운 단백질이 78%임을 보여주었다. 비교 분석은 관련 Entamoeba 종(Species) 전반에 걸쳐 보존된 직교 유전자(Ortholog)를 확인했다. 결론 본 연구는 펩타이드 수준의 증거를 유전체 데이터와 통합하는 단백질체유전체학(Proteogenomic) 접근법이 E. histolytica의 유전체 주석을 크게 개선하고 알려진 코딩 영역(Coding repertoire)을 확장하며, 기생충 생물학(Biology)과 독성 메커니즘(Virulence mechanism) 이해에 함의를 지닌 이전에 특징이 규명되지 않은 영역에 대한 기능적 통찰력을 제공한다는 것을 입증한 첫 번째 연구이다.

[프로테오지노믹스] Integrated Proteogenomics and Single-Cell Transcriptomics Prioritize Putative Protective Plasma Proteins for Hidradenitis Suppurativa.

2026-07-01 · Experimental dermatology · 10.1111/exd.70332 · rel=0.516 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: UK Biobank Pharma Proteomics Project의 cis-pQTL을 활용한 두-표본 멘델리안 무작위화 분석 결과, TNFRSF6B, FCRL2, APOD가 화농성 한선염(HS) 위험에 대해 유전적으로 예측된 보호적 인과관계를 보였으며, 단일세포 전사체 분석을 통해 FCRL2와 APOD의 발현 위치가 확인되었다. 방법·데이터: cis-pQTL(단백질체학), 단일세포 전사체학; UK Biobank Pharma Proteomics Project(노출), FinnGen R12(결과) 검증필요: 제시된 세 단백질(TNFRSF6B, FCRL2, APOD)에 대한 MR 분석에서 사용된 도구변수들의 F-통계량이 10 이상인지, 그리고 MR-Egger intercept 검정을 통해 수평 다면발현이 없는지 확인 필요.

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

화농성 한선염(HS)의 유전적 감수성을 실행 가능한 표적으로 전환하는 것은 대부분의 전장 유전체 연관 분석(GWAS) 위치가 비코딩 영역에 위치하고 조직 수준의 전사체학이 인과적 원동력을 2차 염증과 쉽게 구분할 수 없기 때문에 여전히 어렵다. 본 연구에서는 유전적으로 예측된 수치가 HS 위험과 인과적으로 연관된 혈장 단백질을 우선순위화하고, 이를 단일 세포 해상도에서 인간 피부 내로 국소화하는 것을 목표로 하였다. 우리는 영국 바이오뱅크(UK Biobank) 약리 프로테오믹스 프로젝트(Pharma Proteomics Project)의 2923개 혈장 단백질에 대한 cis-pQTL 도구를 사용하여 핀젠(FinnGen R12)의 HS 요약 통계량에 대한 두 표본 멘델 무작위화(MR)를 수행하였다. 다중 검정 보정 및 사전 민감도 그리드(prior-sensitivity grid)를 사용한 베이지안 공동 위치 결정(colocalization) 후, 거짓 발견율(FDR) 유의성 MR과 공동 위치 결정 증거(PP.H4 ≥ 0.5)의 교집합은 세 가지 잠재적 보호 후보군을 도출하였다: TNFRSF6B(OR = 0.748, 95% CI 0.666-0.840; PP.H4 = 0.648), FCRL2(OR = 0.896, 95% CI 0.819-0.979; PP.H4 = 0.550), 그리고 APOD(OR = 0.789, 95% CI 0.647-0.963; PP.H4 = 0.503). 모든 민감도 MR 검정은 일치하였다. 단일 세포 전사체 분석은 FCRL2와 APOD를 특정 세포 군집으로 국소화하였다. FCRL2는 주로 B 세포와 NK 세포에서 발현된 반면, APOD는 각질화된 각질형성세포, 대식세포 및 수지상 세포 전반에 걸쳐 다세포성 발현을 보였다. 또한 TNFRSF6B는 피부 감지 임계값 아래에 있어, 순환성 허수자 수용체(decoy receptor)로서의 생물학적 역할을 지지하였다. 종합하여, 우리의 통합 프로테오게놈 및 단일 세포 접근법은 TNFRSF6B, FCRL2 및 APOD를 HS에 대한 잠재적 보호 혈장 단백질로 우선순위화하며, TNFRSF6B는 향후 전환적 후속 연구를 위한 가장 유전적으로 견고한 후보군으로 부상하였다.

[PTM] Ovalbumin oxidative modification fingerprints depend on gas plasma-driven reactive species profiles.

2026-06-17 · Redox report : communications in free radical research · 10.1080/13510002.2026.2688623 · rel=0.51 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: 아르곤 가스 플라즈마의 분자 기체 첨가물 변형을 통해 12가지 상이한 활성종 프로파일을 생성하고, 고해상도 질량분석법을 통해 오벌부민에서 80종 이상의 산화 변이를 아미노산 수준으로 매핑하여, 원자산소와 과산화수소가 단백질 산화에 주요 관여하며 기체 조성에 따른 아미노산별 산화 핫스팟(Trp149, Met274 등)이 결정됨을 규명함. 방법·데이터: 고해상도 질량분석법(High-resolution mass spectrometry), 광방출 분광법(OES), 광도계를 이용한 장수명 종(과산화수소, 아질산염, 질산염) 정량. 오벌부민 모델 단백질 사용, 아르곤에 물/에탄올/산소/질소 첨가하여 생성된 12종 플라즈마 조건. 공개데이터셋명: 초록 미기재 검증필요: 광방출 분광법(OES) 및 광도계 정량으로 측정된 활성종(ROS/RNS) 프로파일과 질량분석법으로 관측된 오벌부민 산화 변이 패턴 간의 상관관계 분석이 인과관계를 충분히 입증하는지, 특히 원자산소와 과산화수소의 주요 관여 주장이 다른 종의 간섭 없이 명확히 분리되어 검증되었는지 확인 필요. 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 초록에 제시된 OR(오즈비) 또는 효과크기 관련 통계치 없음. 그러나 '원자산소와 과산화수소의 주요 관여' 주장이 OES 및 광도계 데이터와의 상관분석에 기반하고 있으나, 질량분석 데이터의 정량적 신뢰도(예: 변이체 검출 한계, 정량 정확도)나 다중 비교 보정 여부에 대한 언급이 없어, 특정 아미노산(Trp149, Met274)이 '핫스팟'으로 특정된 것이 통계적 유의성 또는 생물학적 재현성을 충분히 반영한 것인지에 대한 방법론적 투명성이 부족함. (단, 초록에 OR/효과크기 수치가 명시되지 않아 F-03 또는 검수반영 #3의 특정 기준 적용은 불가하나, 상관분석의 강도와 인과 추론의 타

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

목적 산화적 단백질 변형은 여러 질환과 연관되어 있으나, 변형의 다양성과 다양성은 덜 연구되었다. 방법 우리는 다양한 활성 종의 강력한 공급원인 기체 플라즈마 기술을 사용하여 닭 알 단백질인 오벌부민을 대상으로 단백질 산화를 수행하였다. 고해상도 질량 분석법과 자체 개발 워크플로우를 사용하여 80종 이상의 상이한 산화적 단백질 변형을 아미노산 단위 해상도로 매핑하였다. 변형 프로파일이 활성 종의 종류와 농도 변화에 어떻게 의존하는지 검토하기 위해, 분자 기체 첨가물(물, 에탄올, 산소 및 질소)을 체계적으로 변화시켜 12종의 상이한 아르곤 기체 플라즈마를 생성하였다. 결과 기체 플라즈마 조건을 프로파일링하기 위해 광학 방출 분광법(OES)과 침착된 장수명 종(과산화수소, 아질산염 및 질산염)의 광도계 측정을 적용하였으며, 이는 활성 산소종/질소종(ROS/RNS) 지문에 대한 첨가물 의존적 영향을 드러냈다. 질량 분석법 데이터와의 상관관계 분석은 원자 상태 산소와 과산화수소의 단백질 산화에서의 중요한 관여를 드러냈다. 정의된 기체 플라즈마 조성으로 생성된 특정 활성 종의 풍부화는 아미노산 단위로 해결된 특정 오벌부민 산화 프로파일을 생성하였다. 건조 아르곤 기체의 경우 Trp149, 하이드록실 라디칼이 풍부한 습윤 아르곤 기체의 경우 Met274와 같은 공급 기체 의존적 산화 핫스팟이 확인되었다. 논의 본 연구는 오벌부민을 모델 시스템으로 사용하여 동적 활성 종 환경과 단백질 산화 프로파일 사이의 복잡한 관계를 규명한 최초의 연구이다.

[DAR] Programmed death 1 antibody drug conjugates (PD 1 ADCs): Innovations in overcoming resistance and enhancing immune mediated antitumor activity.

2026-06-11 · Translational oncology · 10.1016/j.tranon.2026.102830 · rel=0.501 🔗 우리 도메인: tox-multiomics, antibody-topdown

핵심발견: PD-1 항원 발현 종양 미세환경 세포를 표적하여 세포독성 약물을 전달함으로써 종양 세포 사멸을 유도하고 T 세포 고갈을 회복하며 면역억제 세포를 제거하는 이중 기전을 통해 기존 PD-1 억제제의 내성 문제를 극복하고 항종양 면역을 증강한다. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 종양 미세환경 내 PD-1 발현 이질성(tumor antigen heterogeneity)이 PD-1 ADC의 표적 효율 및 임상적 효능에 미치는 구체적인 영향과 내성 기전 개발의 상관관계

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프로그래밍된 사멸-1(PD-1) 항체-약물 접합체(ADCs)는 세포독성 약물 표적 전달을 통합하는 새로운 세대의 면역 체크포인트 차단제이다. 이러한 ADCs의 목표는 PD-1을 발현하는 종양 미세환경 내 세포를 선택적으로 표적하여 종양 세포를 사멸시키고, T 세포 고갈을 회복하며, 면역억제 세포를 파괴하는 것이다. PD-1 ADCs는 특정 암에서 내성이 발생할 수 있는 기존 PD-1 억제제의 단점을 이원적 기전을 활용하여 해결하는 것을 목표로 한다. 이 방법은 또한 면역 효과 세포의 활성화와 확장을 자극함으로써 항종양 면역을 증강하는 데에도 사용될 수 있다. 유망한 전임상 및 초기 임상 결과를에도 불구하고, 종양 항원의 이질성, 내성 기전의 발달, 그리고 ADC 링커의 불안정성을 포함하여 PD-1 ADCs 개발 과정에서 여전히 여러 과제가 남아 있다. 현재 연구들은 ADC 엔지니어링 개선, 세포독성 페이로이드 최적화, 그리고 병용 요법 조사를 통해 이러한 과제들을 극복하려고 노력하고 있다. 종양 세포에 직접 강력한 세포독성 약물을 전달하고 면역을 특이적으로 조절할 수 있는 능력을 갖춘 PD-1 ADCs는 가치 있는 치료 방식을 제공할 잠재력을 지니고 있다. 이는 특히 전통적인 치료법에 내성을 보이는 암에서 임상 결과에 유익할 것이며, 이는 암 면역요법에서 큰 진전을 의미한다.

[신경과학·뇌질환] Beyond the gut: the multisite microbiota and its emerging role in brain health.

2026-07-09 · Gut microbes · 10.1080/19490976.2026.2702091 · rel=0.5 🔗 우리 도메인: neurodegeneration

핵심발견: 구강, 피부, 비강, 호흡기, 생식기 등 비장내 미생물군이 면역 신호, 대사산물, 장벽 무결성 및 신경 경로를 통해 뇌 건강과 신경염증, 신경퇴행성 질환에 영향을 미칠 수 있으며, 기존 장-뇌 축 중심의 틀을 넘어 다부위 통합적 접근이 필요함을 제시함 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: 비장내 미생물군과 뇌 건강 간의 인과관계가 아직 입증되지 않았으며 기전적 통찰이 제한적이라는 주장

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): 📄리뷰/perspective(1차연구 아님 — 근거강도 주의)

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인간 미생물군은 장, 구강, 피부, 호흡기 및 비뇨생식계를 서식지로 하는 다양한 미생물 군집을 포괄하며, 각각은 숙주 생리학과 건강에 고유하게 기여한다. 장-뇌 축을 통한 뇌 발달 및 행동 연구에서 장 미생물군은 광범위하게 연구되어 왔으나, 최근 증거는 장 외 미생물 생태계도 신경면역 과정 및 신경학적 결과에 영향을 미친다는 점을 강조한다. 그러나 장 외 미생물군-뇌 상호작용을 지지하는 증거는 이질적이며 종종 간접적이며, 인과 관계는 대부분 입증되지 않았다. 구강, 피부, 비강, 호흡기 및 비뇨생식계 미생물군이 면역 신호 전달, 미생물 대사산물, 장벽 무결성 및 심지어 직접적인 신경 경로를 통해 뇌 건강에 영향을 미친다는 생물학적 타당성이 점차 높아지고 있다. 이러한 증거는 인간 관찰 및 역학 연구의 조합에서 도출되었으며, 동물 모델 및 in vitro 시스템의 기전적 통찰력으로 보완된다. 이러한 부위의 미생물 불균형은 신경염증, 신경발달 변화 및 신경퇴행성 질환과 연관되어 있으나, 기전적 통찰은 여전히 제한적이다. 또한, 서로 다른 미생물 생태계 간의 교신은 신경학적 효과를 증폭시키거나 완화시킬 수 있어, 통합적, 다중 부위 및 다중 오믹스 접근법의 필요성을 시사한다. 여러 신체 부위에 걸쳐 증거를 비판적으로 종합함으로써, 이 미니 리뷰는 개념적 격차와 장 중심의 틀을 넘어 미생물군-뇌 통신에 대한 통합적, 다중 부위 조사의 필요성을 강조한다.

[DAR] Antibodies to watch in 2026. 🔁멀티도메인구제

2026-01-21 · mAbs · 10.1080/19420862.2026.2614669 · rel=0.495 🔗 우리 도메인: antibody-topdown

핵심발견: 2025년 첫 시장 승인된 항체 치료제 19종과 규제 검토 중인 26종을 요약하며, 현재 후기 임상 단계에 있는 209종 중 2026년 말까지 규제 검토로 전환될 가능성이 있는 21종을 예측함. 방법·데이터: 2010년부터 2025년까지의 항체 치료제 임상 개발 파이프라인, 규제 검토 현황, 시장 승인 데이터 및 국가별 기원별 분석. 검증필요: 중국산 항체 치료제의 평균 개발 및 승인 기간이 타 국가산보다 짧다는 주장의 근거와 통계적 유의성.

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관찰해야 할 항체 시리즈는 항체 치료제의 상업적 후기 임상 개발, 규제 검토 및 마케팅 승인에 대한 연례 업데이트를 제공한다. 2010년 첫 번째 기고가 게재된 이후, 후기 단계 파이프라인은 26개의 항체 치료제에서 200개 이상으로 성장했으며, 동일한 기간 동안 후기 단계 연구에 있는 수많은 분자들이 규제 검토로 전환되어 승인되었거나 중단되었다. 이번 시리즈 installment에서, 우리는 2025년에 처음 마케팅 승인을 받은 19개의 항체 치료제를 되돌아보고, 이중특이성 항체-약물 접합체 izalontamab brengitecan을 포함한 현재 규제 검토 중인 26개의 분자에 대해 논의하며, 상업적 후기 단계 파이프라인에 있는 209개 분자 중 2026년 말까지 규제 검토로 전환될 가능성이 있는 분자들을 예측한다. 후자 범주의 대부분의 항체 치료제는 비암 질환(16/21, 76%)을 대상으로 하며 전통적인 형식(13/21, 62%)을 가지고 있지만, 이 범주에는 delpacibart etedesiran, delpacibart zotadirsen, zeleciment rostudirsen, sonesitatug vedotin, trastuzumab pamirtecan, ifinatamab deruxtecan과 같은 항체-올리고 또는 -약물 접합체뿐만 아니라 이중특이성 petosemtamab도 포함된다. 항체 치료제 개발이 글로벌 기업 활동이므로, 우리는 또한 2010년 이후 어느 나라에서든 항체 치료제에 부여된 첫 번째 마케팅 승인의 추세를 항체의 기원 국가별로 분석하여, 총 첫 번째 승인 수와 중국에서 처음 승인된 수의 주목할 만한 증가를 문서화한다. 마지막으로, 임상 개발 및 규제 검토에 일반적으로 필요한 시간을 벤치마킹하기 위해, 최근 승인된 항체 치료제 제품의 치료 영역, 작용 기전, 형식 및 기원 국가별로 분류하여 이 기간을 계산했다. 우리의 데이터는 개발 및 승인 기간이 일반적으로 약 6년이었지만, 평균적으로 중국산 제품의 경우 이 기간이 더 짧았음을 보여준다.

[프로테오믹스] Dysregulated proteins in plasma distinguishing Loeys-Dietz syndrome from other heritable thoracic aortic disease - an explorative study. 🔁멀티도메인구제

2026-07-18 · Scandinavian cardiovascular journal : SCJ · 10.1080/14017431.2026.2699504 · rel=0.489 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: LDS 환자에서 Oncostatin M, Pentraxin 3, TNFRSF9, GNLY, CD5, Vasorin, GP1BA의 혈장 단백질 수치가 대조군 대비 유의하게 높았으며, 이는 Th17 및 혈소판 관련 기전과 연관됨. 방법·데이터: 표적 프로테오믹스(Immunoaffinity proteomics, 276 단백질), LDS(n=8), MFS(n=11), ACTA2 변이 TAA(n=7), 건강 대조군(n=16), 공개데이터셋명 미기재 검증필요: LDS와 다른 HTAD 아형(MFS, ACTA2)을 구별하는 단백질 패널의 진단적 정확도 및 임상적 유용성 검증

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목적: 흉부 대동맥류(TAAs)는 종종 젊은 개인에서 발견되며, 약 20%가 유전성 흉부 대동맥 질환(HTAD)과 관련될 수 있다. HTAD에서 염증과 세포외 기질 재형성을 반영하는 유전체 바이오마커에 관한 일부 데이터가 존재한다. 그러나 해당 단백질 변화를 정확하게 반영하는 데이터는 부족하다. 우리의 목표는 HTAD 환자 versus 건강한 대조군에서 표적 단백체학을 사용하여 단백질을 정량화함으로써 근본적인 병리생리학을 더 잘 이해하는 것이었다. 방법: 로이스-디에츠 증후군(LDS, n = 8), 마르판 증후군(MFS, n = 11), 그리고 가족성 TAA 6, 즉 액틴 알파 2(ACTA2, n = 7)의 병인성 변이를 가진 환자들이 외래 클리닉에서 모집되었다. 비교를 위해 16명의 건강한 대조군으로부터 혈액 샘플이 채취되었다. 276개 단백질의 표적 단백체 분석을 위해 면역친화성 단백체학을 사용하여 혈장 샘플을 분석하였다. 결과: 온코스타틴 M과 펜타릭신 3 수치는 일반적으로 HTAD 환자에서 더 높은 것으로 나타났으나, 여러 교란변수를 보정 후, 건강한 대조군과 비교하여 LDS 환자에서만 이러한 마커들 및 TNF 수용체 슈퍼패밀리 구성원 9(TNFRSF9), 그란눌리신(GNLY), CD5, 바소린, 글리코단백질 1b-α(GP1BA)의 유의하게 높은 수치가 관찰되었다. TNFRSF9, GNLY, GP1BA 및 CD5의 수치는 Th17 및 혈소판 수와 양의 상관관계를 보였다. 결론: 이 탐색 연구는 LDS가 TAA 진행 과정에서 Th17 및 혈소판 관련 기전의 관여를 반영할 수 있는 HTAD 환자의 특정 염증성 하위 집단을 나타낼 수 있음을 시사한다. 식별된 단백질들을 이러한 환자들에서 바이오마커로 사용할 수 있는지 평가하기 위해 더 큰 규모의 연구가 필요하다.

[신경과학·뇌질환] Therapeutic frontiers in ALS: iPSC-based drug discovery, cell therapy, and gene therapy-Advances through 2026. 🔁멀티도메인구제

2026-06-15 · Regenerative therapy · 10.1016/j.reth.2026.101150 · rel=0.482 🔗 우리 도메인: neurodegeneration

핵심발견: 2020~2026년 사이 ALS 치료 파이프라인이 iPSC 기반 약물 발견, 세포 이식, 유전자 치료를 통해 확장되었으며, tofersen의 FDA 승인, iPSC 유래 후보약물의 초기 임상 완료, RNAi 및 AAV 기반 유전자 침묵 기술의 첫 인간 임상 진입, 그리고 TDP-43 기능 이상 하류 표적인 STMN2를 표적한 sporadic ALS 치료 후보약물의 타겟 관여 증거 확인이 보고되었다. 방법·데이터: 초록 미기재 검증필요: sporadic ALS(전체 사례의 약 90%) 치료를 위한 STMN2 표적 유전자 치료제(QRL-201)의 타겟 관여(target engagement)를 지지하는 회사 발표 중간 데이터의 과학적 타당성 및 독립적 검증 여부

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): 📄리뷰/perspective(1차연구 아님 — 근거강도 주의)

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

세 가지 수렴하는 치료 패러다임—iPSC 기반 약물 발견, 세포 이식, 그리고 유전자 치료—은 2020년부터 2026년 사이 근위축성 측삭 경화증(amyotrophic lateral sclerosis, ALS)의 치료 파이프라인을 크게 확장시켰다. 2023년 4월 FDA의 tofersen(Qalsody) 가속 승인 ALS의 유전적 원인을 표적으로 하는 첫 번째 치료를 표시했다. ropinirole과 bosutinib를 포함한 iPSC 유래 약물 후보물질들은 일본 기관들이 주도한 초기 단계 임상시험을 완료했다. 조절 T 세포(regulatory T cells)를 통해 신경염증(neuroinflammation)을 표적으로 하는 세포 치료는 면역조절 전략으로서 활발히 탐색되고 있으나, 적절히 충분한 검정력을 갖춘 임상시험에서 효능이 아직 확립되지 않았다. RNA 간섭(RNA interference, RNAi) 치료제와 AAV 전달 microRNA를 포함한 차세대 유전자 침묵 접근법들은 2024-2025년에 첫 인간 대상 시험(first-in-human trials)에 진입했다. TDP-43 기능 장애의 하류 표적으로 STMN2가 확인됨으로써, 모든 사례의 약 90%를 차지하는 산발성 ALS(sporadic ALS)에 대한 잠재적인 TDP-43 하류 핵산 치료제(nucleic acid therapeutic) 경로가 열렸으며, 기업 보고 중간 데이터는 진행 중인 Phase 1/2 ANQUR 시험(QRL-201)에서 표적 관여(target engagement)를 시사한다. 본 리뷰는 모든 세 가지 치료 영역에 걸쳐 최신 증거를 종합하며, 증거의 위계, 규제상 마일스톤, 그리고 일본 연구 그룹들의 선구적 기여에 주목한다.

[중독] Antibiotic-mediated gut microbiota depletion partially attenuates methamphetamine-induced reward and linoleic acid metabolic disturbance. 🔁멀티도메인구제

2026-05-13 · Neuropharmacology · 10.1016/j.neuropharm.2026.111022 · rel=0.463 🔗 우리 도메인: addiction-omics

핵심발견: 메암페타민(METH) 노출은 장내 미생물군 변화와 리놀레산(LA) 대사 이상을 유발하며, 항생제(ABX)를 통한 미생물군 고갈은 METH 유도 보상 효과 및 LA 대사 교란을 완화한다. 방법·데이터: 마우스 조건부 장소 선호도(CPP) 모델, 장내 미생물군 및 대사체 다중 오믹스 프로파일링, 항생제 매개 미생물군 고갈, LA 보충 및 산화 대사 억제 개입. 검증필요: 장내 미생물군 고갈이 METH 유도 보상 행동을 완화하는 기전이 리놀레산 대사 조절을 통한 것임을 입증하는 인과적 증거의 강도. 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 초록에 제시된 'LA 보충이 METH 유도 CPP를 촉진한다'는 결과는 LA가 일반적으로 신경보호 또는 항염증 역할을 한다는 기존 생물학적 통념과 상충될 수 있어, 해당 대사체의 특정 산화물인지 원형 LA인지 등 정확한 화학종(species)과 농도 의존적 효과에 대한 명확한 근거가 없으면 생물학적 타당성에 의문이 제기됨

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메스암페타민(METH)은 강한 중독성을 지닌 정신자극제로, 여러 장기에 강력한 독성을 가진다. 최근 증거들은 장내 미생물총 불균형과 METH로 인한 보상 효과 간의 연관성을 시사하고 있다. 그러나 장내 미생물총의 역할과 METH 중독의 기저 기전은 아직 잘 이해되지 않고 있다. 우리는 생쥐 조건화 장소 선호도(CPP) 모델과 장내 미생물총 및 대사물질의 다중 오믹스 프로파일링을 결합하여, METH 노출이 장내 미생물총 구성에 어떻게 영향을 미치는지 최초로 조사하였다. 그 다음, 항생제(ABX) 매개 장내 미생물총 고갈을 수행하여 장내 미생물총이 문맥-보상 연관 기억(METH 보상) 및 대사 역학에서 METH로 유도되는 보상 효과에서 어떤 역할을 하는지 탐색하였다. 또한, 장내 미생물총, 대사물질, 행동 표현형 간의 연관성을 결정하여 METH 보상에서 잠재적인 핵심 미생물 분류군과 대사물질을 규명하였다. 마지막으로, 핵심 대사물질을 개입시켜 METH 보상에서 그 역할을 규명하였다. 우리의 결과는 반복적인 METH 투여가 장내 미생물총 프로파일에서 상당한 변화를 유도함을 보여주었다. ABX 매개 미생물총 고갈은 METH로 유도되는 보상 효과와 대사 교란, 특히 리놀레산(LA) 대사의 교란을 완화시켰다. METH 노출은 LA 대사의 활성화를 증가시켰으나, 장내 미생물총 고갈은 이를 구제하였다. 상관 분석은 특정 세균 종, LA 대사물질 및 CPP 점수 간의 연관성을 일관되게 보여주었다. LA 보충은 METH로 유도되는 CPP를 촉진할 수 있는 반면, 그 산화 대사의 억제는 METH로 유도되는 CPP를 완화시킬 수 있었다. 이러한 발견들은 LA 대사가 장내 미생물총 불균형과 METH 보상 사이의 잠재적인 기전적 연결고리임을 강조한다. 장내 미생물총을 표적으로 하는 향후 치료적 개입, 특히 LA 대사를 조절하는 개입은 METH 사용 장애의 치료를 개선할 수 있을 것이다.

[프로테오믹스] Aggrecan and polymeric immunoglobulin receptor in extracellular vesicles of patients with seropositive rheumatoid arthritis. 🔁멀티도메인구제

2026-07-08 · Journal of translational autoimmunity · 10.1016/j.jtauto.2026.100387 · rel=0.451 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: 혈청양성 류마티스관절염(SP) 환자의 세포외소포(EV)에는 aggrecan(ACAN)과 polymeric immunoglobulin receptor(PIGR)이 특이적으로 풍부하게 포함되어 있으며, 이는 자가항체 수치 및 질병 활동도와 유의미하게 연관되어 있다. 방법·데이터: LC-MS/MS를 이용한 혈청 유래 EV 단백질 분석; SP 환자, 혈청음성(SN) 환자, 건강 donors(HD) 코호트; 공개데이터셋명 초록 미기재 검증필요: ACAN 및 PIGR의 EV 내 풍부함이 SP 환자군에서 SN 환자 및 HD와 비교하여 통계적으로 유의미하며, 자가항체 및 질병 활동도와 독립적으로 연관되어 있다는 주장의 재현

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배경 자가항체의 존재 여부는 류마티스 관절염(RA) 환자를 혈청양성(SP) 또는 혈청음성(SN)으로 구분하며, SP는 일반적으로 더 나쁜 예후와 연관된다. 세포외소포(EVs)는 세포 간 통신의 중요한 매개체이며, 전신 염증을 촉진하는 면역활성 분자를 확산시킴으로써 RA 병인에 기여할 수 있다. 그러나 RA 혈청양성과 관련된 순환 EV의 단백질 화물은 아직 잘 특징지어지지 않았다. 따라서 우리는 RA 및 혈청양성과 연관된 EV 관련 단백질을 동정하고, 이들의 임상적 특징과의 관계를 평가하는 것을 목표로 하였다. 방법 SP 및 SN 질환 환자 및 건강한 기증자(HD)로부터 혈액 유래 EV를 분리하고 국제 가이드라인에 따라 특징을 규명하였다. EV 단백질 화물은 액체 크로마토그래피-탠덤 질량 분석법(LC-MS/MS)로 분석하였다. 환자에서 차별적으로 풍부하게 존재하는 단백질을 동정하고, 이들의 혈청 자가항체 수치, 순환 사이토카인 및 질병 활동도와의 연관성을 평가하였다. 결과 EV에서 총 358개의 단백질이 동정되었으며, 이 중 대부분은 이전에 이러한 구조물에서 보고된 바 있다. 여러 보체 단백질, 콜라겐 및 면역글로불린은 RA 환자에서 HD보다 낮았다. 주목할 만한 점은, 이전에 RA 유래 EV에서 기술되지 않은 아그레칸(ACAN) 및 중합체 면역글로불린 수용체(PIGR)가 SN RA 환자 및 HD 모두와 비교하여 SP 환자에서 특이적으로 풍부하게 존재한다는 것이다. 이들의 풍부함은 자가항체 수치 및 질병 활동도와 유의하게 연관되어 있었다. 결론 본 연구 결과는 ACAN 및 PIGR을 RA 혈청양성과 연관된 새로운 EV 관련 단백질로 동정하였다. 자가항체 수치 및 질병 활동도와의 연관성은 순환 EV가 연골 재형성, 점막 면역 및 전신 자가면역 사이의 생물학적 경로를 반영할 수 있음을 시사하며, 이는 잠재적 바이오마커로서의 유용성과 질병 병인에의 기여를 지지한다.

[프로테오믹스] Identification and profiling of HLA-A*02:01-restricted Toxoplasma gondii peptides through immunopeptidomics in HLA-A2.1 transgenic mice. 🔁멀티도메인구제

2026-07-05 · Virulence · 10.1080/21505594.2026.2697091 · rel=0.449 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: HLA-A02:01 트랜스제닉 마우스 감염 모델에서 MS 기반 면역펩티도믹스를 통해 3,433개의 고유 톡소포자충 유래 펩타이드를 규명하고, 그중 73개를 고친화도 후보로 선별하여 5개를 실험적으로 검증했으며, 글리코겐 합성효소(PGS) 유래 신규 리간드의 HLA-A02:01 복합체 결정구조를 규명함. 방법·데이터: MS 기반 면역펩티도믹스, HLA-A*02:01 트랜스제닉 마우스(Toxoplasma gondii 감염 모델), in silico 예측 및 in vitro/in vivo 결합 검증, X선 결정학. 검증필요: 73개의 고친화도 후보 중 5개만이 in vitro 및 in vivo에서 강력한 결합 능력을 보였다는 주장의 검증 기준과 데이터. 🔸LLM 확인 필요(미검증·참고용): 초록에 특정 통계적 유의성 수치나 효과 크기(OR 등)가 명시되어 있지 않아, 제시된 '강력한 결합 능력'이나 '안정적인 MHC-I 발현' 등의 정성적 서술이 정량적 통계적 검증을 거쳤는지 여부와 그 기준에 대한 정보가 부족함

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

병원체 유래 펩타이드의 HLA class I 제시 과정은 CD8+ T세포가 톡소플라즈마 곤디(Toxoplasma gondii)를 인식하는 데 필수적이다. 체외(in vitro) MHC 리간드가 문서화되어 있기는 하지만, 감염 진행 중의 체내(in vivo) 리간드롬(ligandome)은 아직 잘 규명되지 않았다. 본 연구에서는 형질전환 마우스에서 HLA-A02:01에 의해 제시되는 톡소플라즈마 곤디(T. gondii) 면역펩티드롬(immunopeptidome)을 직접 프로파일링하기 위해 질량분석법(MS) 기반 면역펩티드믹스(immunoproteomics) 접근법을 사용했다. 계층적 발견 파이프라인(hierarchical discovery funnel)을 적용한 결과, 우리는 3,744개의 고유한 톡소플라즈마 곤디(T. gondii) 유래 펩타이드의 포괄적인 레퍼토리를 확인했다. HLA-A02:01 리간드의 전형적인 결합 길이인 정형 8-12머(8-12mers)에 일치하도록 후속 필터링을 수행함으로써, 3,433개의 펩타이드로 구성된 높은 신뢰도의 기초 리간드롬(ligandome)을 확립했다. 소스 단백질(source protein) 분석 결과, 이러한 펩타이드들은 이전에 특징이 잘 규명되지 않은 가설 단백질(hypothetical proteins)을 포함한 다양한 기생충 단백질에서 유래하는 것으로 나타났다. 주목할 만한 점은, 특정 리간드들이 급성기 및 만성기 모두에서 일관되게 검출되어 감염 주기 전반에 걸쳐 안정적인 MHC-I 제시가 이루어짐을 시사한다는 것이다. 생정보학적 예측(in silico predictions)과 실험적 검증을 통합하여, 우리는 73개의 높은 친화도(high-affinity) 후보들을 우선순위화했으며, 이 중 5개는 체외(in vitro) 및 체내(in vivo)에서 강력한 HLA-A02:01 결합 능력을 보였다. 구체적으로, 우리는 글리코겐 합성효소(glycogen synthase, PGS) 유래의 새로운 리간드를 확인했고, HLA-A02:01과의 공동 결정 구조(co-crystal structure)를 결정하여 유리한 결합 구조(binding architecture)를 규명했다. 전반적으로, 이러한 발견들은 톡소플라즈마 곤디(T. gondii)의 HLA-A*02:01 제한적 리간드landscape를 확장하고, 향후 CD8+ T세포 면역원성(immunogenicity)의 기능적 검증을 위한 높은 우선순위 후보 목록을 제공한다. ⚠️[번역오염: 미번역 접합 ['드landscape']]

[생물정보학] INTERPOL Review of Forensic Biology and DNA, 2023-2025. 🔁멀티도메인구제

2026-06-14 · Forensic science international. Synergy · 10.1016/j.fsisyn.2026.100705 · rel=0.449 🔗 우리 도메인: proteomics/MS

핵심발견: 2023-2025년 법의학 생물학 및 DNA 분석 분야의 최신 동향을 파악하기 위해 Scopus, Web of Science, PubMed 등 다양한 온라인 검색을 통해 2000개 이상의 참고문헌을 수집하고, Zotero를 활용하여 15개 주제와 116개 하위 주제로 분류·선별하였다. 방법·데이터: 오믹스 종류·코호트·공개데이터셋명: 초록 미기재 검증필요: (생성 실패 — 플레이스홀더, 사람 확인)

🔎 자동점검(규칙기반·1차 신호): 📄리뷰/perspective(1차연구 아님 — 근거강도 주의)

📖 초록(한글 번역, 원문 전문)

21차 인터폴(International Criminal Police Organization, INTERPOL) 국제 법의학 과학 관리자 심포지엄의 일환으로, 본 연구는 2023년부터 2025년까지의 기간 동안 생물학적 증거에 대한 법의학 생물학 및 법의학 DNA 분석 분야의 최신 과학적 발전, 방법론 및 동향을 탐구하고, 이전의 인터폴 DNA 검토를 기반으로 한다. 본 검토의 3년 기간 범위를 포괄하는 거의 2000개의 참고문헌이 Scopus, Web of Science 및 PubMed의 사용 포함 다양한 온라인 검색을 통해 확보되었다. 300개 이상의 서로 다른 저널에서 기원한 과학적 논문들은 Zotero 참고문헌 관리 데이터베이스에 정리되었으며(보충 파일 1 참조), 현재 관행의 발전(제3절)과 신기술 및 연구 연구(제4절)에 중점을 둔 섹션 아래 15개 주제 및 116개 하위 주제로 분류되었다(보충 파일 2 참조). 이번 3년 주기의 검토는 24권의 서적 또는 주요 보고서, 법의학 DNA의 측면에 관한 저널의 20개 특별호, 국제 법의학 유전체학회(International Society for Forensic Genetics, ISFG) 회의록에서 발췌한 292편의 논문, 그리고 양질의 DNA 검사를 지원하기 위한 17개 서로 다른 조직의 70개 지침 문서를 기술한다. 출판물들은 현재 관행의 발전과 관련된 10개 주제 및 신기술 및 연구 연구와 관련된 5개 주제로 평가 및 분류되었다. 이러한 주제들은 더 나아가 종합 목록에서 하위 분류되며(보충 파일 2 참조), 여기에는 신속한 DNA 분석; 법 집행 기관 DNA 데이터베이스 및 윤리; 법의학 조사 유전체 계보학(Forensic Investigative Genetic Genealogy, FIGG); 법의학 생물학 및 체액 식별; DNA 처리; 짧은 연속 반복(Short Tandem Repeat, STR) 마커를 이용한 DNA 타이핑; 계층적 주장의 소스(Source) 또는 아소스(Sub-source) 수준에서의 DNA 해석 및 확률적 유전형 소프트웨어(Probabilistic Genotyping Software, PGS)를 이용한 혼합물 해석; 활동 수준(Activity Level)에서의 DNA 해석 및 DNA 전달, 지속성, 빈도 및 회수(Transfer, Persistence, Prevalence, Recovery, TPPR)의 측면; 통계 및 집단 유전학 데이터; 인간 식별 및 친족 분석; 차세대 염기서열 분석(Next-Generation Sequencing, NGS) 및 기술 개발; 법의학 DNA 표현형 분석(Forensic DNA Phenotyping, FDP) 및 메틸화; 계통 마커(Y염색체, 미토콘드리아 DNA, X염색체 분석); 새로운 마커 및 접근법(마이크로하플로타입, 삽입/결실 마커, 프로테오믹스, 마이크로바이옴, 단일 세포 분석, 환경 DNA 사용, 돌연사 진단, 분자 부검 또는 사후 경과 시간의 바이오마커); 그리고 비인간 DNA 검사 및 야생동물 법의학이 포함된다. 1900편이 넘는 출판물에 대한 본 검토를 수행하는 과정에서 참고문헌 요약을 위한 인공지능(Artificial Intelligence, AI) 도구가 탐색되고 활용되었다.

🔭 주변 관심 (20편 · 관련성 통과했으나 우리 도메인 접점 없음 — 제목·rel만)

[HCP] Host cell protein profiling and immunogenicity assessment in E. coli-produced interferon beta. · rel=0.685 · 2026-07-14 · Journal of pharmaceutical sciences · 10.1016/j.xphs.2026.104418
[GWAS] Genetic architecture shared between body shape phenotypes and preeclampsia-related diseases: a genome-wide cross-trait analysis. · rel=0.623 · 2026-07-24 · Journal of obstetrics and gynaecology : the journal of the Institute of Obstetrics and Gynaecology · 10.1080/01443615.2026.2706674
[멀티오믹스] Multiomics integrative bioinformatics analysis of gene expression characteristics and molecular mechanisms in preeclampsia placental tissue. · rel=0.59 · 2026-07-20 · Artificial cells, nanomedicine, and biotechnology · 10.1080/21691401.2026.2697688
[RNA-seq] Investigating and validating the molecular mechanisms of lipid metabolism regulation in myasthenia gravis development based on single-cell, bulk transcriptomics, and RT-qPCR. · rel=0.562 · 2026-07-18 · Autoimmunity · 10.1080/08916934.2026.2696588
[ELISA] Next-generation immunoassays for autoantibody detection in celiac disease: emerging technologies and diagnostic advances. · rel=0.562 · 2026-07-17 · Annals of medicine · 10.1080/07853890.2026.2703356
[멀티오믹스] Key molecular networks underlying retinol's biphasic effects on cell proliferation through multi-omics integrative analysis using genome-scale metabolic modeling. · rel=0.553 · 2026-06-19 · Synthetic and systems biotechnology · 10.1016/j.synbio.2026.03.021
[GWAS] Genetic liability for morning chronotype interacts with childhood trauma to predict depressive symptoms in women. · rel=0.531 · 2026-07-19 · Dialogues in clinical neuroscience · 10.1080/19585969.2026.2702037
[GWAS] Mitochondria-related pathogenic genes in acute and chronic kidney disease: a Mendelian randomization study. · rel=0.524 · 2026-07-08 · Renal failure · 10.1080/0886022x.2026.2698274
[약물재배치] Repurposing the antispasmodic drug pinaverium bromide as a novel antifungal agent and synergist against Candida albicans . · rel=0.519 · 2026-06-01 · Virulence · 10.1080/21505594.2026.2682573
[PTM] The acetylation mechanism and engineering strategy of isocitrate lyase for optimizing biosynthesis in Escherichia coli . · rel=0.518 · 2026-05-23 · Synthetic and systems biotechnology · 10.1016/j.synbio.2026.04.031
[RNA-seq] Single-cell sequencing profiling of intratumoral heterogeneity and immunosuppressive microenvironment in primary thyroid cancer and lymph node metastases. · rel=0.513 · 2026-07-10 · Oncoimmunology · 10.1080/2162402x.2026.2701504
[약물재배치] The role of protein palmitoylation in disease pathogenesis and therapeutic innovation. · rel=0.507 · 2026-05-29 · Annals of medicine · 10.1080/07853890.2026.2673182
[PTM] Eukaryotic cell-free protein synthesis: Chassis diversification, system engineering, and emerging applications. · rel=0.507 · 2026-05-21 · Synthetic and systems biotechnology · 10.1016/j.synbio.2026.04.022
[RNA-seq] Characterization of persistent HPV-specific activated T cells in head and neck squamous cell carcinoma. · rel=0.506 · 2026-07-26 · Oncoimmunology · 10.1080/2162402x.2026.2707808
[희귀질환] Serum metabolic profiling analysis of Gitelman syndrome using untargeted metabolomics. · rel=0.475 · 2026-04-29 · Renal failure · 10.1080/0886022x.2026.2662094
[약물재배치] Repurposing nitazoxanide as a novel ferroptosis inducer for triple-negative breast cancer via dual disruption of iron homeostasis and the β-catenin/GPX4 axis. · rel=0.473 · 2026-06-29 · Redox report : communications in free radical research · 10.1080/13510002.2026.2695689
[중독] Transcriptional profiling of the anterior cingulate cortex and nucleus accumbens using a double-hit model of prenatal and adolescent alcohol exposure. · rel=0.455 · 2026-05-14 · Physiology & behavior · 10.1016/j.physbeh.2026.115376
[희귀질환] Transcriptional profiling of Hutchinson-Gilford progeria patients identifies primary target pathways of progerin. · rel=0.44 · 2026-01-05 · Nucleus (Austin, Tex.) · 10.1080/19491034.2025.2611484
[기타/미분류] Nanozymes: bridging nanoscale characteristics and catalytic mechanisms for advanced biomedical applications. · rel=0.512 · 2026-06-22 · Journal of enzyme inhibition and medicinal chemistry · 10.1080/14756366.2026.2690829
[기타/미분류] Microbial-associated lipid oxidation drives flavor deterioration of Zanba during storage: Insights from integrated multi-omics analysis. · rel=0.488 · 2026-07-14 · Food chemistry. Molecular sciences · 10.1016/j.fochms.2026.100438

🩺 실행 진단

관련성 게이트: BGE 관련성 게이트 · 후보 128 = 오프토픽 47 + 쿼터/캡컷 36 + 채택 45
★캡컷 상위(관련성 통과했으나 쿼터/캡 탈락): Cell culture medium formulation can be a driver of lipoprotein lipase (rel=0.598·HCP); Development of single-chain C1q affinity chromatography-mass spectrome(rel=0.586·항체-topdown); Purification of Advanced Therapeutics by Flow-Through Pseudo-Affinity (rel=0.576·HCP); Causal association and shared mechanisms between Graves' disease and p(rel=0.523·GWAS); A rapid yolk-sac serum extraction method for quantifying maternal IgY (rel=0.513·ELISA)
브릿지: 신규 데이터셋 0/2건 유효(관련성·서브시리즈 필터 후) · 엔진 gap 0편(도메인/임계 필터로 전량 탈락 — 정직 보고)
라벨 강등(신뢰도<0.5): 2편 [기타/미분류]
요약노드 8/8 사용 · 전 노드 정상
요약 실패(무음 전멸): 0편
★무음 부분실패(핵심발견 등 핵심필드 공란): 1편 ([생물정보학] INTERPOL Review of Forensic Biology and (검증필요 플레이스홀더)) — 카드는 유지되나 필드 미완, 사람 확인 권장
★개체명 불일치(핵심발견 질병명이 타필드와 충돌 — 요약 환각 의심, F-01): 0편
★요약↔원문 정합성 위반(심볼 환각·수준 혼동, B게이트): 0편

오믹스·바이오인포 문헌 모니터 — 2026-08-03

📡 오늘의 신호

📄 논문 카드

[HCP] Illuminating the Dark Host Cell Proteome: A host cell protein coverage method for LC-MS impurity assays.

[HCP] Deep dive into drug substance HCP patterns for comprehensive safety assessment in recombinant mAb formats.

[항체-topdown] Rapid and selective characterization of antibody-drug conjugates in complex sample matrices by native affinity liquid chromatography-mass spectrometry.

[중독] Neural, neurotransmitter, and molecular signatures of gray matter volume alterations in digital addiction.

[ELISA] Comparative validation of LC-MS, micro-bioassay, and ELISA for lincomycin quantification: application to pharmacokinetic analysis in healthy and co-infected porcine models.

[ADC] Trial watch: antibody-drug conjugates in cancer therapy.

[항체-topdown] Setting expectations for current and future directions of native mass spectrometry in the biopharmaceutical industry.

[항체-topdown] Glycan pairing in therapeutic IgG orchestrates Fcγ receptor engagement and ADCC: an integrated structure-function approach for thorough evaluation of Fc N-glycans as critical quality attributes.

[DAR] An intrinsically hydrophilic linker enables a stable, high-DAR exatecan-based HER2 ADC with potent antitumor activity.

[ADC] Targeting IL-7Rα with PNU-159682 antibody-drug conjugates in acute lymphoblastic leukemia: translational implications.

[ELISA] Development of a novel electrochemical impedance spectroscopy-based biosensor for bone formation-resorption biomarker determination in body fluids.

[프로테오지노믹스] Multiomics combined with machine learning defines unique molecular subtypes of cholangiocarcinoma and identifies TNK1 as a therapeutic target.

[프로테오지노믹스] Application of Proteogenomic Approaches for Refinement of the Entamoeba histolytica Reference Genome Using High Resolution Mass-Spectrometry Data.

[프로테오지노믹스] Integrated Proteogenomics and Single-Cell Transcriptomics Prioritize Putative Protective Plasma Proteins for Hidradenitis Suppurativa.

[PTM] Ovalbumin oxidative modification fingerprints depend on gas plasma-driven reactive species profiles.

[DAR] Programmed death 1 antibody drug conjugates (PD 1 ADCs): Innovations in overcoming resistance and enhancing immune mediated antitumor activity.

[신경과학·뇌질환] Beyond the gut: the multisite microbiota and its emerging role in brain health.

[DAR] Antibodies to watch in 2026. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Dysregulated proteins in plasma distinguishing Loeys-Dietz syndrome from other heritable thoracic aortic disease - an explorative study. 🔁멀티도메인구제

[신경과학·뇌질환] Therapeutic frontiers in ALS: iPSC-based drug discovery, cell therapy, and gene therapy-Advances through 2026. 🔁멀티도메인구제

[중독] Antibiotic-mediated gut microbiota depletion partially attenuates methamphetamine-induced reward and linoleic acid metabolic disturbance. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Aggrecan and polymeric immunoglobulin receptor in extracellular vesicles of patients with seropositive rheumatoid arthritis. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Identification and profiling of HLA-A*02:01-restricted Toxoplasma gondii peptides through immunopeptidomics in HLA-A2.1 transgenic mice. 🔁멀티도메인구제

[생물정보학] INTERPOL Review of Forensic Biology and DNA, 2023-2025. 🔁멀티도메인구제

🔭 주변 관심 (20편 · 관련성 통과했으나 우리 도메인 접점 없음 — 제목·rel만)

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📡 오늘의 신호

📄 논문 카드

[HCP] Illuminating the Dark Host Cell Proteome: A host cell protein coverage method for LC-MS impurity assays.

[HCP] Deep dive into drug substance HCP patterns for comprehensive safety assessment in recombinant mAb formats.

[항체-topdown] Rapid and selective characterization of antibody-drug conjugates in complex sample matrices by native affinity liquid chromatography-mass spectrometry.

[중독] Neural, neurotransmitter, and molecular signatures of gray matter volume alterations in digital addiction.

[ELISA] Comparative validation of LC-MS, micro-bioassay, and ELISA for lincomycin quantification: application to pharmacokinetic analysis in healthy and co-infected porcine models.

[ADC] Trial watch: antibody-drug conjugates in cancer therapy.

[항체-topdown] Setting expectations for current and future directions of native mass spectrometry in the biopharmaceutical industry.

[ADC] Multi-modal feature learning to prioritize ADCs with favorable half-life in mice.

[항체-topdown] Glycan pairing in therapeutic IgG orchestrates Fcγ receptor engagement and ADCC: an integrated structure-function approach for thorough evaluation of Fc N-glycans as critical quality attributes.

[DAR] An intrinsically hydrophilic linker enables a stable, high-DAR exatecan-based HER2 ADC with potent antitumor activity.

[ADC] Targeting IL-7Rα with PNU-159682 antibody-drug conjugates in acute lymphoblastic leukemia: translational implications.

[ELISA] Development of a novel electrochemical impedance spectroscopy-based biosensor for bone formation-resorption biomarker determination in body fluids.

[프로테오지노믹스] Multiomics combined with machine learning defines unique molecular subtypes of cholangiocarcinoma and identifies TNK1 as a therapeutic target.

[프로테오지노믹스] Application of Proteogenomic Approaches for Refinement of the Entamoeba histolytica Reference Genome Using High Resolution Mass-Spectrometry Data.

[프로테오지노믹스] Integrated Proteogenomics and Single-Cell Transcriptomics Prioritize Putative Protective Plasma Proteins for Hidradenitis Suppurativa.

[PTM] Ovalbumin oxidative modification fingerprints depend on gas plasma-driven reactive species profiles.

[DAR] Programmed death 1 antibody drug conjugates (PD 1 ADCs): Innovations in overcoming resistance and enhancing immune mediated antitumor activity.

[신경과학·뇌질환] Beyond the gut: the multisite microbiota and its emerging role in brain health.

[DAR] Antibodies to watch in 2026. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Dysregulated proteins in plasma distinguishing Loeys-Dietz syndrome from other heritable thoracic aortic disease - an explorative study. 🔁멀티도메인구제

[신경과학·뇌질환] Therapeutic frontiers in ALS: iPSC-based drug discovery, cell therapy, and gene therapy-Advances through 2026. 🔁멀티도메인구제

[중독] Antibiotic-mediated gut microbiota depletion partially attenuates methamphetamine-induced reward and linoleic acid metabolic disturbance. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Aggrecan and polymeric immunoglobulin receptor in extracellular vesicles of patients with seropositive rheumatoid arthritis. 🔁멀티도메인구제

[프로테오믹스] Identification and profiling of HLA-A*02:01-restricted Toxoplasma gondii peptides through immunopeptidomics in HLA-A2.1 transgenic mice. 🔁멀티도메인구제

[생물정보학] INTERPOL Review of Forensic Biology and DNA, 2023-2025. 🔁멀티도메인구제

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